<div dir="ltr">Dear Silvia,<br><br>The warning seems reasonable to me, as the output times probably don't map perfectly on the input times. (BTW, your cfg.toi is rather dense, given that you use a width of 7, you can probably increase the time intervals a lot without losing much information, speeding it up as well)<br><br>Why you get a 'blue output' is hard to say, but you can set the zlim e.g. as 'absmax'. Take a look at the ft_freqanalysis function help in the beginning of the code (or type 'help ft_freqanalysis' in the MATLAB command window), to see your options there. You might want to play with a baseline correction in ft_freqanalysis to help visualise data with is otherwise affected with 1/f power. Also, check out FieldTrip visualisation tutorial, which should help you explore the options.<br><br>Best wishes,<br>Stephen</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 26 July 2018 at 09:57, Silvia Formica <span dir="ltr"><<a href="mailto:Silvia.Formica@ugent.be" target="_blank">Silvia.Formica@ugent.be</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Dear all, <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I am new to fieldtrip so I apologize in advance if my question is trivial.<br>
</p>
<p>I am trying to run a time frequency analysis with Morlet wavelets. </p>
<p>Here is the code I am using:<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div>cfg = [];</div>
<div>cfg.channel    = 1:64;<span style="white-space:pre-wrap"> </span>                <br>
</div>
<div>cfg.method     = 'wavelet'; </div>
<div><span style="font-size:12pt">cfg.pad        = 10;</span><br>
</div>
<div><span style="font-size:12pt">cfg.width      = 7; </span><br>
</div>
<div>cfg.output     = 'pow';<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>cfg.foi        = 4:1:30;<span style="white-space:pre-wrap"> </span>                </div>
<div>cfg.toi        = 0:0.0039:2;<span style="white-space:pre-wrap"> </span>   % my sampling rate is 512 Hz           </div>
<div>TFRwave        = ft_freqanalysis(cfg, data_clean);<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Where data_clean is the struct containing my trials. <span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;background-color:rgb(255,255,255)">All my trials are the same length.</span><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>When I run this code, I get the following warning:<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>Warning: output time-bins are different from input time-bins </div>
<div>trial 1, frequency 26 (29.00 Hz)</div>
<div>Warning: output time-bins aretrial 2, frequency 25 (28.00 Hz)<br>
</div>
<div>
<div>Warning: output time-bins aretrial 3, frequency 24 (27.00 Hz)</div>
<div>Warning: output time-bins aretrial 4, frequency 25 (28.00 Hz)<br>
</div>
<div>Warning: output time-bins aretrial 5, frequency 23 (26.00 Hz)<br>
</div>
</div>
<div>[...]<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I have no idea what this means. Any suggestion?<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Despite the warning, the TRFwave is computed, but when I try to plot it I get a completely blue output. Here is the code I am using for the plot:<br>
<br>
</div>
<div>
<div>cfg = [];</div>
<div>cfg.baseline     = [-0.5 -0.1]; </div>
<div>cfg.baselinetype = 'absolute'; <span style="white-space:pre-wrap"></span>        </div>
<div>cfg.zlim         = [-3e-27 3e-27];<br>
</div>
<div>cfg.showlabels   = 'yes';<span style="white-space:pre-wrap"> </span>        </div>
<div>cfg.layout       = 'biosemi64.lay';</div>
<div>figure</div>
<div>ft_multiplotTFR(cfg, TFRwave)<br>
<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>When I check the content of my TFRwave I can see it is not made of NaNs. </div>
<div>Is the problem due to the setting cfg.zlim? It is not clear to me how to set it.<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks in advance for any help!<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
</font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
<div>Silvia<br>
</div>
</font></span></div>
<br>
</div>
<div><br>
</div>
<p><br>
</p>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/<wbr>journal.pcbi.1002202</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>