<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">Dear all, </span></p>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
I am trying to use the powcorr_orth method in ft_connectivityanalysis and noticed the results always produce a random connectivity pattern. A similar issue has been raised a year ago here; </div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2017-July/011695.html<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
I found after editing a line from ft_connectivityanalysis the results look more reasonable, and wanted to confirm if this editing is correct with the fieldtrip developers. </div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
In fieldtrip-20170820 ft_connectivityanalysis I noticed a line which reshapes the fourierspctrm before inputting to ft_connectivity_powcorr_orth (<span style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">line 852 in fieldtrip-20181113</span>). </div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
        dat = reshape(data.fourierspctrm(:,:,i)', nrpttap, nchan).';<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
        datout{i} = ft_connectivity_powcorr_ortho(dat, optarg{:});</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
This seems to not fit the description of ft_connectivity_powcorr_orth, which requires "dat" to have nchan rows. </div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
I changed this to</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<div>        dat       = data.fourierspctrm(:,:,i)';</div>
<div>        datout{i} = ft_connectivity_powcorr_ortho(dat, optarg{:});</div>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
 <br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
The above gave natural looking blobs of connectivity in the topology. </div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
Thank you.</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
Sean</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: small;">
<br>
</div>
<br>
<p></p>
</div>
</body>
</html>