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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">Hi all,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">I’m a final year undergraduate in Cardiff working on pain networks.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have been trying to calculate coherence between 3 seed regions, however when I run the ft_connectivityanalysis, the labelcmb and cohspctrm arrays are empty (the channel labels don’t look like they were read?). There is no error or warning
messages that occur when running the command, so I am unsure why it is not running correctly.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">First, I run ft_freqanalysis which seems to run fine:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg = []<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.method = 'wavelet';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.output = 'pow';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.toi = 0:0.05:2;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.foi = [30:1:100];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">time_freq= ft_freqanalysis(cfg, virtualchannel_raw);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">time_freq =
<br>
<br>
label: {3x1 cell}<br>
dimord: 'chan_freq_time'<br>
freq: [1x71 double]<br>
time: [1x41 double]<br>
powspctrm: [3x71x41 double]<br>
cfg: [1x1 struct]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Then I run the connectivity analysis and up with the empty output:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.method = 'coh';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.channelcmb = {'pfcCont_seed' 'smc_seed'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 'pfcIps_seed' 'smc_seed'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 'pfcCont_seed' 'pfcIps_seed'}; <o:p>
</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">coherence = ft_connectivityanalysis(cfg, time_freq);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">coherence = <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">labelcmb: {0x2 cell}<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">dimord: 'chancmb_freq_time'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">cohspctrm: [0x71x41 double]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">time: [1x41 double]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">freq: [1x71 double]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg: [1x1 struct]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">>> coherence.labelcmb<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">ans = <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Empty cell array: 0-by-2<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">>> coherence.cohspctrm<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">ans =<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Empty array: 0-by-71-by-41<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have tried with fieldtrip versions 20161011 and 20171015 on matlab r2015a.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’ve shown this to various people much more experienced at fieldtrip than I and we’ve all been a bit stumped!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Any ideas?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Many thanks<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Rosa Taylor Beale<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>