<div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>I am trying to segment an individual subject's MRI following this tutorial:</div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/natmeg/dipolefitting">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/natmeg/dipolefitting</a></div><div><br></div><div>However, when plotting the mesh of the scalp segmentation I get these horrible disfigurations that are not in the original MRI.  Here is a screenshot:<br></div><div><br></div><div><img src="?ui=2&ik=4c33b381d2&view=att&th=16384b2eb74a776e&attid=0.1&disp=safe&realattid=ii_jhgsh5pm0_16384b2eb74a776e&zw" width="416" height="294"><br></div><div><br></div><div>These are the steps I'm taking<br></div><div>mri=ft_read_mri( '/data/radmantc/projects/T1_mni.nii')<br>mri.coordsys='mni'</div><div><br></div><div>cfg = [];<br>cfg.resolution = 1;<br>mri_resliced = ft_volumereslice(cfg, mri);<br>figure<br>ft_sourceplot([], mri_resliced);</div><div><br></div><div>%volume conduction model<br>cfg           = [];<br>cfg.output    = {'brain', 'skull', 'scalp'};<br>mri_segmented = ft_volumesegment(cfg, mri_resliced);<br><br>% copy the anatomy into the segmented mri<br>mri_segmented.anatomy = mri_resliced.anatomy;<br></div><div><br></div><div>%reconstruct the three triangulated meshes.<br>cfg = [];<br>cfg.method = 'projectmesh';<br>cfg.tissue = 'brain';<br>cfg.numvertices = 3000;<br>mesh_eeg(1) = ft_prepare_mesh(cfg, mri_segmented);<br><br>cfg.tissue = 'skull';<br>cfg.numvertices = 2000;<br>mesh_eeg(2) = ft_prepare_mesh(cfg, mri_segmented);<br><br>cfg.tissue = 'scalp';<br>cfg.numvertices = 1000;<br>mesh_eeg(3) = ft_prepare_mesh(cfg, mri_segmented);<br><br>figure<br>ft_plot_mesh(mesh_eeg(1), 'edgecolor', 'none', 'facecolor', 'r')<br>ft_plot_mesh(mesh_eeg(2), 'edgecolor', 'none', 'facecolor', 'g')<br>ft_plot_mesh(mesh_eeg(3), 'edgecolor', 'none', 'facecolor', 'b')  %this is the only mesh that is distorted<br>alpha 0.3<br></div><div><br></div><div>Also, can someone tell me how to respond to any replies I might get.  In previous posts, I only see the replies in the listserv digest emails.  Do I create a new email with the subject line of this case intact?  I don't get an email directly from the person sending the reply to my email, I only see it in the digest.<br></div><div><br></div><div>Thank you for the help,</div><div>Thomas Radman<br></div><div><br></div></div>