<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

Hi Josh, 

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">It seems like you are using the HCP Glasser atlas ('A multi-modal parcellation of human cerebral cortex')? The atlas presented as part of the network analysis tutorial is designed for a cortical mesh with 8004 vertices, rather than the 15002 you

 are using. I don’t believe ft_sourceinterpolate can currently cope with the surface-based transformation upwards from 8000—> 15000 vertices. </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">To use the HCP atlas you will need to downsample the original 32k atlas in fs_LR space to 15000 space and transform to whichever standard-brain template you are using. This is non-trivial and requires some functions from the HCP project (e.g.

 wb_command which can be found here: <a href="https://www.humanconnectome.org/software/workbench-command" class="">https://www.humanconnectome.org/software/workbench-command</a>).</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">If your mesh is created using Freesurfer you can use this script here:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><a href="https://github.com/Washington-University/Pipelines/blob/master/PostFreeSurfer/scripts/FreeSurfer2CaretConvertAndRegisterNonlinear.sh" class="">https://github.com/Washington-University/Pipelines/blob/master/PostFreeSurfer/scripts/FreeSurfer2CaretConvertAndRegisterNonlinear.sh</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">If the mesh is not constructed using Freesurfer it will be tricker & I would recommend contacting the HCP mailing list.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Good luck!</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Robert Seymour (Aston Brain Centre & Department of Cognitive Science, Macquarie University).</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

</body>

</html>