<div dir="ltr"><div><p style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(69,69,69)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hi everyone, </font></p>
<p style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(69,69,69)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></p><p style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(69,69,69)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I have a few questions regarding how to use the atlases to create ROI masks to use for my source analysis</font></p>
<ol>
<li style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(69,69,69)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b>how do you use the freesurfer atlas</b>.</font></li></ol><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(69,69,69)"> i’ve tried ft_read_atlas({'aparc+aseg.mgz','SPNS1151-oct-6-src.fif’}) but I don’t think this is the correct use because I get a structure with an aparc field which is 256x256x256. I don’t see the link between this and my source model. It tried using ft_volumelookup after (using the volume that was put through freesufer as an input ) but this also gives a 256x256x256 mask. I know at some point I have to orig.inuse to link the vertices in the high</span> <span style="color:rgb(69,69,69)">resolution tessellation to those in the sourcemodel. but i’m missing something or doing something wrong before this. </span>
</font><ol start="2">
<li style="margin:0px;line-height:normal;color:rgb(69,69,69)"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif">If I want to use a template atlas, how do I link that to my source space.</font></b></li>
</ol><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(69,69,69)">I tried following this </span><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_brain_atlas_based_mni_space"><span style="color:rgb(228,175,10)">http://www.fieldtriptoolbox.org/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_brain_atlas_based_mni_space</span></a><span style="color:rgb(69,69,69)"> . but how do I warp the cortical sheet grid that i've already created to the the template grid. </span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(69,69,69)"><br></span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(69,69,69)">     3. <b>Is it possible to use an ROI mask that was created from fMRI data in afni in </b></span></font><font color="#454545" face="arial, helvetica, sans-serif"><b>field trip?</b></font></div><div><font color="#454545" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#454545" face="arial, helvetica, sans-serif">I can read in the ROI using ft_read_atlas, but have no idea how that could be used to select the corresponding grid points in my source model.</font></div><div> </div><div>would really appreciate if someone could help answer this questions</div><div><font color="#454545" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#454545" face="arial, helvetica, sans-serif">Thanks!</font></div><div><font color="#454545" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#454545" face="arial, helvetica, sans-serif">Ainsley <br></font><ol start="2">
</ol>
<p style="margin:0px;font-size:12px;line-height:normal;font-family:'Helvetica Neue';color:rgb(69,69,69);min-height:14px"><br></p>
<p style="margin:0px;font-size:12px;line-height:normal;font-family:'Helvetica Neue';color:rgb(69,69,69);min-height:14px"><br></p></div>
</div>