<div dir="ltr">Hi Kate,<div><br></div><div>You mention that you're using indepsamplesT, so are you doing a test between groups (comparing two different groups) or within participants (comparing the same participants in two conditions)? If it's the latter, then I'd suggest using depsamplesT. </div><div><br></div><div>I am pasting below a good way to define your design matrix. This works well for a within-participant comparison. You'll need to adapt it if yours is indeed between groups. See the comments for the explanation.</div><div><br></div><div><div>Nsub = 29;</div><div>cfg.design(1,1:2*Nsub)  = [ones(1,Nsub) 2*ones(1,Nsub)];</div><div>cfg.design(2,1:2*Nsub)  = [1:Nsub 1:Nsub];</div><div>cfg.ivar                = 1; % the 1st row in cfg.design contains the independent variable</div><div>cfg.uvar                = 2; % the 2nd row in cfg.design contains the subject number</div></div><div><br></div><div>A possible problem is if you've computed grand averages and haven't used cfg.keepindividual = 'yes'. If that's the case, I'd suggest keeping the individual participants' data when calling ft_timelockgrandaverage. And then using the correct design matrix.</div><div><br></div><div>I hope this helps! Let us know if it still doesn't work.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Marisha</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Oct 23, 2018 at 2:35 PM Kate Stone <<a href="mailto:katemsto@gmail.com">katemsto@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>I've been following the tutorial here to do a time-locked perm test on ERP data: <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock" target="_blank">www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_timelock</a></div><div><br></div><div>I have computed grand averages for my two conditions and am using indepsamplesT with ft_timelockstatistics(cfg, GA_1, GA_2).</div><div><br></div><div>But what should the design matrix be? The example in the tutorial doesn't apply as I am using grand averages and the reference for ft_timelockstatistics doesn't mention the design matrix, although it is definitely required. I have tried design = [1,2], but this doesn't seem to give sensible results. <br></div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Kate<br></div><div><div><br><br></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>