<div dir="ltr"><div>Hi Eno,</div><div><br></div><div>The list will be unable to answer your first question. E.g.: what is your full cfg, and what is your input/output data structure like? Are the NaNs already in 'freq'?. Please refer to
<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_to_ask_good_questions_to_the_community" target="_blank">
http://www.fieldtriptoolbox.<wbr>org/faq/how_to_ask_good_<wbr>questions_to_the_community</a> and
<a href="http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">
http://journals.plos.org/<wbr>ploscompbiol/article?id=10.<wbr>1371/journal.pcbi.1002202</a> in crafting your questions to this list.</div><div><br></div><div>However, if you literally mean 'extract', that you perhaps misunderstand the functionality of ft_freqbaseline, which is to remove (by division or subtraction), the baseline from the frequency data. Also, you can try to follow the tutorials on freqanalysis.<br></div><div><br></div><div>Your second question seems to be a double question:</div><div>1) I don't know about the eeglab interface, but if you have trials/epochs, time is always defined around a particular event, with t=0 more often than not corresponding to that trial event. At stimulus onset would make sense, but it has been your decision when segmenting the data. Best is to backtrack your (eeglab) segmentation and to double-check the .time field of your fieldtrip data structure, and see if that makes sense to you.</div><div><br></div><div>2) All trial-based functions that refer to time/latency, indeed do so according to the time-axis as specified in the datastructure in the .time field. However, what that time-axis refers to, (i.e. what t-0 means) depends on you, as described above.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>Stephen<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><div><br>
</div>

<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 15 August 2018 at 22:32, Eno Umotong <span dir="ltr"><<a href="mailto:enoumotong@hotmail.com" target="_blank">enoumotong@hotmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">







<div bgcolor="white" link="#0563C1" vlink="#954F72" lang="EN-US">
<div class="m_-7729868864540178271WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">Hi there,</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">I’m having trouble extracting the baseline from my time frequency data.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">I’m using the function like this:</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg = [];</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.output = ‘pow’;</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.channel = …</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.taper = ‘hanning’;</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.foi = …</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.t_ftimwin = ones(length(cfg.foi),1).*0.5;</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.toi = …</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.baseline = ..</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.baselinetype = ‘absolute’;</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">cfg.parameter = ‘powspctrm’;</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">freq = ft_freqanalysis(cfg, Dataset);</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">TFRHann3 = ft_freqbaseline(cfg,freq);</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p>
<div style="border:none;border-bottom:solid windowtext 1.5pt;padding:0in 0in 1.0pt 0in">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">How can I use this function correctly please? I’m sorry to bother you with this. I couldn’t find assistance online. TFRHann3.powspctrum returns a matrix full of NaN. I’m sure this is obvious to
 you.</span><u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Just one more question. When selecting my time window of interest for frequency analysis using ft_freqanalysis and specifying cfg.toi, would 0 represent my stimulus (as specified by epoch selection in eeglab
 interface)?</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Many thanks again for your help.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt" lang="EN-GB">Many thanks for your help.</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span><u></u><u></u></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/<wbr>journal.pcbi.1002202</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>