<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Jan 7, 2019 at 11:30 AM Irene Varela Leniz <<a href="mailto:irene.varela@alumni.mondragon.edu" target="_blank">irene.varela@alumni.mondragon.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hello Alex,</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I have tried the tutorial you mention, but as I stated above, I get error related with the definition of the structure (<font color="#ff0000" size="1">This function requires 'timelock' or 'freq' data as input, see ft_datatype_timelock or ft_datatype_freq.</font>). We dont really know how to obtain this from data. Do we have to add something more to obtain timelock and freq?</div></div></div></div></blockquote><div><br>What I was suggesting is, first as a learning practice, you can run the different fieldtrip examples (on fieldtrip example data) just to understand how the plotting functions work. Because these examples must work, you can play around with the different parameters in order to understand how the data should be organized and what manipulations you can apply to your plots. Second, once that you feel confident in plotting the fieldtrip example data (for instance, make sure that you understand what each of the fields in your data structure variable contain), you can try to find out what is the problem when you try to plot your own dataset.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Example:</div></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div dir="ltr"><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">EEG=load(filename);</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">data=EEG.data;</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">cfg = [];</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">cfg.xlim = [-0.2 1.0];</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">cfg.ylim = [-1e-13 3e-13];</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">cfg.channel = 'A1';</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">figure; ft_singleplotER(cfg,data);</font></div></div></div></blockquote><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you in advance, </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Irene</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div></div></div></div></blockquote>Probably you can share with us what is the content of your data struct variable. Otherwise it is difficult to tell where the problem might be.<div><br></div><br class="m_4746765095506903872gmail-Apple-interchange-newline"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El lun., 7 ene. 2019 a las 11:20, Alexis Pérez (<<a href="mailto:alexisperezbellido@gmail.com" target="_blank">alexisperezbellido@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Irene,<div><br></div><div>here you have different examples on how you can plot data in fieldtrip. </div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/plotting/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/plotting/</a></div><div><br></div><div>I recommend you to follow the tutorial by running the little snippets of code and trying to understand:</div><div>1 what are the fields that your data structure should contain in order to be plotted (e.g. if you want to plot timefrequency amplitide representations you must have a power representation).</div><div>2 how each of the cfg. arguments modify your plot (you can also use the matlab help command in each plotting function to see a description of the different plot features that you can modify).</div><div>3 what different types of data you can find and what are the different ways to plot them.<br><br></div><div>Once you have understood how yo plot the data in the fieldtrip examples, then you can start to generalize and customize those functions to your own needs.</div><div><br></div><div>In your particular example, if you want to plot the topology then you must use <span style="color:inherit;font-family:SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:inherit;background-color:rgb(238,238,238)">ft_topoplotER (and not </span><span style="color:inherit;font-family:SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;font-size:inherit;background-color:rgb(238,238,238)">ft_singleplotER).</span> Remember to indicate what is your helmet sensor/electrodes layout otherwise you will get errors or incorrect representation of your data.</div><div><br></div><div>Good luck and patience.</div><div><br></div><div>alex</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Jan 7, 2019 at 10:36 AM Irene Varela Leniz <<a href="mailto:irene.varela@alumni.mondragon.edu" target="_blank">irene.varela@alumni.mondragon.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi Julian, </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I have read about them in Fieldtrip documentation but I still dont manage to do nothing. I am looking for a topographic visualization of data and I am interesed in using Fieldtrip. Moreover, whenever I try different command I get the following error: </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">Error using ft_checkdata (line 525)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">This function requires 'timelock' or 'freq' data as input, see ft_datatype_timelock or ft_datatype_freq.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">Error in ft_singleplotER (line 133)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1" color="#ff0000">  varargin{i} = ft_checkdata(varargin{i}, 'datatype', {'timelock', 'freq'});</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">The data comes from eeglab using eeglab2fieldtrip function, so that we have the data stored in a struct. </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thank you in advance, </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Irene</font></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El lun., 7 ene. 2019 a las 10:27, Julian Keil (<<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Irene,<div><br></div><div>it helps if you describe exactly what you want to do (I don’t mean to be rude or patronizing, but check here for suggestions: <a href="https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002202</a>).</div><div><br></div><div>There are many ways to visualize resting state EEG signals, and you don’t need fieldtrip for all of them.