<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta name=Generator content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:#0563C1;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:#954F72;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link="#0563C1" vlink="#954F72"><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Dear all,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>There has been a lot of discussion on the topic of finding statistical significance between two conditions within the same subject, but there still seems to be some lack of clarity and issues.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>As I understand, The first step is to compute frequencies using <span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>ft_freqanalysis, with keep trials as ‘yes’ and output=’fourier’</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg            = [];</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.output     = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#A020F0'>'fourier'</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.method     = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#A020F0'>'mtmfft'</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.foilim     = [5 100];</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.tapsmofrq  = 5;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.keeptrials = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#A020F0'>'yes'</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.trials = find(data_redef.trialinfo(:,1)==trialopt);</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>freq           = ft_freqanalysis(cfg, data_redef);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>freq = <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>  struct with fields:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>            label: {36×1 cell}<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>           dimord: 'rpttap_chan_freq'<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>             freq: [1×191 double]<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>    fourierspctrm: [1444×36×191 double]<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>        cumsumcnt: [76×1 double]<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>        cumtapcnt: [76×1 double]<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>        trialinfo: [76×5 double]<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>              cfg: [1×1 struct]<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'>The second step is to compute statistics using <span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black'>cfg.statistic = </span> ‘<span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#A020F0'>indepsamplesZcoh</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>’ Below is the example code<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1 = [];</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.method = 'montecarlo';       </span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.statistic = 'indepsamplesZcoh';                                 </span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.correctm = 'cluster';</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.clusteralpha = 0.05;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.minnbchan = 2;               </span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>                        </span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.neighbours = neighbours;   % neighbours computed separately before</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.tail = 0;                    % -1, 1 or 0 (default = 0); one-sided or two-sided test</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.clustertail = 0;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.alpha = 0.025;               % alpha level of the permutation test</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.numrandomization = 500;      % number of draws from the permutation distribution</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.parameter = 'fourierspctrm';</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>design = zeros(1,size(freq1.fourierspctrm,1) + size(freq2.fourierspctrm,1));</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>design(1,1:size(freq1.fourierspctrm,1)) = 1;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>design(1,(size(freq1.fourierspctrm,1)+1):(size(freq1.fourierspctrm,1) + size(freq2.fourierspctrm,1)))= 2;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>                </span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.design = design';</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.ivar  = 1;</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.channelcmb       = {'FC1' 'REMG'}; % coherence between two channels</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>cfg1.computecritval = 'yes';</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>stat=ft_freqstatistics(cfg1, freq1, freq2); % freq1 and freq2 are two conditions from same subject<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>But the second step gives an error because of dimension issues with the data<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'>Assignment has more non-singleton rhs dimensions than non-singleton subscripts<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'>Error in ft_statistics_montecarlo (line 319)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'>      statrand(:,i) = dum.stat;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'>Error in ft_freqstatistics (line 193)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'>    [stat, cfg] = statmethod(cfg, dat, design);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'>Error in Griptask_RT_coherence_analysis (line 140)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'>stat=ft_freqstatistics(cfg1, freq1, freq2);<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:red'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>There are couple of previous posts (below) that reported the same kind of error, but there is no solution yet<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2013-July/006821.html">https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2013-July/006821.html</a><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-June/002900.html">https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-June/002900.html</a><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>In the below post, Jan-Mathijs says not to use ‘cluster’ for correctm option. However, if we don’t use then how to reproduce the effects reported in “Nonparametric statistical testing of coherence differences” paper?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-April/002830.html">https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-April/002830.html</a><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>Is this error due to a bug? Or am I doing any mistake? I appreciate developers addressing this issue.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>Thanks,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'>Raghavan<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal style='text-autospace:none'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Courier New"'><o:p> </o:p></span></p></div></body></html>