<div dir="ltr">Hello Jorn,<div><br></div><div>Thanks a lot for your response. Yes, I just collected the data samples, My primary aim is to visualize this data on a head model using field trip. so that it will be easy to understand. Please find attached data set collected using Octamon in this email. I also created layout for this. I attached data, layout and image in this email. Thanks a lot for your support. Its very useful for my research.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Best Regards,</div><div class="gmail_extra">Sunny</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 30, 2018 at 9:41 AM, Jörn M. Horschig <span dir="ltr"><<a href="mailto:jorn@artinis.com" target="_blank">jorn@artinis.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="m_6844609617094388913WordSection1"><p class="MsoNormal">Hi Sunny,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">The ADC channels in the tutorial are used as a trigger-channel. I am not sure how you insert the triggers in your experiment, but the Octamon has no direct trigger input (you could add triggers either wirelessly using a PortaSync or directly from within Oxysoft). The ADC of the Octamon is the battery level and not a trigger input. Depending on what you did, you have to follow different processing steps. If you let me know more about the events and triggers, I can let you know what to do (you could also send me some example data and I will send you an example script back that reads in the data in FieldTrip).<u></u><u></u></p><span class=""><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">With best regards,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Jörn<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">--<span style="color:#255a9e"><br>Jörn M. Horschig, PhD</span></span></b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif;color:#626264">, Project Leader & Software Engineer<br><a href="http://www.artinis.com/" target="_blank"><span style="color:#626264">Artinis Medical Systems</span></a>  |  +31 481 350 980 <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif;color:#1f497d"><a href="http://artinis.us3.list-manage1.com/subscribe?u=6bef931b76193f0e3d1dfe654&id=550bfdab46" target="_blank">Sign up for our NIRS newsletter</a></span><span style="font-size:13.5pt;color:black"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></span><p class="MsoNormal"><b>From:</b> Sunny p <<a href="mailto:sunnypitt1965@gmail.com" target="_blank">sunnypitt1965@gmail.com</a>> <br><b>Sent:</b> Monday, July 30, 2018 15:29<br><b>To:</b> FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>>; <a href="mailto:jorn@artinis.com" target="_blank">jorn@artinis.com</a><br><b>Cc:</b> Arana, S.L. (Sophie) <<a href="mailto:S.Arana@donders.ru.nl" target="_blank">S.Arana@donders.ru.nl</a>></p><div><div class="h5"><br><b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] Regarding Tutorial: Preprocessing and averaging of multi-channel NIRS data<u></u><u></u></div></div><p></p><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Hello Jorn,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks a lot for your response. I am working with Octamon data (4*2 Channel). I am trying to visualize the data using topo plot on head based image following <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/nirs_multichannel#epoch" target="_blank">http://www.<wbr>fieldtriptoolbox.org/tutorial/<wbr>nirs_multichannel#epoch</a> (nirs multi channel tutorial based on Oxymon which has 48 channel). I am wondering what parameter changes should I make to get the data for OCTAMON visualization as my data has only ADC001 and there is no ADC002 in data for epoch section. As I am not an NIRS expert, its difficult to figure out which parameters gives me the visualization as its throwing errors when following the tutorial.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks for your understanding and support.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Best Regards,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Sunny<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Mon, Jul 30, 2018 at 2:47 AM, Jörn M. Horschig <<a href="mailto:jorn@artinis.com" target="_blank">jorn@artinis.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal">Hi Sunny,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Yes, the FieldTrip NIRS plugin works for all our devices. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">With best regards,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Jörn<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif">--<span style="color:#255a9e"><br>Jörn M. Horschig, PhD</span></span></b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif;color:#626264">, Project Leader & Software Engineer<br><a href="http://www.artinis.com/" target="_blank"><span style="color:#626264">Artinis Medical Systems</span></a>  |  +31 481 350 980 </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Verdana",sans-serif;color:#1f497d"><a href="http://artinis.us3.list-manage1.com/subscribe?u=6bef931b76193f0e3d1dfe654&id=550bfdab46" target="_blank">Sign up for our NIRS newsletter</a></span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b>From:</b> fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.<wbr>nl</a>> <b>On Behalf Of </b>Sunny p<br><b>Sent:</b> Friday, July 27, 2018 20:41<br><b>To:</b> Arana, S.L. (Sophie) <<a href="mailto:S.Arana@donders.ru.nl" target="_blank">S.Arana@donders.ru.nl</a>><br><b>Cc:</b> FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br><b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] Regarding Tutorial: Preprocessing and averaging of multi-channel NIRS data<u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">Hello Sophie,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Once this tutorial is fully developed, Can we use this for OCTAMON (<a href="https://www.artinis.com/octamon/" target="_blank">https://www.artinis.com/<wbr>octamon/</a>)  ?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks for your understanding and support.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Best Regards,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Sunny<u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Jul 25, 2018 at 12:35 PM, Sunny p <<a href="mailto:sunnypitt1965@gmail.com" target="_blank">sunnypitt1965@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><p class="MsoNormal">Hello Sophie,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks a lot for providing this code. I am making some changes that are useful. Can you please inform what is the variable 'data_func' in the code relates to. This is the last undefined variable in code.