<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Dear Susmita, you may check that your sensor positions extracted from the .con file are in the same co-ordinate frame as the MRI. Using the KIT/Yokogawa system software to co-register the sensor locations and the headshape/mri might be a necessary first
 step as "<span>Unlike other systems, the Yokogawa system software does not automatically analyze its sensorlocations relative to fiducial coils</span>":-
<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/getting_started/yokogawa" class="OWAAutoLink">
http://www.fieldtriptoolbox.org/getting_started/yokogawa</a><br>
</p>
<p>The way we deal with it is to first do coregistration in MEG160 - the KIT/Yokogawa software, and then export the sensor locations which are then in headspace. Then coregistration with the MRI brings sensors and MRI into alignment.</p>
<p>This may or may not be your problem. Good luck.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Paul</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p></p>
<p><b><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"">Paul F Sowman</span></b><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></p>
<p style="margin-bottom:3.75pt"><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"">ARC DECRA Fellow</span><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></p>
<p style="margin-bottom:3.75pt"><b><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"">Department of Cognitive Science<span style="color:#dd1911">
</span></span></b><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif""><br>
</span></p>
<p style="margin-bottom:3.75pt"><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"">Level 3,  Room 3.824<br>
</span></p>
<p style="margin-bottom:3.75pt"><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"">Australian Hearing Hub<br>
16 University Drive<br>
Macquarie University, NSW 2109, Australia</span><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></p>
<p style="margin-bottom:3.75pt; line-height:11.25pt"><b><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"">T:</span></b><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif""> +61 2 9850 6732<b><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#dd1911"> 
 |  </span></b><b><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">F:</span></b> +61 2 9850 6059<br>
<b><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">W: <a href="https://www.cogsci.mq.edu.au/members/profile.php?memberID=291" target="_blank" id="LPNoLP">Profile Page</a></span></b></span><a href="https://www.cogsci.mq.edu.au/members/profile.php?memberID=291" target="_blank" id="LPNoLP"><br>
</a><span><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif""><b><span style="font-family:"Calibri","sans-serif"">W:
<a href="https://www.facebook.com/pages/Macquarie-University-Stuttering-Research/228858173906140" target="_blank" id="LPNoLP">
MQU Stuttering Research Facebook Page</a></span></b></span></span></p>
<p style="margin-bottom:3.75pt; line-height:11.25pt"><br>
<span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif""><b><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></b></span></p>
<p style="margin-bottom:3.75pt; line-height:11.25pt"><span style="font-size:9.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif""><b><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></b><span style="color:black"><a href="http://mq.edu.au" title="Macquarie University" target="_blank" id="LPNoLP"><span style="color:black"></span></a></span></span><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></p>
<p><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""><a href="http://mq.edu.au/" target="_blank" id="LPNoLP"><span style="text-decoration:none"><img alt="Macquarie University" width="260" border="0" height="58" src="https://mail.google.com/mail/u/0/?ui=2&ik=b91a30eeda&view=fimg&th=14af19f1f53db1d0&attid=0.7&disp=emb&realattid=a175f80e4492fa5b_0.7&attbid=ANGjdJ_n3ih2wpEPw2kTr6MUBxD_G9wib80jKozkWca7npb0wJnFuSy-uC1Dg9eW0jzY_sKNG4YjDXrapWkkTEzAzROpNPcGu2GKOOU5RmvEmnw1gAlLDb7qfZNKidI&sz=w520-h116&ats=1421798606031&rm=14af19f1f53db1d0&zw&atsh=1"></span></a></span></p>
<p><span style="font-size:7.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#777777">CRICOS Provider Number 00002J. Think before you print.
