<div dir="ltr"><div><div style="font-size:large"><span style="font-size:12.8px">Dear FieldTrip community,</span><br clear="all"></div></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">I am constructing headmodel using standard mri data. The meg data that I am working with is recorded using yokogawa system. I have used the following code.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">load('standard_mri.mat')</font></div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">cfg = [];</font></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">cfg.coordsys = 'yokogawa';</span><br></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.viewresult = 'yes';</font></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.snapshot     = 'yes';</font></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.nas    = mri.hdr.fiducial.mri.nas; %position of nasion</font></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.lpa    = mri.hdr.fiducial.mri.lpa; %position of LPA</font></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.rpa    = mri.hdr.fiducial.mri.rpa; %position of RPA</font></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.zpoint =  [ 91 109 107];</font></div><div><font face="monospace, monospace">[mri_realigned] = ft_volumerealign(cfg,mri);</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">%% SEGMENTATION</span><br></div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">cfg           = [];</font></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.output    = 'brain';</font></div><div><font face="monospace, monospace">segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mri_realigned);</font></div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">%% create headmodel</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">cfg = [];</span><br></div><div><font face="monospace, monospace">cfg.method='singleshell';</font></div><div><font face="monospace, monospace">vol = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">%% visualize </font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">vol = ft_convert_units(vol,'cm');</span><br></div><div><font face="monospace, monospace">grad = ft_read_sens('D:\Data\all\raw_preproc_data\raw\ari.con'); % load grad</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">figure</font></div><div><font face="monospace, monospace">ft_plot_sens(grad, 'style', '*b');</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">hold on</font></div><div><font face="monospace, monospace">ft_plot_vol(vol);</font></div></div><div><br></div></div><div>However, I am facing a problem when I plotting headmodel with the sensors. I noticed that the orienations of headmodel and sensors are not aligned. I am attaching the figure with this mail. I would be very greatful if any could kindly give me suggestions how to align these two. </div><div><br></div><div><img src="cid:ii_157db81e9d700ba3" alt="Inline image 1" width="406" height="304" style="margin-right: 0px;"><br></div><div> </div><div><img src="cid:ii_157db82deba0e43b" alt="Inline image 2" width="419" height="314" style="margin-right: 0px;"><br></div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Thanks and Regards,<div>Susmita Sen</div><div>Research Scholar</div><div>Audio and Bio Signal Processing Lab.</div><div>E & ECE Dept.</div><div>IIT Kharagpur</div></div></div></div></div></div>
</div></div>