<div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div><div>I'm currently trying to calculate various spectral based connectivity metrics starting from the results of a partial canonical coherence beamfomer as in this tutorial:</div><div><br></div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/chieti/wholebrain?s[]=connectivity">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/chieti/wholebrain?s[]=connectivity</a><br></div><div><br></div><div>but I'm facing with the following problems:</div><div><br></div><div>1) Despite I specify a seed location in cfg.refindx, ft_connectivityanalysis is calculating the coherence spectrum for all the possible grid point combinations (24024 x 24024 values)</div><div>2) I cannot calculate WPLI (seems this method is not supported for source data).</div><div><br></div><div>Below the code I'm using. Fieldtrip version is 20170522.</div><div><br></div><div>Any help will be appreciated ! Thank you !</div><div><br></div><div><br></div><div><div>% Here I compute full Fourier spectrum from "data"</div><div>cfg = [];</div><div>cfg.keeptrials = 'yes';</div><div>cfg.channel = '{ft_channelselection({'MEGGRAD'}, data);</div><div>cfg.method='mtmfft';</div><div>cfg.output = 'fourier';</div><div>cfg.pad = 'nextpow2';</div><div>cfg.foi = 5.5;</div><div>cfg.taper='dpss';</div><div>cfg.tapsmofrq = 1.5;</div><div>frc = ft_freqanalysis(cfg, data);</div><div><br></div></div><div><div>% Compute the PCC beamformer</div><div>cfg = [];</div><div>cfg.method = 'pcc';</div><div>cfg.headmodel = vol;</div><div>cfg.grad = grad;</div><div>cfg.grid = sourcemodel;</div><div>cfg.frequency = 5.5;<br></div><div>cfg.pcc.lambda = lambda;</div><div>cfg.pcc.fixedori = 'yes';</div><div>cfg.pcc.feedback = 'no';</div><div>cfg.pcc.normalize = 'yes';</div><div>cfg.pcc.keepfilter = 'yes';</div><div>cfg.channel = ft_channelselection({'MEGGRAD'}, data); </div><div>source = ft_sourceanalysis(cfg, frc);</div></div><div><br></div><div>% Compute connectivity</div><div>cfg = [];</div><div>cfg.refindx = seedIndex;</div><div>% cfg.method = 'wpli_debiased";  % Not supported?</div><div>cfg.method = 'coh'; </div><div>cfg.complex = 'imag';<br></div><div><div>conn = ft_connectivityanalysis(cfg, source);</div><div><br></div><div><br></div></div><div>D.</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail-m_-3960142859311689097gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><font color="#000000">Davide Tabarelli, Ph.D.<br></font></div><font color="#000000">Center for Mind Brain Sciences (CIMeC)<br>University of Trento,<br>Via delle Regole, 101<br>38123 Mattarello (TN)<br>Italy</font><br></div></div></div></div></div></div>
</div>