<div><p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">Dear Fieldtripers,<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">I tried to conduct
source reconstruction and extract time series from specific MNI coordinate on
MEG data, but I got some problems. I sorted my questions as follow:<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">(1 In the process
of constructing sourcemodel, firstly I conducted ¡®ft_volumerealign¡¯
(cfg.coordsys='4d'</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Segoe UI Emoji",sans-serif;
mso-fareast-font-family:"Segoe UI Emoji";mso-bidi-font-family:"Segoe UI Emoji"">)
</span><span lang="EN-US">on subject MRI to define the position of LPA, RPA and
nasion according to 4d/bti coordinate system. Then I conducted:<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left:21.0pt;line-height:150%"><span lang="EN-US">cfg = [];<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left:21.0pt;line-height:150%"><span lang="EN-US">cfg.output = ¡®brain¡¯;<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left:21.0pt;line-height:150%"><span lang="EN-US">segmentedmri=ft_volumesegment(cfg,mri);<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">I checked the
segmentedmri but I saw the brain stem and part of spinal cord were also
comprised in it (Fig.1 and Fig.2). I think this result may affect source
reconstruction. So, is this result normal? Or did I do something incorrectly?<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">(2 Next I used
template-sourcemodel and subject-MRI to construct sourcemodel in MNI space.
After I got subject headmodel and sourcemodel, I conducted
¡®ft_prepare_leadfield¡¯ and then ¡®ft_sourceanalysis¡¯. When I conducted
¡®ft_soureinterpolate¡¯ to interpolate this source on subject MRI and plot it, I
saw some activation outside the brain, especially in brain stem and spinal
cord. But the most important thing is when I interpolate source on template-MRI
(spm8-T1.nii), the functional image and anatomical image do not match, the
sagittal plane of functional image is plotted on the coronal plane of
anatomical image, the transverse plane of functional image is plotted on the
sagittal plane of anatomical image (Fig. 3). I have not conducted
¡®ft_volumelookup¡¯ and ¡®ft_volumereslice¡¯ in the process, is this the reason? Or
did I do wrong step in the process?<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">(3 I want to
extract time series form specific ROI in MNI space according to MNI coordinate.
And I prepare to do this by:<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count:1">       </span>norm = ft_volumenormalise([],mri);
%normalise subject MRI to MNI space<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count:1">       </span>mnipos = [x y z]; %define ROI position in
MNI space<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count:1">       </span>posback=ft_warp_apply(norm.params,mnipos,'sn2individual');<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-indent:21.0pt;line-height:150%"><span lang="EN-US"> btipos= ft_warp_apply(pinv(norm.initial),posback); % position in
individual coordinates<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">Then conducted
¡®ft_prepare_leadfield¡¯ again for ROI only, and conducted ¡®ft_sourceanalysis¡¯.
Can this process work?<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">Thank you very
much for your time and consideration. Looking forward to your reply.<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><span lang="EN-US">Best regards,<o:p></o:p></span></p>Chan</div>