<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Schoffelen,<br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Thank you for your reply and sorry for the vague question. I did look for the options you suggested in your last mail. I'm facing following issues with them:</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">1. For "ft_sourceparcellate" our functional data must be in the same as our atlas. For that, we need to interpolate the functional data to the atlas. However, the problem is that 'ft_sourceinterpolate'  is interpolating only "pow" and "coh" not "mom" (source time course ). In the documentation also ( <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/#connectivity-analysis-and-parcellation">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/#connectivity-analysis-and-parcellation</a> ) they are interpolating 'Coh' only, thus parcellating only coherence.</div><div dir="ltr"><br></div><div>2. I also tried to use the source model (sourcemodel_4k.mat) and headmodel (hdm.mat) provided at this link (<a href="ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/networkanalysis/">ftp://ftp.fieldtriptoolbox.org/pub/fieldtrip/tutorial/networkanalysis/</a>) to prepare leadfield but the headmodel is not compatible for  EEG. </div><div><br></div><div>My final goal is to perform 'ft_connectivityanalysis(cfg, data)', where 'data' contains time series of all parcellated roi. It would be very helpful if you can help me with that.</div><div><br></div><div>Thank you</div><div>Neeraj</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, 24 Feb 2019 at 01:27, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Could you be a bit more specific in your question? Right now, based on the quality of your question, it seems as if you haven’t spent much time searching the documentation yourself. For instance, <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/</a> would
 already give you some directions how to ‘parcellate’ your source level data. Also, if you look for ‘ft_sourceparcellate’ you’ll probably be able to sort out how to do it.
<div><br>
</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 22 Feb 2019, at 14:51, Neeraj kumar <<a href="mailto:neeraj750kumar@gmail.com" target="_blank">neeraj750kumar@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_7270426719260923177Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">Dear Schoffelen,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your answer. But I'm still confused about how to get parcellated source time series in fieldtrip. I have  1sec time series for around 6000  grids.</div>
<div><br>
</div>
<div>Neeraj</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, 22 Feb 2019 at 17:46, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>I want to parcellate the reconstructed source time series (~ 1000ms). </div>
<div>I have moments in source.avg.mom for around 6000 grids. </div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>Additionally, do I need to perform some normalization on time series before or after parcellation to perform network analysis? </div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>Well, at least you should compute a metric between pairs of time series that can be subjected to a network analysis. Whether or not this needs ‘some normalization’ depends on what you exactly want to achieve.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div> </div>
</div>
<br>
<br>
<div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
J.M.Schoffelen, MD PhD<br>
Senior Researcher, VIDI-fellow - PI, language in interaction<br>
Telephone: +31-24-3614793</div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
Physical location: room 00.028</div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
Donders Centre for Cognitive Neuroimaging, Nijmegen, The Netherlands<br>
<br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>

_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>