<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dear all,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">To add to the discussion: note that it is in general not straightforward to do a valid statistical inference about interaction effects in a permutation framework. This discussion pops up once in a while on this list, so for those interested in
 carrying this further I would first recommend to dig into the archive.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best wishes,</div>
<div class="">Jan-Mathijs</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<br class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
J.M.Schoffelen<br class="">
Senior Researcher, VIDI-fellow<br class="">
Donders Centre for Cognitive Neuroimaging, Nijmegen, The Netherlands<br class="">
<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 22 Dec 2016, at 10:35, Aykut Eken <<a href="mailto:ekenaykut@gmail.com" class="">ekenaykut@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dear Julian,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for your effort. However, that is what MATLAB can do by using the function “rm” and “ranova”. So, I think the cluster permutation approach should be used while applying a N - way repeated measures ANOVA.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Regards</div>
<div class=""><br class="">
<div apple-content-edited="true" class="">
<div class="">Aykut Eken, PhD<br class="">
<br class="">
Düzce University<br class="">
Faculty of Engineering,<br class="">
Biomedical Engineering Department<br class="">
Konuralp Campus, 81620<br class="">
Düzce / Turkey.<br class="">
Tel : 0380 542 11 00 / 4546<br class="">
Fax : 0380 542 10 37<br class="">
e-mail : <a href="mailto:aykuteken@duzce.edu.tr" class="">aykuteken@duzce.edu.tr</a><br class="">
e-mail : <a href="mailto:ekenaykut@gmail.com" class="">ekenaykut@gmail.com</a></div>
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 21 Dec 2016, at 18:17, Julian Keil <<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" class="">julian.keil@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Dear
 Lin, Aykut and Alex,</span>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
I wrote a fieldtrip-compatibe wrapper function to the ANOVA-Functions by Trujillo-Ortiz (the originals can be found on the Matlab File Exchange) which can handle n-way repeated ANOVAs.</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
These functions can handle timlock, TFR or source-level FT structures.</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
The code can be found on by Github: <a href="https://github.com/juliankeil/VirtualTools" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">https://github.com/juliankeil/VirtualTools</a></div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
Please be aware, that these ANOVA-functions in DO NOT use a permutation approach or provide any correction based on clusters. All correction for multiple comparisons has to be done after running the ANOVA.</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
Some recent examples in which these functions were used are:</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
Keil, J., Pomper, U., Senkowski, D., 2016. Distinct patterns of local oscillatory activity and functional connectivity underlie intersensory attention and temporal prediction. … Cortex 74, 277–288. doi:10.1016/j.cortex.2015.10.023<br class="">
Roa Romero, Y., Keil, J., Balz, J., Gallinat, J., Senkowski, D., 2016a. Reduced frontal theta oscillations indicate altered crossmodal prediction error processing in schizophrenia. J Neurophysiol 116, 1396–1407. doi:10.1152/jn.00096.2016<br class="">
Roa Romero, Y., Keil, J., Balz, J., Niedeggen, M., Gallinat, J., Senkowski, D., 2016b. Alpha-Band Oscillations Reflect Altered Multisensory Processing of the McGurk Illusion in Schizophrenia. Frontiers in Human Neuroscience 10, 41. doi:10.3389/fnhum.2016.00041</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
Maybe these reference suggested by an anonymous reviewer could be helpful in the implementation of a permutation approach:</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<div style="margin: 0px 0px 0px 20px; text-indent: -20px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica;" class="">
Anderson, M., Braak, C., 2002. Permutation tests for multi-factorial analysis of variance. Journal of Statistical Computation and Simulation 73, 85–113.</div>
<div style="margin: 0px 0px 0px 20px; text-indent: -20px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica;" class="">
Anderson, M.J., 2001. Permutation tests for univariate or multivariate analysis of variance and regression. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 58, 626–639. doi:10.1139/cjfas-58-3-626</div>
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
Good luck,</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
Julian</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br class="">
<div class="">
<div class="">Am 21.12.2016 um 14:34 schrieb 蔡林:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">Me too, fieldtrip probably cannot investigate the interactions using cluster-based permutation test.</div>
<div class="">Who can provide alternative methods to solve this kind of problem?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
lin<br class="">
</div>
<blockquote class="ReferenceQuote" name="replyContent" style="padding-left: 5px; margin-left: 5px; border-left-color: rgb(182, 182, 182); border-left-width: 2px; border-left-style: solid; margin-right: 0px;">
-----原始邮件-----<br class="">
<b class="">发件人:</b><span id="rc_from" class="">"Aykut Eken" <<a href="mailto:ekenaykut@gmail.com" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">ekenaykut@gmail.com</a>></span><br class="">
<b class="">发送时间:</b><span id="rc_senttime" class="">2016-12-21 20:41:11 (星期三)</span><br class="">
<b class="">收件人:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>"FieldTrip discussion list" <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">
<b class="">抄送:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">主题:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [FieldTrip] 2x3 ANOVA depsamplesHotTsqr<br class="">
<br class="">
<div class="">I also have the same problem. Does fieldtrip have a statistical analysis function for N- way ANOVA?<br class="">
<br class="">
Aykut</div>
<div class=""><br class="">
El 21 dic 2016, a las 15:09, Alex Sel <<a href="mailto:alex.sel@psy.ox.ac.uk" target="_blank" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">alex.sel@psy.ox.ac.uk</a>> escribió:<br class="">
<br class="">
</div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Dear list,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have an 2x3 ANOVA design and I would like to test the interactions using the cluster-based permutation test. I would like to use the statfun depsamplesHotTsqr. However, it seems that it has not been implemented yet.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Has anyone used the depsamplesHotTsqr and knows how to implement it?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Any insights on this would be much appreciated.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Best wishes,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Alex Sel, PhD<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Postdoctoral Researcher<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Department of Experimental Psychology,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">University of Oxford,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">9 South Parks Road,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">OX1 3UD<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Tel: 01865 277 229<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Email:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:Alex.sel@psy.ox.ac.uk" target="_blank" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">Alex.sel@psy.ox.ac.uk</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite" class="">
<div class=""><span class="">_______________________________________________</span><br class="">
<span class="">fieldtrip mailing list</span><br class="">
<span class=""><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@donders.ru.nl</a></span><br class="">
<span class=""><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></span></div>
</blockquote>
</blockquote>
_______________________________________________<br class="">
fieldtrip mailing list<br class="">
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br class="">
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">fieldtrip
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
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