<div dir="ltr"><div>Yaay ! </div><div><br></div><div>+ and - works  ! :D</div><div><br></div><div><br></div><div>For determining coordsys one should type:</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">% clim adjusts contrast (default [0 1], the lower the brighter)</font></div><div><font face="monospace, monospace">[dataout] = ft_determine_coordsys(mri00, 'clim', [0 0.25])</font></div></div><div><br></div><div> <br></div><div>Thank you very much !</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Michał Komorowski, MSc</span><div><font size="1">Nicolaus Copernicus University in Toruń</font></div><div><span style="font-size:x-small">Faculty of Physics, Astronomy and Informatics</span><font size="1"><br></font></div><div><font size="1">Department of Informatics</font></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2017-09-11 23:48 GMT+02:00 Arjen Stolk <span dir="ltr"><<a href="mailto:a.stolk8@gmail.com" target="_blank">a.stolk8@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Michal,<div><br></div><div>There's a (undocumented) keyboard shortcut, shift+equal sign (numpad +) to adjust the contrast scaling (use numpad - for the opposite direction). </div><div><br></div><div>Perhaps ft_sourceplot should additionally require the same cfg.lim option that for instance ft_determine_coordsys uses. Will propose in a PR.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Arjen</div><div><br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(37,153,45)"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="gmail-h5">On Mon, Sep 11, 2017 at 2:16 PM, Michał Komorowski <span dir="ltr"><<a href="mailto:michak@is.umk.pl" target="_blank">michak@is.umk.pl</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div class="gmail-h5"><div dir="ltr"><div>Dear Fieldtrippers,</div><div><br></div><div>How to correct low contrast in MR image when using ft_mri_read and ft_sourceplot to read and display MR image? (see attachment mri00_lowctrst.png)</div><div><br></div><div>For comparison, same .nii opened with mricron software (<a href="http://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/install.html" target="_blank">http://people.cas.sc.edu/rord<wbr>en/mricron/install.html</a>) displays with proper contrast (see attachment mri00_hictrst.png)</div><div><br></div><div>Code:</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">ss = 'sub1';</font></div><div><font face="monospace, monospace">f = ['../data/ind/', ss, '/mri/mri00.nii'];</font></div><div><font face="monospace, monospace">mri00 = ft_read_mri(f)</font></div><div><font face="monospace, monospace">ft_sourceplot([],mri00)</font></div></div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you in advance !</div><br clear="all"><div><div class="gmail-m_-8616360945946878976m_7108118602011526554gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Michał Komorowski, MSc</span><div><font size="1">Nicolaus Copernicus University in Toruń</font></div><div><span style="font-size:x-small">Faculty of Physics, Astronomy and Informatics</span><font size="1"><br></font></div><div><font size="1">Department of Informatics</font></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div></div>