<br>
Please consider the environment before printing this email.</span><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></p>
<p><span style="font-size:7.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; color:#777777">This message is intended for the addressee named and may
<br>
contain confidential information. If you are not the intended <br>
recipient, please delete it and notify the sender. Views expressed <br>
in this message are those of the individual sender, and are not <br>
necessarily the views of Macquarie University.</span><span style="font-family:"Calibri","sans-serif""></span></p>
<br>
<p></p>
</div>
</div>
<br>
<br>
<div style="color: rgb(0, 0, 0);">
<div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> fieldtrip-bounces@science.ru.nl <fieldtrip-bounces@science.ru.nl> on behalf of fieldtrip-request@science.ru.nl <fieldtrip-request@science.ru.nl><br>
<b>Sent:</b> Wednesday, 19 October 2016 6:15 PM<br>
<b>To:</b> fieldtrip@science.ru.nl<br>
<b>Subject:</b> fieldtrip Digest, Vol 71, Issue 24</font>
<div> </div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">Send fieldtrip mailing list submissions to<br>
        fieldtrip@science.ru.nl<br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        fieldtrip-request@science.ru.nl<br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        fieldtrip-owner@science.ru.nl<br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: error with ft_appenddata (Wong-Barnum, Mona)<br>
   2. Separating MEG/EEG data (Wong-Barnum, Mona)<br>
   3. Re: Separating MEG/EEG data (Tzvetan Popov)<br>
   4. Re: Separating MEG/EEG data (Stephen Whitmarsh)<br>
   5. Orientation of headmodel with respect to sensors  poisition<br>
      (Susmita Sen)<br>
   6. Re: Orientation of headmodel with respect to      sensors<br>
      poisition (Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs))<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Tue, 18 Oct 2016 22:45:15 +0000<br>
From: "Wong-Barnum, Mona" <mona@sdsc.edu><br>
To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>
Subject: Re: [FieldTrip] error with ft_appenddata<br>
Message-ID: <DFD88583-7786-4F22-81C5-E6C8ACADF966@mail.ucsd.edu><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
<br>
Thanks Jan for your help!<br>
<br>
I ended up doing the following steps:<br>
<br>
addpath /path/to/fieldtrip<br>
ft_defaults<br>
<br>
cfg1 = [];<br>
cfg1.dataset = '1.fif';<br>
data1 = ft_preprocessing ( cfg1 );<br>
<br>
cfg2 = [];<br>
cfg2.dataset = '2.fif';<br>
data2 = ft_preprocessing ( cfg2 );<br>
<br>
cfg3 = [];<br>
cfg3.dataset = '3.fif';<br>
data3 = ft_preprocessing ( cfg3 );<br>
<br>
cfg=[];<br>
data = ft_appenddata ( cfg, data1, data2, data3 )<br>
<br>
save stitched.mat data -v7.3<br>
<br>
<br>
Which worked.<br>
<br>
If you see any other problem that I may have missed, please feel free to educate me.<br>
<br>
Thanks!<br>
<br>
Mona<br>
<br>
<br>
On Oct 5, 2016, at 5:21 PM, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <jan.schoffelen@donders.ru.nl<mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl>> wrote:<br>
<br>
Hi Mona,<br>
<br>
If you directly use the output of ft_read_data as input into ft_appenddata, it won?t work. The reason is that ft_appenddata expects in the input (data#) matlab structures that are generated by ft_preprocessing. Ft_read_data outputs a numeric data matrix, which
 is only part of the ft_preprocessing generated output. Have you something like this yet?:<br>
<br>
cfg = [];<br>
cfg.dataset = ;somefiffile.fif?;<br>
data = ft_preprocessing(cfg);<br>
<br>
Best<br>
<br>
Jan-Mathijs<br>
<br>
On 05 Oct 2016, at 23:06, Wong-Barnum, Mona <mona@sdsc.edu<mailto:mona@sdsc.edu>> wrote:<br>
<br>
<br>
I?m getting a runtime error with ft_appenddata:<br>
<br>
data = ft_appenddata ( cfg, data1, data2, data3, data4, data5, data6, data7, data8, data9, data10, data11, data12, data13, data14 )<br>
<br>
<br>
Error using ft_checkdata (line 468) This function requires raw+comp or raw data as input.<br>
<br>
Error in ft_appenddata (line 80) varargin{i} = ft_checkdata(varargin{i}, 'datatype', {'raw+comp', 'raw'}, 'feedback', 'no');<br>
<br>
Error in stitch (line 45) data = ft_appenddata ( cfg, data1, data2, data3, data4, data5, data6, data7, data8, data9, data10, data11, data12, data13, data14, data15, data16, data17, data18, data19, data20 )<br>
<br>
Error in run (line 96) evalin('caller', [script ';']);<br>
<br>
I have Neuromag data and was able to read the files into data# using ft_read_data.<br>
