<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi David,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Have you checked whether this could be due to a potential typo in the specification of your cfg.channel (e.g.: CZ versus Cz)?</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Jan-Mathijs</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 6 Sep 2017, at 16:48, David <<a href="mailto:preted@mcmaster.ca" class="">preted@mcmaster.ca</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello everyone,<span class="Apple-converted-space"> </span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am running into an error when I try to compute the cluster based permutation test in the frequency-time domain comparing baseline to when the stimulus is present. I’ve calculated the power for 300 milliseconds (1 millisecond is equal to one time point) before
 the onset of the stimulus and 300ms during the stimulus for a range of 10 frequencies. The error I’m running into is stated below as well as my code and I’ve attached an image of what the data looks like. I’ve tried following the tutorials and searching through
 the mailing list and can’t seem to find a solution.  Has anyone else run into this problem and found a solution or am I making an error somewhere in my analysis?</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
MY CODE:</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg = [];</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.channel          = 'CZ';</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.latency          = [0.1 0.4];</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.method           = 'montecarlo';</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.frequency        = 'all';</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.statistic        = 'ft_statfun_actvsblT';</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.correctm         = 'cluster';</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.clusteralpha     = 0.05;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.clusterstatistic = 'maxsum';</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.tail             = 0;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.clustertail      = 0;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.alpha            = 0.025;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.numrandomization = 500;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    ntrials = size(TFR_FFR.powspctrm,1);</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    design  = zeros(2,2*ntrials);</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    design(1,1:ntrials) = 1;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    design(1,ntrials+1:2*ntrials) = 2;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    design(2,1:ntrials) = [1:ntrials];</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    design(2,ntrials+1:2*ntrials) = [1:ntrials];</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.design   = design;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.ivar     = 1;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    cfg.uvar     = 2;</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
   TFR_FFR_stat =  ft_freqstatistics(cfg, TFR_FFR, TFR_FFRbaseline);</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
THE ERROR MESSAGE:</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
“Error using reshape</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
To RESHAPE the number of elements must not change.</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Error in ft_statfun_actvsblT (line 115)</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
  timeavgdat=repmat(reshape(meanreshapeddat,(nchan*nfreq),nrepl),ntime,1);</div>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
 <span class="Apple-converted-space"> </span></p>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Error in ft_statistics_montecarlo (line 267)</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
  [statobs, cfg] = statfun(cfg, dat, design);</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Error in ft_freqstatistics (line 194)</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    [stat, cfg] = statmethod(cfg, dat, design);</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Error in TFRClusterBasedStats (line 54)</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    TFR_FFR_stat =  ft_freqstatistics(cfg, TFR_FFR,</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    TFR_FFRbaseline);”</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you,</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
David Prete<br class="">
Ph.D. Candidate<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
McMaster Institute for Music and the Mind<br class="">
Department Psychology, Neuroscience and Behaviour<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
McMaster University</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<span id="cid:B57383C8-BDC7-4E9D-A624-2DD127907E04@home"><Screenshot (16).png></span><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">fieldtrip
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
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</html>