<div dir="ltr">Thanks again Julian,<div>About the covariance, I am not sure about its usage in the reconstruction of single-trials activity.</div><div>According to the example, this is done by multiplying the spatial filters with the EEG data.</div><div><br></div><div>Whereas the covariance (Cf) is used to compute the avg.pow and ori in ft_eloreta (line 160-168)</div><div><br></div><div><div>% get the power</div><div>dip.pow = zeros(size(dip.pos,1),1);</div><div>dip.ori = cell(size(dip.pos,1),1);</div><div>for i=1:size(dip.pos,1)</div><div>  csd        = dip.filter{i}*<b>Cf</b>*dip.filter{i}';</div><div>  [u,s,vv]    = svd(real(csd));</div><div>  dip.pow(i) = s(1);</div><div>  dip.ori{i} = u(:,1);</div><div>end</div></div><div><br></div><div>It does not seem to be considered when creating and storing spatial filters (later used for single-trials reconstruction)</div><div>(line 152-158, ft_eloreta)</div><div><br></div><div><div>% use existing filters, or compute them</div><div>if ~isfield(dip, 'filter')</div><div>  filt = mkfilt_eloreta_v2(leadfield, lambda);</div><div>  for i=1:size(dip.pos,1)</div><div>    dip.filter{i,1} = squeeze(filt(:,i,:))';</div><div>  end</div><div>end</div></div><div><br></div><div>My question is, am I getting this wrong?</div><div>and if not, should I ignore the covariance estimation in the case of single-trials reconstructed via filters*data?</div><div><br></div><div><br></div><div>Cheers, </div><div>David</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-09-13 13:41 GMT+02:00 Julian Keil <span dir="ltr"><<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi David,<div><br></div><div>regarding the lambda, I think there are different ideas floating around the fieldtrip discussion-list. I suggest searching for the term „lambda“ to get a rough idea. Personally, for our EEG-data I usually use 10%.</div><div><br></div><div>What is your question exactly regarding the covariance as input?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><div class="h5"><div><br><div><blockquote type="cite"><div>Am 13.09.2017 um 13:22 schrieb David Pascucci <<a href="mailto:psc.dav@gmail.com" target="_blank">psc.dav@gmail.com</a>>:</div><br class="m_-7229799268062167066Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr">Thaks Julian,<div>that is the approach I was using, with eLoreta.</div><div>I am not sure about two steps,though.</div><div>One is the estimate and use of the signal covariance to input for <span style="font-size:12.8px">single-trial activity in source space.</span></div><div><span style="font-size:12.8px">The other is the choice of the optimal lambda.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">If you have some advice, that wold be very helpful.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Thanks,</span></div><div><span style="font-size:12.8px">David</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-09-13 12:22 GMT+02:00 Julian Keil <span dir="ltr"><<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi David,<div><br></div><div>do you want to obtain single-trial activity in source space? In that case, have you looked at the „virtual sensors“-tutorial? <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/shared/virtual_sensors" target="_blank">http://www.<wbr>fieldtriptoolbox.org/tutorial/<wbr>shared/virtual_sensors</a></div><div>In the tutorial, LCMV is used for the source analysis, but it should also work with sloreta, as the output-structure of the source-analysis is identical. I’m not sure about MNE though.</div><div><br></div><div>Good luck,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="m_-7229799268062167066h5"><div>Am 12.09.2017 um 20:47 schrieb David Pascucci <<a href="mailto:psc.dav@gmail.com" target="_blank">psc.dav@gmail.com</a>>:</div><br class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="m_-7229799268062167066h5"><div dir="ltr"><p class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-p1"><span class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-s1">Dear fieldtrip experts,</span></p><p class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-p1"><span class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-s1">I was wondering if anyone has experience with extracting single trials estimates of source activity (using MNE or Loreta-based approaches) from regions of interest, and what would be the best procedure…</span></p><p class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-p2"><span class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-s1"></span><br></p><p class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-p1"><span class="m_-7229799268062167066m_572360733086510478gmail-s1">Thanks in advance</span></p></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></blockquote></div><br></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_-7229799268062167066gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(153,153,153);font-style:italic;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">--------------------- </span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-style:italic;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">David Pascucci</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Postdoctoral Fellow</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">University of Fribourg</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Department of Psychology</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Rue de Faucigny 2</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">1700 Fribourg</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Switzerland</span><br></div></div></div></div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></blockquote></div><br></div></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(153,153,153);font-style:italic;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">--------------------- </span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-style:italic;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">David Pascucci</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Postdoctoral Fellow</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">University of Fribourg</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Department of Psychology</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Rue de Faucigny 2</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">1700 Fribourg</span><br style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px"><span style="color:rgb(153,153,153);font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12.8px">Switzerland</span><br></div></div></div></div>
</div>