<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin-top:0in;
        margin-right:0in;
        margin-bottom:10.0pt;
        margin-left:0in;
        line-height:115%;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear Fieldtrip community,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
I have a question regarding coregistering the MRI data. After using “<span style="color:black">ft_volumerealign” to align the MRI data with the digitized Polhemus data, the translation of the MRI voxels is saved in the “transform” field of the structure returned
 by the </span>“<span style="color:black">ft_volumerealign”. However after using “ft_volumereslice” this matrix (transform) is lost and the coordinate system of the transformed MRI volume does not match the coordinate system of the original MRI data. Is there
 any way to extract the </span> output of the “<span style="color:black">ft_volumerealign” function so I can rotate and translate my Polhemus data while having the MRI voxels fixed in space? Thank you for your time.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Amir Borna.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Sandia National Lab.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;line-height:normal;text-autospace:none">
<o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">               <o:p></o:p></p>
</div>
</body>
</html>