<div dir="ltr">Hi Roberto,<div><br></div><div>ft_definetrial produces a cfg structure with a trl field that fr_preprocessing uses to read in the data segments of interest. conceptually, the order should be</div><div><br></div><div>cfg  = ft_definetrial(cfg)</div><div><br></div><div>% do not clear cfg</div><div><br></div><div>data = ft_preprocessing(cfg)</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Arjen</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 10, 2018 at 1:32 PM, Aykut Eken <span dir="ltr"><<a href="mailto:ekenaykut@gmail.com" target="_blank">ekenaykut@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span class=""><blockquote type="cite"><div style="word-wrap:break-word"><div><blockquote type="cite"><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo"><span><font color="#25992d">data_in                     =   </font><font color="#3a88fe">ft_definetrial(cfg);</font><font color="#25992d"> </font></span><font color="#25992d">%this will create a trl structure field, which is a list</font></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo">% of 3 columns, where every row describes a separate trial start, end and offset</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo">data_prej                   =   ft_preprocessing(cfg);</font></div></blockquote></div></div></blockquote><div><br></div></span>As far as I see, you must give the “data_in” as a input to ft_preprocessing.<div><br></div><div>Regards<br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br>Aykut Eken, PhD<br><br>Düzce University<br>Faculty of Engineering<br>Biomedical Engineering Department<br><br>Düzce University, Konuralp Campus,<br>81620, Konuralp, Düzce, Turkey<br><br>Tel: <a href="tel:+90%20536%20677%2073%2064" value="+905366777364" target="_blank">+905366777364</a><br>Office Tel: +90380542 11 00 /4546<br>Mail address1: <a href="mailto:aykuteken@duzce.edu.tr" target="_blank">aykuteken@duzce.edu.tr</a><br>Mail address2: <a href="mailto:ekenaykut@gmail.com" target="_blank">ekenaykut@gmail.com</a></div>
</div>
<br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On 11 Mar 2018, at 00:28, Roberto Petrosino <<a href="mailto:robpetrosino@gmail.com" target="_blank">robpetrosino@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_-5929041610045383450Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div style="word-wrap:break-word">Hi all,<div><br></div><div>I am trying to preprocess my eeg raw data (from BrainVision amplifiers), but I am having troubles with error I can’t figure out how to fix. Here’s the code:</div><div><br></div><div><div style="margin:0px;line-height:normal"></div><blockquote type="cite"><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">clear;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">clc;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:12px"><font face="Menlo" style="font-size:12px"> <br class="m_-5929041610045383450webkit-block-placeholder"></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(178,69,243)"><font face="Menlo" style="font-size:12px"><span>data_path = </span>‘/.../raw/'<span>;</span></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:12px"><font face="Menlo" style="font-size:12px"> <br class="m_-5929041610045383450webkit-block-placeholder"></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px">%STEP 1: reading the data in</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg             =   [];</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.dataset     =   [data_path <font color="#b245f3">’subj1.vhdr'</font>];</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:12px"><font face="Menlo" style="font-size:12px"> <br class="m_-5929041610045383450webkit-block-placeholder"></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px">%high-pass filter</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.preproc.hpfilter    =   <span style="color:rgb(178,69,243)">'yes'</span>;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px"><span>cfg.preproc.hpfiltord   =   2; </span>%known bug for filtering; can be avoided by changing the order of the filter (2 is random)</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.preproc.hpfreq      =   0.1; <span style="color:rgb(37,153,45)">%in Hz</span></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45);min-height:12px"><font face="Menlo" style="font-size:12px"> <br class="m_-5929041610045383450webkit-block-placeholder"></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px">%rereference</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.preproc.reref       =   <span style="color:rgb(178,69,243)">'yes'</span>;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.preproc.channel     =   <span style="color:rgb(178,69,243)">'all'</span>;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.preproc.implicitref =   <span style="color:rgb(178,69,243)">''</span>; <span style="color:rgb(37,153,45)">%on-line reference is empty</span></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px"><span>cfg.preproc.refchannel  =   {</span><span style="color:rgb(178,69,243)">'M1'</span><span>, </span><span style="color:rgb(178,69,243)">'M2'</span><span>}; </span>%the channels we want to rereference our data against. In this </font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px"><span>                              </span>%case, we will rereference against the linked mastoids</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45);min-height:12px"><font face="Menlo" style="font-size:12px"> <br class="m_-5929041610045383450webkit-block-placeholder"></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px">%updating channel locations; %% MPI/DCCN versions of actiCAP?</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(178,69,243)"><font face="Menlo" style="font-size:12px"><span>cfg.layout      =   </span>'/Users/.../MATLAB/<wbr>fieldtrip-master/template/<wbr>layout/acticap-64ch-standard2.<wbr>mat'<span>; </span><span style="color:rgb(37,153,45)">%the file we want to extract electrode coordinates from</span></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45);min-height:12px"><font face="Menlo" style="font-size:12px"> <br class="m_-5929041610045383450webkit-block-placeholder"></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px">%demean</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.deman       =   <span style="color:rgb(178,69,243)">'yes'</span>;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.basewindow  =   [-.2 0];</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:12px"><font face="Menlo" style="font-size:12px"><br></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px">%STEP 2: defining trials and epoching</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.trialdef.prestim        =   0.2;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.trialdef.poststim       =   1; <span style="color:rgb(37,153,45)">% epochs will be -200 1000 ms </span></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.trialdef.eventtype      =   <span style="color:rgb(178,69,243)">'Stimulus'</span>;</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">cfg.trialfun                =   <span style="color:rgb(178,69,243)">'trialfun_congruency</span><font color="#b245f3">’</font>; <font color="#77bb41">%<wbr>customized function for the data</font></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px"><span><font color="#25992d">data_in                     =   </font><font color="#3a88fe">ft_definetrial(cfg);</font><font color="#25992d"> </font></span><font color="#25992d">%this will create a trl structure field, which is a list</font></font></div><div style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45)"><font face="Menlo" style="font-size:12px">% of 3 columns, where every row describes a separate trial start, end and offset</font></div><div style="margin:0px;line-height:normal"><font face="Menlo" style="font-size:12px">data_prej                   =   ft_preprocessing(cfg);</font></div></blockquote><div style="margin:0px;font-size:10px;line-height:normal;min-height:12px"> <br class="m_-5929041610045383450webkit-block-placeholder"></div><div style="margin:0px;font-size:10px;line-height:normal;color:rgb(37,153,45);min-height:12px"><br></div><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:14px">This is the error that pops up:</div><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:14px"><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:14px"></div><blockquote type="cite"><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:14px"><span style="font-size:12px"><font face="Menlo">Error using ft_preprocessing (line 387)</font></span></div><div style="margin:0px;line-height:normal;min-height:14px"><span style="font-size:12px"><font face="Menlo">you must call FT_DEFINETRIAL prior to FT_PREPROCESSING</font></span></div></blockquote></div><div><br></div><div>which is weird, since <span style="font-family:Menlo">ft_definetrial()</span><span style="font-family:Menlo;color:rgb(37,153,45)"> </span>is called right <i>before </i><span style="font-family:Menlo">ft_preprocessing(<wbr>)</span>. Does anyone know what the problem could be? </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>-Roberto</div><div><br></div><div>——</div><div>Roberto Petrosino<div>PhD student in Linguistics</div><div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">CT Institute from Brain and Cognitive Sciences</span></div><div>University of Connecticut</div></div></div>
<br></div></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>