<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear list,<br><br></div>My apology, it should be a comparison of coherence value between 2 conditions in a within subject design.<br><br></div>In addition to my previous question on how to implement a non-parametric permutation test on the difference of coherence values, I would like to consult that in case I used hanning window as a single taper, what should I do with the Z spectra equation described in Jan-Mathijs's J.Neurosci. 2011 paper? As it will result in infinite values, right?<br><br></div>Best,<br></div>Qing Meng<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 1, 2017 at 4:42 PM, Q Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:q.meng301@gmail.com" target="_blank">q.meng301@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Dear list,<br><br></div>I'm running source analysis using DICS on my MEG data following the cortical-muscular coherence tutorial and now would like to compare the source level coherence value between 2 conditions in a between subject design.<br><br></div>I found some older posts on this topic from the discuss list (<a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-September/004279.html" target="_blank">https://mailman.science.ru.<wbr>nl/pipermail/fieldtrip/2011-<wbr>September/004279.html</a>)  (<a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2016-March/010166.html" target="_blank">https://mailman.science.ru.<wbr>nl/pipermail/fieldtrip/2016-<wbr>March/010166.html</a>). Following the instructions, I Z-transformed the coherence manually and specified cfg.statistic = 'ft_statfun_diff' and then did the cluster based non-parametric permutation test. However, I got an error message says <i>"Error using ft_statistics_montecarlo (line 242) could not determine the parametric critical value for clustering"</i> right after the statistical analysis started. Please see below a snippet of code:<br><br>... <br>Z- transform coherence manually and creating 0-coherence data<br>...<br><br>cfg                     = [];<br>cfg.method        = 'montecarlo';<br></div><div>% cfg.statistic           = 'ft_statfun_depsamplesT';<br></div><div>cfg.statistic        = 'ft_statfun_diff';<br>cfg.parameter    = 'coh';<br>cfg.correctm      = 'cluster';<br>cfg.numrandomization    = 1000;<br>cfg.alpha               = 0.05;<br>cfg.clusteralpha        = 0.05; <br>cfg.tail                = 0;<br>cfg.clustertail         = 0;<br>cfg.correcttail         = 'alpha';<br>cfg.connectivity        = VertConn;<br><br>nsubj                   = 19;<br>cfg.design(1,:)         = [1:nsubj 1:nsubj];<br>cfg.design(2,:)         = [ones(1,nsubj) ones(1,nsubj)*2];<br>cfg.uvar                = 1; % row of design matrix that contains unit variable (in this case: subjects)<br>cfg.ivar                = 2; % row of design matrix that contains independent variable (the conditions)<br><br><br>stat = ft_sourcestatistics(cfg, data_meg_source_cohe_sentence_<wbr>dics_parsing_B2_ICA{:}, data_meg_source_cohe_sentence_<wbr>dics_parsing_B5_ICA{:});<br><br><br></div>Before this, I just used  cfg.statistic =  'ft_statfun_depsamplesT' to compare the coherence value between two conditions and the program itself worked well.<br><br><pre>Does anyone have an idea where my problem could be or what I should do instead?3<br><br>Thanks for your help!<br><br>Best, <br></pre><pre>Qing<br></pre> </div>
</blockquote></div><br></div>