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks for your understanding and support.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Best Regards,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Sunny<u></u><u></u></p></div><div><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Jul 25, 2018 at 8:22 AM, Sunny p <<a href="mailto:sunnypitt1965@gmail.com" target="_blank">sunnypitt1965@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><p class="MsoNormal">Hello Sophie,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks a lot for your clarification. This is very useful.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:#888888"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span class="m_6844609617094388913m5783873371524165625m2638943381933682025hoenzb"><span style="color:#888888">Sunny</span></span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"><br><br>On Wednesday, July 25, 2018, Arana, S.L. (Sophie) <<a href="mailto:S.Arana@donders.ru.nl" target="_blank">S.Arana@donders.ru.nl</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">Dear Sunny, </span><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">the multi-channel NIRS data tutorial is currently under construction and will hopefully be fully available in a couple of weeks. Until then, there might still be some inconsistencies such as the one you have encountered.</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">The variable you refer to is indeed missing. It refers to a filtered version of the data, and you can created it by running the following code before the epoching.</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier;color:black">cfg                 = [];</span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier;color:black">cfg.hpfilter        = 'yes';</span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier;color:black">cfg.hpfreq          = 0.01; </span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Courier;color:black">data_flt            = ft_preprocessing(cfg,data_<wbr>down);</span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">This should help you to continue with the tutorial, but please do keep in mind that we are currently working on it and you might encounter some other inconsistencies still later on.</span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">Best,</span><u></u><u></u></p><p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">Sophie</span><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div></div><div><div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"><hr size="2" width="100%" align="center"></span></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> fieldtrip [<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.<wbr>nl</a>] on behalf of Sunny p [<a href="mailto:sunnypitt1965@gmail.com" target="_blank">sunnypitt1965@gmail.com</a>]<br><b>Sent:</b> Tuesday, July 24, 2018 9:24 PM<br><b>To:</b> <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br><b>Subject:</b> [FieldTrip] Regarding Tutorial: Preprocessing and averaging of multi-channel NIRS data</span><u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black">Hello All Good Day,</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black">Hope you are doing fine,</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black">Thanks a lot for providing with fieldtrip which is really useful to analyze fNIRS data. I have an issue in the "Preprocessing and averaging of multi-channel NIRS data" tutorial. Can you please help me with this issue?</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black">Issue: In the  "</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;background:white">Preprocessing and averaging of multi-channel NIRS data" tutorial " <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/nirs_multichannel" target="_blank"><span style="color:#1155cc">http://www.fieldtriptoolbox.<wbr>org/tutorial/nirs_multichannel</span></a></span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;background:white">The "Epoch" section consists of a variable "data_flt.fsample" where "data_flt" variable is not defined. Can you please inform what is this variable related to? as this is needed to complete my analysis. </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;background:white"><img border="0" width="401" height="50" style="width:4.177in;height:.5208in" id="m_6844609617094388913m_5783873371524165625_x005f_x0000_i1026" src="cid:image001.png@01D4281B.CEE15950"></span><u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;background:white">Thanks for your understanding and support</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black;background:white">Best Regards,<br>Sunny</span><u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div><div id="m_6844609617094388913m_5783873371524165625DAB4FAD8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2"><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><table class="m_6844609617094388913MsoNormalTable" border="1" cellpadding="0" style="border:none;border-top:solid #d3d4de 1.0pt"><tbody><tr><td width="55" style="width:41.25pt;border:none;padding:9.75pt .75pt .75pt .75pt"><p class="MsoNormal"><a href="http://www.avg.com/email-signature?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-email&utm_content=emailclient" target="_blank"><span style="text-decoration:none"><img border="0" width="46" height="29" style="width:.4791in;height:.302in" id="m_6844609617094388913m_5783873371524165625_x005f_x0000_i1027" src="https://ipmcdn.avast.com/images/icons/icon-envelope-tick-green-avg-v1.png"></span></a><u></u><u></u></p></td><td width="470" style="width:352.5pt;border:none;padding:9.0pt .75pt .75pt .75pt"><p class="MsoNormal" style="line-height:13.5pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#41424e">Virus-free. <a href="http://www.avg.com/email-signature?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-email&utm_content=emailclient" target="_blank"><span style="color:#4453ea">www.avg.com</span></a> </span><u></u><u></u></p></td></tr></tbody></table><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>______________________________<wbr>_________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/<wbr>journal.pcbi.1002202</a><u></u><u></u></p></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/<wbr>journal.pcbi.1002202</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>