<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Maria,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Are you sure about the units in your headmodel (and gradiometers)? Using the value 1.0 as an inwardshift parameter suggests â€˜cm’. Not sure what will happen when by accident the hs_file is in â€˜m’ (which, as far as I know, is usually the case).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best wishes,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Jan-Mathijs</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
J.M.Schoffelen, MD PhD<br class="">
Senior Researcher, VIDI-fellow - PI, language in interaction<br class="">
Telephone: +31-24-3614793</div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Physical location: room 00.028</div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Donders Centre for Cognitive Neuroimaging, Nijmegen, The Netherlands<br class="">
<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 29 Oct 2018, at 13:33, Maria Hakonen <<a href="mailto:maria.hakonen@gmail.com" class="">maria.hakonen@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div dir="ltr" class="">Dear FieldTrip experts,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have run ft_mergealign across subjects to align the head positions. However, the residual variance between the original and the realigned data seems to be high:</div>
<div class=""> </div>
<div class="">
<div class="">original -> template             RV 21232.46 %</div>
<div class="">original             -> original RV 36.96 %</div>
<div class="">original -> template -> original RV 9579.95 %</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Could someone please let me know what would be the largest acceptable change in the residual variance, and what should I do if the residual variance is too high? Does the increase in residual variance mean that there is a large shift in the head
 position? </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have used ft_mergealign as follows:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">template = list of subjects (i.e. I want to calculate an average head position over the subjects)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">grad = data.grad;</div>
<div class="">hs=ft_read_headshape([hdr_path nameList{subj} '/hs_file']);</div>
<div class="">vol = ft_headmodel_localspheres(hs,grad);</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">cfg = [];</div>
<div class="">cfg.template = template;</div>
<div class="">cfg.inwardshift = 1.0;</div>
<div class="">cfg.vol =  vol;</div>
<div class="">data_aligned = ft_megrealign(cfg, data);</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Maria   <br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
fieldtrip mailing list<br class="">
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br class="">
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
<br class="">
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>