<div dir="ltr"><img width="0" height="0" class="mailtrack-img" style="float:right;" alt="" src="https://mailtrack.io/trace/mail/32ba5a344678634d6f5b4346c9fbd25de7f994fc.png?u=1356666">Dear Field-trip community,<div><br></div><div>I am having the following errors when computing connectivity analysis. Please any help in this regard would be highly appreciated. Thanks in advance.</div><div><br></div><div>1. How to compute atlas based source model grid, from MMP atlas?. Since MMP atlas doesn't contain the <b>dim </b>field, the ft_volumelookup function doesn't work prompting me the same error. </div><div><br></div><div> <br></div><div>2. Alternatively, I had created AAL atlas based source model grid and used to compute source connectivity (img.coh) from PCC beamformer source output. But, I am unable to compute the connectivity value for each parcel using ft_sourceparcellate. I am writing the codes used to derive the same.</div><div><br></div><div><div>3. Is there any acronym or a clear explanation for the parcellation label?. I had read Glasser et al 2016 paper and their resource site. But, I couldn't get complete names or explanation for all the ROIs. </div></div><div><br></div><div><div><br></div><div>CODE:</div><div>%source is the output of pcc beamformer results.</div><div><div>cfg         = [];</div><div>cfg.method  ='coh';</div><div>cfg.complex = 'absimag';</div><div>source_conn_imcoh = ft_connectivityanalysis(cfg, source);</div></div><div><br></div><div>atlas =ft_read_atlas ('ROI_MNI_V5.nii');<br></div><div>atlas.pos =source_conn_imcoh.pos;<br></div><div>cfg =[];</div><div>cfg.method ='mean'</div><div>cfg.parameter ='cohspctrm';</div><div>cfg.parcellation = 'tissue';</div><div>parc_conn= ft_sourceparcellate(cfg,source_conn, atlas);</div></div><div><br></div><div>I had even tried computing source connectivity interpolation on the atlas before parcellation. But, I am getting a huge array > 50 GB, which exceeds my MATLAB and system limit.</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">- sincerely,</span></div><div dir="ltr"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#073763"><span style="font-size:small;line-height:1.125em"><font face="georgia, serif"><i>Velmurugan Jayabal,</i></font></span><span style="font-family:georgia,serif;font-size:small;line-height:1.125em"> </span><br></font></span></div><div dir="ltr"><div><div style="line-height:1.45em;font-size:0.8465em"><div style="line-height:1.45em;font-size:0.8465em"><i style="font-size:0.8465em"><font color="#073763"><span style="font-family:georgia,serif;font-size:small;line-height:14.625px">Magnetoencephalography (MEG) research centre,</span></font></i><br></div><div style="line-height:1.45em;font-size:0.8465em"><span style="font-size:small;line-height:1.125em;background-color:rgb(255,255,255)"><font face="georgia, serif" color="#073763"><i>Department of Clinical Neurosciences,</i></font></span></div><div style="line-height:1.45em;font-size:0.8465em"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><i><font color="#073763"><span style="font-family:georgia,serif;font-size:small;line-height:1.125em">National Institute of Mental Health and Neurosciences (NIMHANS),</span><br></font></i></span></div><div style="line-height:1.45em;font-size:0.8465em"><span style="font-size:small;line-height:1.125em;background-color:rgb(255,255,255)"><font face="georgia, serif" color="#073763"><i>Bangalore - 560029, Karnataka, India</i></font></span></div><div style="line-height:1.45em;font-size:0.8465em"><font face="georgia, serif" color="#0c343d"><span style="font-size:small;line-height:1.125em"><br></span></font></div><div style="line-height:1.45em;font-size:0.8465em"><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><br><br></div></div>