<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear FieldTrip experts,<div><br></div><div>I have run ft_mergealign across subjects to align the head positions. However, the residual variance between the original and the realigned data seems to be high:</div><div> </div><div><div>original -> template             RV 21232.46 %</div><div>original             -> original RV 36.96 %</div><div>original -> template -> original RV 9579.95 %</div></div><div><br></div><div>Could someone please let me know what would be the largest acceptable change in the residual variance, and what should I do if the residual variance is too high? Does the increase in residual variance mean that there is a large shift in the head position? </div><div><br></div><div>I have used ft_mergealign as follows:</div><div><br></div><div>template = list of subjects (i.e. I want to calculate an average head position over the subjects)</div><div><br></div><div><div>grad = data.grad;</div><div>hs=ft_read_headshape([hdr_path nameList{subj} '/hs_file']);</div><div>vol = ft_headmodel_localspheres(hs,grad);</div><div><br></div><div>cfg = [];</div><div>cfg.template = template;</div><div>cfg.inwardshift = 1.0;</div><div>cfg.vol =  vol;</div><div>data_aligned = ft_megrealign(cfg, data);</div></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Maria   <br></div><div><br></div></div></div></div>