</div><div>E.g., if you just want to plot the timecourse of the data, you can use the matlab built-in „plot“ function (e.g. use something like "plot(data.time{1},data.trial{1})“ to plot one trial). If you want to explore your data, ft_databrowser is your friend <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_use_the_databrowser/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_use_the_databrowser/</a></div><div><br></div><div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br></div><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">________________<br>Prof. Dr. Julian Keil<br><br>Biological Psychology<br>Olshausenstrasse 62 - R. 306<br>24118 Kiel, Germany<br><br>+49 - 0431 - 880 - 4872<br><a href="http://www.biopsych.uni-kiel.de/en" target="_blank">http://www.biopsych.uni-kiel.de/en</a><br><br></div></div><div><br><blockquote type="cite"><div>Am 07.01.2019 um 09:57 schrieb Irene Varela Leniz <<a href="mailto:irene.varela@alumni.mondragon.edu" target="_blank">irene.varela@alumni.mondragon.edu</a>>:</div><br class="m_4746765095506903872gmail-m_-7480729646434456860gmail-m_3587995978068004994gmail-m_7037854407697689726gmail-m_-2540327589406583789Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Good morning Julian, </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Can you help me with plotting some resting state EEG signals? I am new in Fieldtrip and I dont find clear information about this topic and I dont really know how to do plottings in Fieldtrip. I feel like the fieldtrip documentation is a little bit weak....</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you in advance, </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Best regards, </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Irene Varela</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El vie., 4 ene. 2019 a las 14:08, Julian Keil (<<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hi Irene,<div><br></div><div>what is the reason to use the extra checkdata step?</div><div>The function checks if the input data has the correct „datatype“ field.</div><div>Since you probably don’t have that field, the function will throw an error.</div><div><br></div><div>Also, I’d recommend using the eeglab2fieldtrip-function to get from EEGlab .set to a fieldtrip-like structure.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br></div><div><div><br><blockquote type="cite"><div>Am 04.01.2019 um 12:47 schrieb Irene Varela Leniz <<a href="mailto:irene.varela@alumni.mondragon.edu" target="_blank">irene.varela@alumni.mondragon.edu</a>>:</div><br class="m_4746765095506903872gmail-m_-7480729646434456860gmail-m_3587995978068004994gmail-m_7037854407697689726gmail-m_-2540327589406583789gmail-m_-8045396301063702243Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi, </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I am a researcher in Mondragon University working on source reconstruction of EEG data. I am new at fieldtrip and I feel a little bit lost about this software. I have some errors in a code I have developed but I do not manage to solve them. Could you please help me?</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I want to plot EEG data of a channel called 'A1' which is the first row in a 2D matrix variable called data, which is inside EEG structure. The code I have developed is below and I get the following error: </div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i><br></i></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i>Error using ft_checkdata (line 525)</i></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i>This function requires 'timelock' or 'freq' data as input, see ft_datatype_timelock or ft_datatype_freq.</i></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i><br></i></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">The code is the following:</div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>clc; clear all; close all;</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>clear variables</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>restoredefaultpath;  % set a clean path</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>main='E:\';</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cd='E:\fieldtrip-20181217'; % change this</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>addpath(cd);</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>ft_defaults;</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>filename = "E:\PBLdata\O200_RS1_final.set"; %cambiar aqui y poner vuestro directorio</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>load(filename, '-mat'); %Create EEG struct</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>location = EEG.chanlocs;</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>data = EEG.data; </i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg = [];</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg.xlim = [-0.2 1.0];</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg.ylim = [-1e-13 3e-13];</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>cfg.channel = 'A1';</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>datos = data(1,:);</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>Ndata = numel(datos);</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>for i=1:Ndata</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>  % check if the input data is valid for this function</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>  datos(i) = ft_checkdata(datos(i), 'datatype', {'timelock', 'freq'});</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>end</i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i><br></i></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><i>figure; ft_singleplotER(cfg,datos);</i></font></div></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><i> </i></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thank you in advance,</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Irene</div><div><br></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_4746765095506903872gmail-m_-7480729646434456860gmail-m_3587995978068004994gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font color="#000000">Alexis Pérez-Bellido, PhD </font><div><div><div style="font-size:small"><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px">Donders Institute for Brain, Cognition and Behavior, Nijmegen, Netherlands</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Prediction & Attention group</span></font><br style="color:rgb(136,136,136);font-size:12.8px">web: <a href="http://www.predatt.com/" rel="noreferrer" style="color:rgb(17,85,204);font-size:12.8px" target="_blank">https://www.predictivebrainlab.com/</a><br></div><div>gmail: <a href="mailto:alexisperezbellido@gmail.com" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">alexisperezbellido@gmail.com</a><br>skype: alexisperezbellido</div></div></div><div><div><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_4746765095506903872gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font color="#000000">Alexis Pérez-Bellido, PhD </font><div><div><div style="font-size:small"><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px">Donders Institute for Brain, Cognition and Behavior, Nijmegen, Netherlands</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Prediction & Attention group</span></font><br style="color:rgb(136,136,136);font-size:12.8px">web: <a href="http://www.predatt.com/" rel="noreferrer" style="color:rgb(17,85,204);font-size:12.8px" target="_blank">https://www.predictivebrainlab.com/</a><br></div><div>gmail: <a href="mailto:alexisperezbellido@gmail.com" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">alexisperezbellido@gmail.com</a><br>skype: alexisperezbellido</div></div></div><div><div><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>