<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr">Yes, I've been going through that discussion trying to repeat what Rachel did but is not working, maybe my problem is somewhere else.<div>I want to use the ft_appendspike function in order to do a spike-field coherence test. So, to do that the FT tutorial says I need to process the raw spike data such the resulting spike structure has the "same trial definition" as the lfp structure. </div><div>Al lthe time in the tutorial is asking me for a trl function but the only way to create a trl matrix is using the ft_definitiontria, and to use the ft_definitiontrial I need to read the header. </div><div>Is a vicious circle and I can't find the way out</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El mar., 19 feb. 2019 a las 14:29, Martin Rosenfelder (<<a href="mailto:martin.rosenfelder@uni-ulm.de">martin.rosenfelder@uni-ulm.de</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Alex,<br>
<br>
I suppose that Fieldtrip throws that particular error, since the data is already present in MATLAB structure. Actually, I think there is no need to define the trial using ft_definetrial. Maybe ft_redifinetrial accepts the MATLAB structure of your data. Does reading the data as 'continuous' work using ft_preprocessing?<br>
See also the following link to a similar problem which had been discussed in the Fieldtrip community three years ago:<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2016-July/010699.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2016-July/010699.html</a><br>
<br>
Best,<br>
Martin <br>
<br>
<br>
-- <br>
M.Sc.-Psych. Martin Rosenfelder<br>
Wissenschaftlicher Mitarbeiter<br>
Klinische und Biologische Psychologie<br>
Universität Ulm<br>
Raum 47.2.259<br>
+49 731-50 26592<br>
<a href="mailto:martin.rosenfelder@uni-ulm.de" target="_blank">martin.rosenfelder@uni-ulm.de</a> <br>
<br>
Am Dienstag, 19. Februar 2019 12:52 CET, María Alejandra Korovaichuk <<a href="mailto:alejandra.korovaichuk@ctb.upm.es" target="_blank">alejandra.korovaichuk@ctb.upm.es</a>> schrieb: <br>
<br>
> Thanks Martin, but I tried this many times before and is still the same<br>
> issue.<br>
> FT is not recognizing mydata (is a matlab file with 3 variables: time (in<br>
> milliseconds), lfp data (in mV), and sampling freq<br>
> <br>
> The message is always the same:<br>
> evaluating trialfunction 'ft_trialfun_general'<br>
> reading the header from 'mydata.mat'<br>
> Error using ft_read_header (line 2581)<br>
> unsupported header format "matlab"<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> El mar., 19 feb. 2019 a las 11:44, Martin Rosenfelder (<<br>
> <a href="mailto:martin.rosenfelder@uni-ulm.de" target="_blank">martin.rosenfelder@uni-ulm.de</a>>) escribió:<br>
> <br>
> > Hi Alex,<br>
> ><br>
> > You can use the ft_definetrial function in order to define your data<br>
> > containing continuous data. In order to achieve this, you can specify the<br>
> > cfg like this:<br>
> > cfg = []<br>
> > cfg.trialdef = (your 1x3 matrix)<br>
> > data_new = ft_definetrial(data)<br>
> ><br>
> > The new variable should now contain your continuous data as one trial.<br>
> > In the new data matrix you can then check the .trl field if it really<br>
> > consists of just one trial from beginning to end of your timeline.<br>
> ><br>
> > Maybe this works.<br>
> ><br>
> > Best,<br>
> > Martin<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > M.Sc.-Psych. Martin Rosenfelder<br>
> > Wissenschaftlicher Mitarbeiter<br>
> > Klinische und Biologische Psychologie<br>
> > Universität Ulm<br>
> > Raum 47.2.259<br>
> > +49 731-50 26592<br>
> > <a href="mailto:martin.rosenfelder@uni-ulm.de" target="_blank">martin.rosenfelder@uni-ulm.de</a><br>
> ><br>
> > Am Dienstag, 19. Februar 2019 10:19 CET, María Alejandra Korovaichuk <<br>
> > <a href="mailto:alejandra.korovaichuk@ctb.upm.es" target="_blank">alejandra.korovaichuk@ctb.upm.es</a>> schrieb:<br>
> ><br>
> > > Hi!<br>
> > ><br>
> > > Is still impossible to use the appendspike function in my data :( That is<br>
> > > way  now I am trying to use the ft_definetrial to create my own set.<br>
> > > My question is how can I create a trialfun for continuos data (that<br>
> > means I<br>
> > > don't want to split my data into segments or events or epochs), I want to<br>
> > > define a long and continuos set of data (the LFP), in order to append the<br>
> > > spike data afterwards.<br>
> > ><br>
> > > Thanks!<br>
> > ><br>
> > > Best,<br>
> > ><br>
> > > Alex<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > _______________________________________________<br>
> > fieldtrip mailing list<br>
> > <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
> > <a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
> ><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>