<br>
In the documentation, it says cfg can be empty so I declared it by "cfg = ??;? before the ft_appenddata call; is that ok?<br>
<br>
Any help/suggstions/tips regarding the ft_appenddata error would be appreciated.  Thanks!<br>
<br>
Mona<br>
<br>
<br>
*********************************************<br>
    Mona Wong<br>
    Web & iPad Application Developer<br>
    San Diego Supercomputer Center<br>
<br>
    "To handle yourself, use your head;<br>
    to handle others, use your heart."<br>
<br>
-- Eleanor Roosevelt<br>
*********************************************<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
fieldtrip@donders.ru.nl<mailto:fieldtrip@donders.ru.nl><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
fieldtrip@donders.ru.nl<mailto:fieldtrip@donders.ru.nl><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
*********************************************<br>
    Mona Wong<br>
    Web & iPad Application Developer<br>
    San Diego Supercomputer Center<br>
<br>
    "Strive not to be a success, but<br>
    rather to be of value."<br>
                                --- Albert Einstein<br>
*********************************************<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161018/df4b482a/attachment-0001.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161018/df4b482a/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Tue, 18 Oct 2016 23:17:15 +0000<br>
From: "Wong-Barnum, Mona" <mona@sdsc.edu><br>
To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>
Subject: [FieldTrip] Separating MEG/EEG data<br>
Message-ID: <5B37A434-D55B-4C44-A2F7-A1D0D0E8467A@mail.ucsd.edu><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
<br>
        I have Elekta Neuromag .fif files which contains MEG and EEG data.  What steps do I need to do to separate the MEG from EEG and the 3 different MEG sensor data (magnetometer, 2 gradiometer)?<br>
<br>
        I have been looking through the FieldTrip documentation but haven?t found what I need.  All help is appreciated.<br>
<br>
thanks,<br>
Mona<br>
<br>
<br>
*********************************************<br>
    Mona Wong<br>
    Web & iPad Application Developer<br>
    San Diego Supercomputer Center<br>
<br>
    "Strive not to be a success, but<br>
    rather to be of value."<br>
                                --- Albert Einstein<br>
*********************************************<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Wed, 19 Oct 2016 07:14:27 +0200<br>
From: Tzvetan Popov <tzvetan.popov@uni-konstanz.de><br>
To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>
Subject: Re: [FieldTrip] Separating MEG/EEG data<br>
Message-ID: <37D50E5D-6836-48B1-8DCC-6BFD903CF21D@uni-konstanz.de><br>
Content-Type: text/plain; charset=windows-1252<br>
<br>
Dear Mona,<br>
<br>
please have a look here: <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/natmeg/dipolefitting">
http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/natmeg/dipolefitting</a><br>
<br>
In the section ?segment and read MEG data? there is a call to ft_rejectvisual for example where the different MEG sensors are separated. Further down the tutorial deals also with the EEG part of the analysis.<br>
Good luck<br>
tzvetan<br>
<br>
<br>
Am 19.10.2016 um 01:17 schrieb Wong-Barnum, Mona <mona@sdsc.edu>:<br>
<br>
> <br>
>        I have Elekta Neuromag .fif files which contains MEG and EEG data.  What steps do I need to do to separate the MEG from EEG and the 3 different MEG sensor data (magnetometer, 2 gradiometer)?<br>
> <br>
>        I have been looking through the FieldTrip documentation but haven?t found what I need.  All help is appreciated.<br>
> <br>
> thanks,<br>
> Mona<br>
> <br>
> <br>
> *********************************************<br>
>    Mona Wong<br>
>    Web & iPad Application Developer<br>
>    San Diego Supercomputer Center<br>
> <br>
>    "Strive not to be a success, but<br>
>    rather to be of value."<br>
>                                --- Albert Einstein<br>
> *********************************************<br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> fieldtrip@donders.ru.nl<br>
> <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Wed, 19 Oct 2016 07:22:17 +0200<br>
From: Stephen Whitmarsh <stephen.whitmarsh@gmail.com><br>
To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>
Subject: Re: [FieldTrip] Separating MEG/EEG data<br>
Message-ID:<br>
