<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div>Dear Eelke and others,</div>
<div><br class="">
</div>
<div>"<span style="background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Would it not be fair to say that the null hypothesis </span><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">here is that the expected value of our data equals zero?</span>”</div>
<div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class="">
</span></div>
<div><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">This question can be answered by “Yes” if one can produce a proof of the false alarm rate control of this “one-sample </span>randomisation test” under the null hypothesis that you mention. I
 welcome the results of all successful attempts to this challenge. You do not have to produce the proof yourself, a reference to a descent peer-reviewed publication (e.g., a statistics journal) is also OK.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>best,</div>
<div>Eric</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">From:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class="">Eelke
 Spaak <<a href="mailto:e.spaak@donders.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">e.spaak@donders.ru.nl</a>><br class="">
</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">Re:
 [FieldTrip] One-sample cluster based permutation t-test ERP data</b><br class="">
</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">Date:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class="">21
 August 2018 at 09:53:14 CEST<br class="">
</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; margin: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127);" class=""><b class="">To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class="">FieldTrip
 discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">
</span></div>
<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Dear
 Eric and all,</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Following
 up on your point (1), I've wondered in the past about the</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">one-sample
 randomization test (let's call it that to avoid the name</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">"permutation").
 Would it not be fair to say that the null hypothesis</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">here
 is that the expected value of our data equals zero?</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Cheers,</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Eelke</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">On
 19 August 2018 at 23:57, Maris, E.G.G. (Eric) <</span><a href="mailto:e.maris@donders.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">e.maris@donders.ru.nl</a><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">>
 wrote:</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
<blockquote type="cite" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration: none;" class="">
Dear FT-ers,<br class="">
<br class="">
The one-sample statistical test continues to be an issue that raises<br class="">
confusion. Although it is impossible to explain here the statistical<br class="">
background in all detail, the following points are relevant for empirical<br class="">
neuroscientists that apply cluster-based permutation tests to their data:<br class="">
<br class="">
1. A permutation test can only be used for comparing two or more<br class="">
experimental conditions. Thus, Stephen’s proposal is not a permutation test.<br class="">
However, it does produce a p-value, and by comparing it with some nominal<br class="">
value (e.g., 0.05) it can be used to take a decision. The problem with this<br class="">
procedure is that it is unclear what is the null hypothesis to which this<br class="">
decision pertains. Here lies the important difference with a permutation<br class="">
test for the difference between two experimental conditions: tthe null<br class="">
hypothesis involves that the biological data in the two conditions are<br class="">
generated by the same probability distribution.<br class="">
<br class="">
2. Comparing the activation (post-stimulus) with the baseline (pre-stimulus)<br class="">
period can be performed using a permutation test, regardless whether the raw<br class="">
data were transformed into a time-frequency representation or not. The<br class="">
reason why some people think it cannot be used on the raw data (i.e., for<br class="">
testing effects on the time-locked average) is that the baseline period is<br class="">
typically used to normalize the activation period (by removing the DC<br class="">
component). With this normalisation, the null hypothesis pertains to two<br class="">
sets of biological data of which one (the activation data) is already a<br class="">
function of the other (as a result of the normalisation procedure). If you<br class="">
want to use the actvsblT statfun, It makes more sense to perform a high-pass<br class="">
filter on the raw data rather than normalising the activation data using the<br class="">
baseline data.<br class="">
<br class="">
best,<br class="">
Eric Maris<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
 1. Re: One-sample cluster based permutation t-test ERP data<br class="">
    (Stephen Politzer-Ahles)<br class="">
<br class="">
From: Stephen Politzer-Ahles <<a href="mailto:politzerahless@gmail.com" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">politzerahless@gmail.com</a>><br class="">
Subject: Re: [FieldTrip] One-sample cluster based permutation t-test ERP<br class="">
data<br class="">
Date: 19 August 2018 at 10:36:09 CEST<br class="">
To: <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">
<br class="">
<br class="">
I'm not sure if there is or not, but in the past I have managed this by<br class="">
creating an ERP dataset that is all zeroes, and then comparing my real<br class="">
dataset to it with a cluster test. Since a one-sample test is the same as a<br class="">
paired samples test between something and zero (e.g., comparing X and Y via<br class="">
t-test is the same as comparing {X-Y} to zero), this should give the same<br class="">
result.<br class="">
<br class="">
<br class="">
---<br class="">
Stephen Politzer-Ahles<br class="">
The Hong Kong Polytechnic University<br class="">
Department of Chinese and Bilingual Studies<br class="">
<a href="http://www.mypolyuweb.hk/~sjpolit/" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://www.mypolyuweb.hk/~sjpolit/</a><br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class=""><br class="">
----------------------------------------------------------------------<br class="">
<br class="">
Message: 1<br class="">
Date: Fri, 17 Aug 2018 16:01:29 +0000<br class="">
From: Alex Sel <<a href="mailto:alex.sel@psy.ox.ac.uk" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">alex.sel@psy.ox.ac.uk</a>><br class="">
To: "<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>" <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">
Subject: [FieldTrip] One-sample cluster based permutation t-test ERP<br class="">
       data<br class="">
Message-ID: <<a href="mailto:47637187-A1A5-4040-8917-F04C501E65CF@psy.ox.ac.uk" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">47637187-A1A5-4040-8917-F04C501E65CF@psy.ox.ac.uk</a>><br class="">
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br class="">
<br class="">
Dear list,<br class="">
<br class="">
I wonder if there has been a function developed to do a one-sample cluster<br class="">
based permutation t-test ERP data. I am aware this is possible to do with<br class="">
actvsblT for time-frequency data.<br class="">
<br class="">
There is a forum thread from 2012 saying that this wasn’t implemented. But<br class="">
I wonder if there is anyone there who might have resolve this issue and<br class="">
wouldn’t mind sharing the solution.<br class="">
<br class="">
Any help would be appreciated.<br class="">
<br class="">
Best wishes,<br class="">
<br class="">
Alex Sel, PhD<br class="">
Associate Fellow of the Higher Education Academy<br class="">
Wellcome Centre for Integrative Neuroimaging<br class="">
Department of Experimental Psychology<br class="">
University of Oxford<br class="">
The Tinsley Building<br class="">
OX1 3SR<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
</blockquote>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<font face="Calibri" class=""><span style="font-size: 11px;" class="">Eric Maris | Donders Institute for Brain, Cognition, and Behaviour & Faculty of Social Sciences | Radboud University | PO Box 9104, 6500 HE Nijmegen | (024) 3612651 | <a href="http://www.ru.nl" class="">www.ru.nl</a><br class="">
</span><em style="color: rgb(34, 34, 34); font-size: 15px;" class=""><br class="">
</em></font></div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<span style="color: rgb(34, 34, 34); font-size: 9px;" class=""><font face="Calibri" class=""><i class="">This message (and any attachments) is intended solely for the addressee(s) and may contain confidential information. If you are not the addressee, do not
 copy this message (and any attachments), forward or share this message with third parties. You are requested to notify the sender immediately and delete this message.</i></font></span></div>
</div>
</div>
<br class="">
</body>
</html>