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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">All HCP_MEG users:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">In the hope of getting some responses, let me simplify this to the bare minimum. By setting a flag in [hcp_anatomy.m] to allow visualization of the realignment
 result, I have discovered something that appears wrong. The coronal view in the attached “realignment result” is tilted at a 45 degree angle. My first question is simply: is this what I should see? If so, why is it tilted?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><img width="576" height="512" id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01D29D9F.396AFF00"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I have not modified the script except to turn on this visualization. The input file (T1w_acpc_dc_restore.nii) is from one of the publically available HCP_MEG
 subjects (177746) that I downloaded. So there can be no “user error” at this point on my account, unless it is using [hcp_anatomy] outside the context of the whole HCP_MEG pipeline. The above plot occurs on line 156 of [hcp_anatomy.m].<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">-Jeff<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">PS. Just in case I am marking the ac, pc, zx, and r landmark points wrong, here is what I marked:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><img width="576" height="512" id="Picture_x0020_2" src="cid:image002.png@01D29DA0.14D6DF00"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">And here is all the console output up to the point of drawing the realignment result:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">dicomfile =<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">A:\HCP_MEG_subs\HCP-MEG-177746\MEG\anatomy\T1w_acpc_dc_restore.nii<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">executing the anatomy pipeline for subject 177746<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">not using the high quality structural preprocessing results<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">-------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Running the interactive part of the anatomy pipeline<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Rescaling NIFTI: slope = 1, intercept = 0<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Please identify the Anterior Commissure, Posterior Commissure, a point on the positive Z and X axes, and a point on the right part of the head<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">the input is volume data with dimensions [260 311 260]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">1. To change the slice viewed in one plane, either:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   a. click (left mouse) in the image on a different plane. Eg, to view a more<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">      superior slice in the horizontal plane, click on a superior position in the<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">      coronal plane, or<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   b. use the arrow keys to increase or decrease the slice number by one<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">2. To mark a fiducial position or anatomical landmark, do BOTH:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   a. select the position by clicking on it in any slice with the left mouse button<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   b. identify it by pressing the letter corresponding to the fiducial/landmark:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">      press a for ac, p for pc, z for xzpoint<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">      press r for an extra control point that should be on the right side<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   You can mark the fiducials multiple times, until you are satisfied with the positions.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">3. To change the display:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   a. press c on keyboard to toggle crosshair visibility<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   b. press f on keyboard to toggle fiducial visibility<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   c. press + or - on (numeric) keyboard to change the color range's upper limit<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">4. To finalize markers and quit interactive mode, press q on keyboard<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">selected ac<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">selected pc<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel  14108972, index = [ 72 152 175], head = [40.3 -20.3 49.8] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">selected xzpoint<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel  14108972, index = [ 72 152 175], head = [40.3 -20.3 49.8] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel  14108972, index = [ 72 152 175], head = [40.3 -20.3 49.8] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel   6508124, index = [ 64 152  81], head = [45.9 -20.3 -16.0] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel  14108972, index = [ 72 152 175], head = [40.3 -20.3 49.8] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel       NaN, index = [NaN NaN NaN], head = [NaN NaN NaN] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">selected right<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel   6508124, index = [ 64 152  81], head = [45.9 -20.3 -16.0] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel  14108972, index = [ 72 152 175], head = [40.3 -20.3 49.8] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel   6508124, index = [ 64 152  81], head = [45.9 -20.3 -16.0] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">==================================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">crosshair: voxel   6508124, index = [ 64 152  81], head = [45.9 -20.3 -16.0] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        ac: voxel   7405710, index = [130 183  92], head = [-0.3 1.4 -8.3] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">        pc: voxel   9014850, index = [130 152 112], head = [-0.3 -20.3 5.7] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">   xzpoint: voxel  14108972, index = [ 72 152 175], head = [40.3 -20.3 49.8] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">     right: voxel   6508124, index = [ 64 152  81], head = [45.9 -20.3 -16.0] mm<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">615     cfg.fiducial = opt.fiducial;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Warning: assuming that the units are "mm"
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">> In ft_estimate_units (line 49)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_plot_slice (line 197)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_plot_ortho (line 120)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_volumerealign>cb_redraw (line 1446)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_volumerealign (line 1293)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In hcp_anatomy (line 156)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In test_hcp_meg_anat (line 27)
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Warning: assuming that the units are "mm"
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">> In ft_estimate_units (line 49)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_plot_slice (line 197)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_plot_ortho (line 134)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> In ft_volumerealign>cb_redraw (line 1446)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_volumerealign (line 1293)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In hcp_anatomy (line 156)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In test_hcp_meg_anat (line 27)
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Warning: assuming that the units are "mm"
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">> In ft_estimate_units (line 49)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_plot_slice (line 197)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_plot_ortho (line 148)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_volumerealign>cb_redraw (line 1446)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In ft_volumerealign (line 1293)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In hcp_anatomy (line 156)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">  In test_hcp_meg_anat (line 27)
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">K>><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) [mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl]
