<div dir="ltr">Dear Fieldtrippers,<div><br></div><div>I found the solution and it is simple. Just make sure that you have in your config follwing lines:</div><div><br></div><div>cfg.projmethod = 'project'</div><div>cfg.projvec = [0 5]</div><div><br></div><div>Have a nice plots !</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Michał Komorowski, MSc</span><div><font size="1">Nicolaus Copernicus University in Toruń</font></div><div><span style="font-size:x-small">Faculty of Physics, Astronomy and Informatics</span><font size="1"><br></font></div><div><font size="1">Department of Informatics</font></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2017-07-31 14:15 GMT+02:00 Michał Komorowski <span dir="ltr"><<a href="mailto:michak@is.umk.pl" target="_blank">michak@is.umk.pl</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Fieldtrippers,</div><div><br></div><div>I am trying to reproduce brain surface pictures from this paper (Fig.5) : <a href="http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002498" target="_blank">http://journals.plos.org/<wbr>plosbiology/article?id=10.<wbr>1371/journal.pbio.1002498</a></div><div><br></div><div>I wonder why I get weid black spots in surface plot (e.g. occipital area).</div><div>What should I do to get those nice picures from link above?</div><div>What I am doing wrong (code below)?</div><div><br></div><div>Code for generating erroneous pictures (see attachment):</div><div><br></div><div><div>mrifile             = [FieldtripPath 'template/anatomy/single_subj_<wbr>T1.nii']</div><div><br></div><div>mri = ft_read_mri(mrifile)</div><div>mri.coordsys = 'mni'; % to prevent manual fixing of coordsys</div><div><br></div><div>atlaspath       = [FieldtripPath 'template/atlas/aal/ROI_MNI_<wbr>V4.nii'];</div><div>atlas           = ft_read_atlas(atlaspath)</div><div>atlas.anatomy   = mri.anatomy;</div><div><br></div><div>cfg                     = [];</div><div>cfg.method              = 'surface';</div><div>cfg.projmethod          = 'project';</div><div>cfg.camlight            = 'yes';</div><div>%cfg.surffile = [FieldtripPath 'template/anatomy/surface_<wbr>pial_left.mat']; % uncomment to project half brain</div><div>cfg.locationcoordinates = 'voxel';</div><div>cfg.cmap                = jet(116); </div><div>cfg.cmap                = [[0,0,0]; cfg.cmap] </div><div>cfg.funcolormap         = cfg.cmap;</div><div>cfg.funparameter        = 'tissue';</div><div>cfg.atlas               = atlaspath;</div><div>ft_sourceplot(cfg, atlas)</div></div><div><br></div><div><br></div><div><div>% check fit anatomy to atlas</div><div>cfg                     = [];</div><div>cfg.method              = 'ortho';</div><div>cfg.locationcoordinates = 'voxel';</div><div>cfg.cmap                = jet(116); </div><div>cfg.cmap                = [[0,0,0]; cfg.cmap] % color map</div><div>cfg.funcolormap         = cfg.cmap;</div><div>cfg.funparameter        = 'tissue';</div><div>ft_sourceplot(cfg, atlas)</div></div><div><br></div><div>Best wishes.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><div><div class="m_-5092662803827554880gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Michał Komorowski<br></span></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div></div>