        <CAFrxm=zrLtX32DEiGY0kpd8vsTMNwu5iUzqz78K1CxnaHqNOCw@mail.gmail.com><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Mona,<br>
<br>
To add to Tzvetan:<br>
<br>
- You can in many FieldTrip functions specify on which channels you want to<br>
work (cfg.channel), e.g. in ft_preprocessing.<br>
- You can also split the data later using ft_selectdata, e.g.:<br>
<br>
cfg = []<br>
cfg.channel = 'MEG';<br>
data_MEG = ft_selectdata(cfg,data_combined);<br>
<br>
cfg = []<br>
cfg.channel = 'EEG';<br>
data_EEG = ft_selectdata(cfg,data_combined);<br>
<br>
- To selecting magnetometers or gradiometers you can use:<br>
cfg.channel = 'MEG*1'<br>
cfg.channel = {'MEG*2', 'MEG*3'}<br>
<br>
Cheers,<br>
Stephen<br>
<br>
<br>
On 19 October 2016 at 01:17, Wong-Barnum, Mona <mona@sdsc.edu> wrote:<br>
<br>
><br>
>         I have Elekta Neuromag .fif files which contains MEG and EEG<br>
> data.  What steps do I need to do to separate the MEG from EEG and the 3<br>
> different MEG sensor data (magnetometer, 2 gradiometer)?<br>
><br>
>         I have been looking through the FieldTrip documentation but<br>
> haven?t found what I need.  All help is appreciated.<br>
><br>
> thanks,<br>
> Mona<br>
><br>
><br>
> *********************************************<br>
>     Mona Wong<br>
>     Web & iPad Application Developer<br>
>     San Diego Supercomputer Center<br>
><br>
>     "Strive not to be a success, but<br>
>     rather to be of value."<br>
>                                 --- Albert Einstein<br>
> *********************************************<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> fieldtrip@donders.ru.nl<br>
> <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/aebcfda4/attachment-0001.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/aebcfda4/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Wed, 19 Oct 2016 11:32:25 +0530<br>
From: Susmita Sen <susmitasen.ece@gmail.com><br>
To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>
Subject: [FieldTrip] Orientation of headmodel with respect to sensors<br>
        poisition<br>
Message-ID:<br>
        <CAOD6VW90TygYzKfWMKwns+mxRG=Z_FspP2J_HYV52Z2WU_Hn_g@mail.gmail.com><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear FieldTrip community,<br>
<br>
I am constructing headmodel using standard mri data. The meg data that I am<br>
working with is recorded using yokogawa system. I have used the following<br>
code.<br>
<br>
<br>
load('standard_mri.mat')<br>
<br>
cfg = [];<br>
cfg.coordsys = 'yokogawa';<br>
cfg.viewresult = 'yes';<br>
cfg.snapshot     = 'yes';<br>
cfg.fiducial.nas    = mri.hdr.fiducial.mri.nas; %position of nasion<br>
cfg.fiducial.lpa    = mri.hdr.fiducial.mri.lpa; %position of LPA<br>
cfg.fiducial.rpa    = mri.hdr.fiducial.mri.rpa; %position of RPA<br>
cfg.fiducial.zpoint =  [ 91 109 107];<br>
[mri_realigned] = ft_volumerealign(cfg,mri);<br>
<br>
%% SEGMENTATION<br>
<br>
cfg           = [];<br>
cfg.output    = 'brain';<br>
segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mri_realigned);<br>
<br>
%% create headmodel<br>
<br>
cfg = [];<br>
cfg.method='singleshell';<br>
vol = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);<br>
<br>
%% visualize<br>
<br>
vol = ft_convert_units(vol,'cm');<br>
grad = ft_read_sens('D:\Data\all\raw_preproc_data\raw\ari.con'); % load grad<br>
<br>
figure<br>
ft_plot_sens(grad, 'style', '*b');<br>
<br>
hold on<br>
ft_plot_vol(vol);<br>
<br>
However, I am facing a problem when I plotting headmodel with the sensors.<br>
I noticed that the orienations of headmodel and sensors are not aligned. I<br>
am attaching the figure with this mail. I would be very greatful if any<br>
could kindly give me suggestions how to align these two.<br>
<br>
[image: Inline image 1]<br>
<br>
[image: Inline image 2]<br>
<br>
<br>
Thanks and Regards,<br>
Susmita Sen<br>
Research Scholar<br>
Audio and Bio Signal Processing Lab.<br>
E & ECE Dept.<br>
IIT Kharagpur<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/da553626/attachment-0001.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/da553626/attachment-0001.html</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: Headmodel_sens1.jpg<br>
Type: image/jpeg<br>
Size: 51012 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/da553626/attachment-0002.jpg">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/da553626/attachment-0002.jpg</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: Headmodel_sens2.jpg<br>
Type: image/jpeg<br>
