<div dir="ltr">Thanks a lot. </div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Thanks and Regards,<div>Susmita Sen</div><div>Research Scholar</div><div>Audio and Bio Signal Processing Lab.</div><div>E & ECE Dept.</div><div>IIT Kharagpur</div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 19, 2016 at 12:45 PM, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Dear Susmita,
<div><br>
</div>
<div>It looks as if there is a discrepancy between the definition of the coordinate system according to fieldtrip (see ft_headcoordinates in fieldtrip/utilities, where it seems that an ALS axis system is imposed), when specifying cfg.coordsys = ‘yokogawa’,
 and the coordinate system of the sensors in your data file (which is probably RAS). I could not find any documentation about the ‘yokogawa’-convention (which is probably the reason why the yokogawa-entry in the table on <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined" target="_blank">http://www.<wbr>fieldtriptoolbox.org/faq/how_<wbr>are_the_different_head_and_<wbr>mri_coordinate_systems_defined</a>
 is empty). Perhaps one of the Yokogawa-users on this list could chime in to enlighten you, or you could check the system’s documentation to find out what the expected.</div>
<div><br>
</div>
<div>The easy solution would be to register the mri to an RAS-based coordinate system (e.g. use cfg.coordsys = ’neuromag’ for ft_volumerealign), but I would recommend to get to the bottom of this, and provide a principled solution. Once you have found
 out about the conventional coordinate system for yokogawa systems, it would be great if you could update the table on (<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.<wbr>org/faq/how_are_the_different_<wbr>head_and_mri_coordinate_<wbr>systems_defined</a>).
 Note, that if it turns out to be that there is no specific convention (e.g. site-specific ALS or RAS or so) it is worth documenting, too.</div>
<div><br>
</div>
<div>Good luck</div>
<div><br>
</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>J.M.Schoffelen<br>
Senior Researcher<br>
Donders Centre for Cognitive Neuroimaging, Nijmegen, The Netherlands<br>
<br>
<br>
</div>
</div>
<div> <br>
<div>
<blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div>On 19 Oct 2016, at 08:02, Susmita Sen <<a href="mailto:susmitasen.ece@gmail.com" target="_blank">susmitasen.ece@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="m_1547682595147210362Apple-interchange-newline">
</div></div><div>
<div dir="ltr"><div><div class="h5">
<div>
<div style="font-size:large"><span style="font-size:12.8px">Dear FieldTrip community,</span><br clear="all">
</div>
</div>
<div><span style="font-size:12.8px"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size:12.8px">I am constructing headmodel using standard mri data. The meg data that I am working with is recorded using yokogawa system. I have used the following code.</span></div>
<div><span style="font-size:12.8px"><br>
</span></div>
<div>
<div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">load('standard_mri.mat')</font></div>
<div><br>
</div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg = [];</font></div>
<div><span style="font-family:monospace,monospace">cfg.coordsys = 'yokogawa';</span><br>
</div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.viewresult = 'yes';</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.snapshot     = 'yes';</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.nas    = mri.hdr.fiducial.mri.nas; %position of nasion</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.lpa    = mri.hdr.fiducial.mri.lpa; %position of LPA</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.rpa    = mri.hdr.fiducial.mri.rpa; %position of RPA</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.fiducial.zpoint =  [ 91 109 107];</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">[mri_realigned] = ft_volumerealign(cfg,mri);</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><span style="font-family:monospace,monospace">%% SEGMENTATION</span><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg           = [];</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.output    = 'brain';</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mri_realigned);</font></div>
<div><br>
</div>
<div><font face="monospace, monospace">%% create headmodel</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><span style="font-family:monospace,monospace">cfg = [];</span><br>
</div>
<div><font face="monospace, monospace">cfg.method='singleshell';</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">vol = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">%% visualize </font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><span style="font-family:monospace,monospace">vol = ft_convert_units(vol,'cm');</span><br>
</div>
<div><font face="monospace, monospace">grad = ft_read_sens('D:\Data\all\raw_<wbr>preproc_data\raw\ari.con'); % load grad</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">figure</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">ft_plot_sens(grad, 'style', '*b');</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">hold on</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">ft_plot_vol(vol);</font></div>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div>However, I am facing a problem when I plotting headmodel with the sensors. I noticed that the orienations of headmodel and sensors are not aligned. I am attaching the figure with this mail. I would be very greatful if any could kindly give me
 suggestions how to align these two. </div>
<div><br>
</div>
</div></div><div><span id="m_1547682595147210362cid:ii_157db81e9d700ba3"><Headmodel_sens1.jpg></span><br>
</div>
<div> </div>
<div><span id="m_1547682595147210362cid:ii_157db82deba0e43b"><Headmodel_sens2.jpg></span><br>
</div><span class="">
<div><br>
</div>
<div><br clear="all">
<div>
<div class="m_1547682595147210362gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">Thanks and Regards,
<div>Susmita Sen</div>
<div>Research Scholar</div>
<div>Audio and Bio Signal Processing Lab.</div>
<div>E & ECE Dept.</div>
<div>IIT Kharagpur</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</span></div>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>