<div dir="ltr">Hi David,<div><br></div><div>Thanks! This should be helpful indeed.</div><div><br></div><div>Tim</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 31, 2017 at 8:53 PM, David Groppe <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.m.groppe@gmail.com" target="_blank">david.m.groppe@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Tim,<br></div>   Regarding re-referencing, the two most common re-referencing schemes in iEEG are average reference or bipolar (i.e., contiguous neighbors in a strip, shaft, or grid):<br><br><a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1388245706002616" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/<wbr>science/article/pii/<wbr>S1388245706002616</a><br><br>You can also use a Laplacian for grids or reference against the white matter signal obtained from depth electrodes:<br><div><div><br><a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1053811916304232" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/s<wbr>cience/article/pii/S1053811916<wbr>304232</a><br><br></div><div>Each method has it pros and cons.<br><br></div><div>If you're interested in using a white matter reference, postimplant brain shift correction, or some electrode visualization functions not available in FieldTrip, I recommend trying our new MATLAB electrode localization and visualization toolbox, iELVis:<br></div><div><br><a href="http://episurg.pbworks.com" target="_blank">http://episurg.pbworks.com</a><br><br></div><div>hope this is helpful,<br></div><div>      -David<br><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Mon, Jan 30, 2017 at 5:10 PM, Tim Meehan <span dir="ltr"><<a href="mailto:timeehan@gmail.com" target="_blank">timeehan@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello all,<div><br></div><div>I am a new user of fieldtrip and new to analyzing electrophysiological data. I have familiarized myself with some basics of preprocessing of EEG data, but I would like to know if there are special considerations for dealing with ECoG/iEEG data -- our dataset has recordings from both subdural surface electrodes and depth electrodes, sampled at 2kHz. We are initially most interested in extracting the high-gamma band (70-150 Hz) envelope as a measure of local activity. </div><div><br></div><div>First a general question: is there anyone who could point me to or provide me with a preprocessing procedure in fieldtrip that is tailored for ECoG/iEEG? I've perused the ECoG section in the wiki but there is no information on preprocessing there.</div><div><br></div><div>If this is too vague, some specific questions I have are:</div><div>1) What cutoffs do people tend to use for low and high-pass filters?</div><div><br></div><div>2) What is your choice for re-referencing, if any? Our initial reference/ground are the left and right mastoids. I have seen papers that re-reference to the nearest neighbor. I think I need to use ft_apply_montage to do this, but beyond that I could use some guidance.</div><div><br></div><div>3) At what point do you epoch into trials? My guess is after high/low-pass filtering and re-referencing but before artifact detection and removal?</div><div><br></div><div>Any feedback on these would be very much appreciated. If you need more details please let me know.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><span class="m_-2822559573834054295HOEnZb"><font color="#888888"><div>Tim</div></font></span></div>
<br></div></div><span class="">______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></span></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>