<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi Julian, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">So I think there is a missunderstanding. We have a EEG structure, which has been imported from EEGLAB using eeglab2fieldtrip, and that structures contains all the data about trials, elecs... But what we want is to plot data without calculating any average, but a topographic map per channel... Thats why we do not manage to do it with the information we have...</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you in advance, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Irene</div></div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El lun., 7 ene. 2019 a las 11:15, Julian Keil (<<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Irene,<div><br></div><div>ft_topoplotER requires indeed timelock data, i.e. data in which you have computed the average over trials. Given that you wrote before that you are using resting-state data, I’m not sure this is the right function you need.</div><div><br></div><div>Can you post the content of the struct you want to plot?</div><div><br></div><div>In any way, if you are hitting a wall in using fieldtrip, I suggest starting with one of the many tutorials to get a sense of how things work. Just diving in with your own data without knowing exactly what each function does will be rather frustrating.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">________________<br>Prof. Dr. Julian Keil<br><br>Biological Psychology<br>Olshausenstrasse 62 - R. 306<br>24118 Kiel, Germany<br><br>+49 - 0431 - 880 - 4872<br><a href="http://www.biopsych.uni-kiel.de/en" target="_blank">http://www.biopsych.uni-kiel.de/en</a><br><br></div></div><div><br class="gmail-m_8861958332093699568gmail-m_2614514527951275296webkit-block-placeholder"></div><div><blockquote type="cite"><div>Am 07.01.2019 um 10:34 schrieb Irene Varela Leniz <<a href="mailto:irene.varela@alumni.mondragon.edu" target="_blank">irene.varela@alumni.mondragon.edu</a>>:</div><br class="gmail-m_8861958332093699568gmail-m_2614514527951275296Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi Julian, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I have read about them in Fieldtrip documentation but I still dont manage to do nothing. I am looking for a topographic visualization of data and I am interesed in using Fieldtrip. Moreover, whenever I try different command I get the following error: </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">Error using ft_checkdata (line 525)</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">This function requires 'timelock' or 'freq' data as input, see ft_datatype_timelock or ft_datatype_freq.</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">Error in ft_singleplotER (line 133)</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">  varargin{i} = ft_checkdata(varargin{i}, 'datatype', {'timelock', 'freq'});</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">The data comes from eeglab using eeglab2fieldtrip function, so that we have the data stored in a struct. </font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thank you in advance, </font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Irene</font></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El lun., 7 ene. 2019 a las 10:27, Julian Keil (<<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Irene,<div><br></div><div>it helps if you describe exactly what you want to do (I don’t mean to be rude or patronizing, but check here for suggestions: <a href="https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002202</a>).</div><div><br></div><div>There are many ways to visualize resting state EEG signals, and you don’t need fieldtrip for all of them.</div><div>E.g., if you just want to plot the timecourse of the data, you can use the matlab built-in „plot“ function (e.g. use something like "plot(data.time{1},data.trial{1})“ to plot one trial). If you want to explore your data, ft_databrowser is your friend <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_use_the_databrowser/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_use_the_databrowser/</a></div><div><br></div><div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br></div><div>
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">________________<br>Prof. Dr. Julian Keil<br><br>Biological Psychology<br>Olshausenstrasse 62 - R. 306<br>24118 Kiel, Germany<br><br>+49 - 0431 - 880 - 4872<br><a href="http://www.biopsych.uni-kiel.de/en" target="_blank">http://www.biopsych.uni-kiel.de/en</a><br><br></div></div><div><br><blockquote type="cite"><div>Am 07.01.2019 um 09:57 schrieb Irene Varela Leniz <<a href="mailto:irene.varela@alumni.mondragon.edu" target="_blank">irene.varela@alumni.mondragon.edu</a>>:</div><br class="gmail-m_8861958332093699568gmail-m_2614514527951275296gmail-m_-2540327589406583789Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Good morning Julian, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Can you help me with plotting some resting state EEG signals? I am new in Fieldtrip and I dont find clear information about this topic and I dont really know how to do plottings in Fieldtrip. I feel like the fieldtrip documentation is a little bit weak....</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you in advance, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Best regards, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Irene Varela</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El vie., 4 ene. 2019 a las 14:08, Julian Keil (<<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Irene,<div><br></div><div>what is the reason to use the extra checkdata step?</div><div>The function checks if the input data has the correct „datatype“ field.</div><div>Since you probably don’t have that field, the function will throw an error.</div><div><br></div><div>Also, I’d recommend using the eeglab2fieldtrip-function to get from EEGlab .set to a fieldtrip-like structure.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br></div><div><div><br><blockquote type="cite"><div>Am 04.01.2019 um 12:47 schrieb Irene Varela Leniz <<a href="mailto:irene.varela@alumni.mondragon.edu" target="_blank">irene.varela@alumni.mondragon.edu</a>>:</div><br class="gmail-m_8861958332093699568gmail-m_2614514527951275296gmail-m_-2540327589406583789gmail-m_-8045396301063702243Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi, </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I am a researcher in Mondragon University working on source reconstruction of EEG data. I am new at fieldtrip and I feel a little bit lost about this software. I have some errors in a code I have developed but I do not manage to solve them. Could you please help me?</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I want to plot EEG data of a channel called 'A1' which is the first row in a 2D matrix variable called data, which is inside EEG structure. The code I have developed is below and I get the following error: </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i><br></i></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i>Error using ft_checkdata (line 525)</i></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i>This function requires 'timelock' or 'freq' data as input, see ft_datatype_timelock or ft_datatype_freq.</i></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i><br></i></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">The code is the following:</div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>clc; clear all; close all;</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>clear variables</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>restoredefaultpath;  % set a clean path</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>main='E:\';</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cd='E:\fieldtrip-20181217'; % change this</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>addpath(cd);</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>ft_defaults;</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>filename = "E:\PBLdata\O200_RS1_final.set"; %cambiar aqui y poner vuestro directorio</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>load(filename, '-mat'); %Create EEG struct</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>location = EEG.chanlocs;</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>data = EEG.data; </i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg = [];</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg.xlim = [-0.2 1.0];</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg.ylim = [-1e-13 3e-13];</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg.channel = 'A1';</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>datos = data(1,:);</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>Ndata = numel(datos);</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>for i=1:Ndata</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>  % check if the input data is valid for this function</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>  datos(i) = ft_checkdata(datos(i), 'datatype', {'timelock', 'freq'});</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>end</i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>figure; ft_singleplotER(cfg,datos);</i></font></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i> </i></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you in advance,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Irene</div><div class="gmail_default"><br></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>