Size: 58687 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/da553626/attachment-0003.jpg">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/da553626/attachment-0003.jpg</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 6<br>
Date: Wed, 19 Oct 2016 07:15:34 +0000<br>
From: "Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)" <jan.schoffelen@donders.ru.nl><br>
To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>
Subject: Re: [FieldTrip] Orientation of headmodel with respect to<br>
        sensors poisition<br>
Message-ID: <B8B40FFC-C8B6-47AA-B01F-B8A33CA31148@donders.ru.nl><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Susmita,<br>
<br>
It looks as if there is a discrepancy between the definition of the coordinate system according to fieldtrip (see ft_headcoordinates in fieldtrip/utilities, where it seems that an ALS axis system is imposed), when specifying cfg.coordsys = ?yokogawa?, and the
 coordinate system of the sensors in your data file (which is probably RAS). I could not find any documentation about the ?yokogawa?-convention (which is probably the reason why the yokogawa-entry in the table on
<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined">
http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined</a> is empty). Perhaps one of the Yokogawa-users on this list could chime in to enlighten you, or you could check the system?s documentation to find out what the
 expected.<br>
<br>
The easy solution would be to register the mri to an RAS-based coordinate system (e.g. use cfg.coordsys = ?neuromag? for ft_volumerealign), but I would recommend to get to the bottom of this, and provide a principled solution. Once you have found out about
 the conventional coordinate system for yokogawa systems, it would be great if you could update the table on (<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined</a>).
 Note, that if it turns out to be that there is no specific convention (e.g. site-specific ALS or RAS or so) it is worth documenting, too.<br>
<br>
Good luck<br>
<br>
Jan-Mathijs<br>
<br>
J.M.Schoffelen<br>
Senior Researcher<br>
Donders Centre for Cognitive Neuroimaging, Nijmegen, The Netherlands<br>
<br>
<br>
<br>
On 19 Oct 2016, at 08:02, Susmita Sen <susmitasen.ece@gmail.com<mailto:susmitasen.ece@gmail.com>> wrote:<br>
<br>
Dear FieldTrip community,<br>
<br>
I am constructing headmodel using standard mri data. The meg data that I am working with is recorded using yokogawa system. I have used the following code.<br>
<br>
<br>
load('standard_mri.mat')<br>
<br>
cfg = [];<br>
cfg.coordsys = 'yokogawa';<br>
cfg.viewresult = 'yes';<br>
cfg.snapshot     = 'yes';<br>
cfg.fiducial.nas    = mri.hdr.fiducial.mri.nas; %position of nasion<br>
cfg.fiducial.lpa    = mri.hdr.fiducial.mri.lpa; %position of LPA<br>
cfg.fiducial.rpa    = mri.hdr.fiducial.mri.rpa; %position of RPA<br>
cfg.fiducial.zpoint =  [ 91 109 107];<br>
[mri_realigned] = ft_volumerealign(cfg,mri);<br>
<br>
%% SEGMENTATION<br>
<br>
cfg           = [];<br>
cfg.output    = 'brain';<br>
segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mri_realigned);<br>
<br>
%% create headmodel<br>
<br>
cfg = [];<br>
cfg.method='singleshell';<br>
vol = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);<br>
<br>
%% visualize<br>
<br>
vol = ft_convert_units(vol,'cm');<br>
grad = ft_read_sens('D:\Data\all\raw_preproc_data\raw\ari.con'); % load grad<br>
<br>
figure<br>
ft_plot_sens(grad, 'style', '*b');<br>
<br>
hold on<br>
ft_plot_vol(vol);<br>
<br>
However, I am facing a problem when I plotting headmodel with the sensors. I noticed that the orienations of headmodel and sensors are not aligned. I am attaching the figure with this mail. I would be very greatful if any could kindly give me suggestions how
 to align these two.<br>
<br>
<Headmodel_sens1.jpg><br>
<br>
<Headmodel_sens2.jpg><br>
<br>
<br>
Thanks and Regards,<br>
Susmita Sen<br>
Research Scholar<br>
Audio and Bio Signal Processing Lab.<br>
E & ECE Dept.<br>
IIT Kharagpur<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
fieldtrip@donders.ru.nl<mailto:fieldtrip@donders.ru.nl><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/e84dd46a/attachment.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20161019/e84dd46a/attachment.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
fieldtrip@donders.ru.nl<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
End of fieldtrip Digest, Vol 71, Issue 24<br>
*****************************************<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</body>
</html>