<div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">I have a dataset consisting of 6 stimulation locations and 8 stimulation intensities. I am trying to calculate a 2 way (6 by 8) anova with regards to those two variables. <br><br></div><div style="font-size:12.8px">Each input structure consists of freq_loc#{intensity#} output of ft_freqanalysis with just the chosen 10 trials of the respective conditions (so for location1 and intensity 1, chosen trial indices are indicated in cfg.trials).</div><div style="font-size:12.8px"><ul><li> cfg.keeptrials = 'yes'<br></li></ul><br></div><span style="font-size:12.8px">cfg.design = [loc ; int ; tri]</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><blockquote class="gmail_quote" style="font-size:12.8px;margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">1 1 ... 1 1   ... 1 1 ... 1 1   ... 2 2 ... 2 2   ... 2 2 ... 2 2 ... 6 6 ... 6 6<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="font-size:12.8px;margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">1 1 ... 1 1   ... 8 8 ... 8 8   ... 1 1 ... 1 1   ... 8 8 ... 8 8 ... 8 8 ... 8 8<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="font-size:12.8px;margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">1 2 ... 9 10 ... 1 2 ... 9 10 ... 1 2 ... 9 10 ... 1 2 ... 9 10 ...1 2 ... 9 10<br></blockquote><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>OR</b></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><ul><li> cfg.keeptrials = 'no'<br></li></ul><br></div><span style="font-size:12.8px">cfg.design = [loc ; int]</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><blockquote class="gmail_quote" style="font-size:12.8px;margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">1 1 ... 1 1   ... 1 1 ... 1 1   ... 2 2 ... 2 2   ... 2 2 ... 2 2 ... 6 6 ... 6 6<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="font-size:12.8px;margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">1 1 ... 1 1   ... 8 8 ... 8 8   ... 1 1 ... 1 1   ... 8 8 ... 8 8 ... 8 8 ... 8 8</blockquote><div><br></div><br></div><div style="font-size:12.8px">For ft_freqstatistics: <br><br></div><div style="font-size:12.8px"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">cfg.method = 'montecarlo';<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">cfg.numrandomization = 500;</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">cfg.correctm = 'bonferroni' % Going to do 'cluster' once I define my distance function for neighbors<br>cfg.alpha       = 0.05;<br>cfg.tail        = 0;<br>cfg.design=design;<br>cfg.statistic='indepsamplesF';<br>cfg.correcttail = 'prob';<br><br></blockquote><div>% Run with LOCATION as independent variable </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">cfg.ivar=[1]; <br>[stat_loc] = ft_freqstatistics(cfg, freq_loc0{:}, freq_loc1{:}, freq_loc2{:}, freq_loc3{:}, freq_loc4{:}, freq_loc5{:});</blockquote><div> </div><div><span style="font-size:12.8px">% Run with INTENSITY as independent variable</span> <span style="font-size:12.8px"> </span></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="font-size:12.8px"> cfg.ivar=[2];</span><span style="font-size:12.8px"> </span></blockquote><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">[stat_int] = ft_freqstatistics(cfg, freq_loc0{:}, freq_loc1{:}, freq_loc2{:}, freq_loc3{:}, freq_loc4{:}, freq_loc5{:});<br clear="all"></blockquote><div><br></div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">I want to ensure I am calling this appropriately. If I run it once with cfg.ivar =1 and again with cfg.ivar = 2, is that calculating the main effect of the cfg.design row's variable? First row is location, so running cfg.ivar=1 is giving me a [num_chan X TFR ] stat.stat/prob/mask for location, correct? </span><br></div><div><p>I feel that I am missing something that would allow for both comparisons in one call of the ft_freqstatistics function, either in cfg properties or in the cfg.design structuring / ft_freqanalysis output structuring. <br></p></div><div>Any clarification would be greatly appreciated.</div></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Justin C. Tanner<br>Sensory Motor Research Group<br>Arizona State University<br>(360) 607-7544</div>
</div>