<br>
<b>Sent:</b> Monday, March 13, 2017 1:14 AM<br>
<b>To:</b> FieldTrip discussion list; K Jeffrey Eriksen<br>
<b>Subject:</b> Fwd: [HCP-Users] hcp_anatomy.m needs an hsfile?<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear Jeff, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Let me forward your question to the discussion list.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear list,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jeff is encountering some coregistration problems, which may be FieldTrip related, but also could be a user error. Perhaps somebody has encountered them before. Let us know if you have a solution.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The 45 degrees tilt looks odd. If this image was produced after reslicing the to-MNI-coregistered-image something went wrong with the realignment. If this image was produced prior to the reslicing, something funky has gone wrong with the
 acquisition sequence.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I don’t know anything about the specifics of Brainstorm, so I am afraid I cannot help there.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jan-Mathijs<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">J.M.Schoffelen, MD PhD<br>
Senior Researcher, VIDI-fellow - PI, language in interaction<br>
Telephone: +31-24-3614793<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Physical location: room 00.028<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Donders Centre for Cognitive Neuroimaging, Nijmegen, The Netherlands<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Begin forwarded message:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><b>From: </b>K Jeffrey Eriksen <<a href="mailto:eriksenj@ohsu.edu">eriksenj@ohsu.edu</a>><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b>Subject: RE: [HCP-Users] hcp_anatomy.m needs an hsfile?</b><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b>Date: </b>11 March 2017 at 02:47:33 GMT+1<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b>To: </b>"Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)" <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hello again,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I encountered a problem when I tried to import into Brainstorm, even though I thought I had the transform text file correct. After importing the anatomy in
 Brainstorm, it was displayed with the brain rotated by 45 degrees in all axes. I then realized the I had visualized the registration of the headshape to the scalp surface and that looked good, but I had never visualized the MNI registration.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I went back into the HCP scripts and found where the MNI registration could be visualized and discovered the 45 degree rotation seemed to occur there. So I
 thought maybe our local HCP pipeline did something unusual. To test this I ran these three conditions:</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div style="margin-left:.5in">
<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.25in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">1.</span><span style="font-size:7.0pt;color:#1F497D">      <span class="xapple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">My
 hcp_anatomy_egi.m with our local HCP-pipeline produced T1</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div style="margin-left:.5in">
<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.25in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">2.</span><span style="font-size:7.0pt;color:#1F497D">      <span class="xapple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">original
 hcp_anatomy.m with our local T1</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div style="margin-left:.5in">
<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.25in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">3.</span><span style="font-size:7.0pt;color:#1F497D">      <span class="xapple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">original
 hcp_anatomy.m with downloaded HCM_MEG_pipeline produced T1</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">All three had the same apparent problem, shown on the attached images. I am quite puzzled by this since they are all the same, yet Brainstorm only imports #3
 correctly (not counting #2 which is mixed).</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I put all three cases in the attached Word doc, with the Brainstorm registration display and the HCP headshape registration display.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">-Jeff</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
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<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
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<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span class="xapple-converted-space"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> </span></span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Schoffelen,
 J.M. (Jan Mathijs) [<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>]<span class="xapple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="xapple-converted-space"> </span>Wednesday, March 08, 2017 8:52 AM<br>
<b>To:</b><span class="xapple-converted-space"> </span>K Jeffrey Eriksen<br>
<b>Subject:</b><span class="xapple-converted-space"> </span>Re: [HCP-Users] hcp_anatomy.m needs an hsfile?</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Hi Jeff,<span class="xapple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
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<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
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<p class="xmsonormal" style="mso-margin-top-alt:12.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:0in;margin-bottom:.0001pt">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I made it all the way through hcp_anatomy_EGI.m (my version substituting ‘egi’ for ‘bti’. Amazing!</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I could not figure out how to do the interactive fine registration of the EGI electrode “headshape” to the scalp surface – where is that documented?</span><o:p></o:p></p>
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</blockquote>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Well it’s not extensively documented, but in the crude GUI you can fiddle around with translation and rotation parameters to move the electrode point cloud closer to the headsurface  mesh, created from the MRI segmentation.<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">The main remaining problem is that the BTI coordinate system has the X-axis toward the nasion, and the Y-axis toward the LPA. The EGI coordinate system has
 the X-axis toward the RPA and the Y-axis toward the nasion. Can you suggest the best way to change hcp_anatomy_EGI.m to reflect this?</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Well, it sounds as if the EGI has an RAS convention, which may be similar to the ‘neuromag’ convention (as per <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined"><span style="color:purple">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined</span></a>)<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">It could be that changing the required coordinate system (coordsys) to ‘neuromag’ while specifying the fiducials in ft_volumerealign (rather than ‘bti’) would do the trick.<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Each of the supported coordinates systems must have some kind of master definition somewhere in the code, and that would be the best place to define the EGI
 system. I think it is similar to the BESA system.</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">The code that has the ‘intelligence’ to map the specification of defined fiducial/landmark locations is in<span class="xapple-converted-space"> </span><a href="https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/master/utilities/ft_headcoordinates.m"><span style="color:purple">https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/master/utilities/ft_headcoordinates.m</span></a><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">with a typo in line48/49 I noticed just now.<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Feel free to suggest a new coordinate system if needed. Perhaps this is best done through the fieldtrip discussion list.<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Jan-Mathijs<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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 <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p>
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