<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Take a look here: <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/workshop">http://www.fieldtriptoolbox.org/workshop</a></div><div><br></div><div>There's one in Tuebingen and another in Marseille. Ask the organizers to see if there're available seats</div><div><br></div><div>best,</div><div><br></div><div>Diego</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 6 October 2016 at 11:24, parham hashemzadeh <span dir="ltr"><<a href="mailto:ph442@cam.ac.uk" target="_blank">ph442@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Fieldtrippers<br>
 I was wondering if there are any official Fieldtrip courses/Meetings in Europe this year or early next year?<br>
best regards parham<br>
<br>
On 2016-10-05 02:15, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Parham,<br>
<br>
Sorry for sounding cryptic earlier, I was just reciprocating the<br>
crypticity of the question.<br>
I think that the suggestion made in the previous e-mail is an<br>
excellent one.<br>
With the addition that, rather than using ft_determine_coordsys, you<br>
could use ft_plot_ortho to visualize an arbitrary cross-cut through<br>
your volumetric image.<br>
Note however, that the MR and the sourcespace should be in the same<br>
coordinate system for this to work.<br>
<br>
Best,<br>
Jan-Mathijs<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
On 05 Oct 2016, at 00:47, A. Donda <<a href="mailto:a.donda@hotmail.com" target="_blank">a.donda@hotmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
Hi Parham,<br>
<br>
if you wanna plot it in FieldTrip, these commands worked well for<br>
me, but in my case (MEG data) I had to make sure first that these<br>
data were on the same coordinate system (co-registration of MRI and<br>
MEG sensor-data). If you do not have this issue, then you can simply<br>
plot an MRI and a mesh obtained from freesurfer the following way<br>
(make sure that both MRI and the mesh are in the same units, e.g. cm<br>
or mm):<br>
<br>
ft_determine_coordsys(mricor_c<wbr>m, 'interactive', 'no')<br>
<br>
hold on<br>
<br>
ft_plot_mesh(sourcespace);<br>
<br>
Alternatively, if you want to plot the vertices of the mesh as dots,<br>
you can use<br>
<br>
ft_plot_mesh(sourcespace.pnt,'<wbr>vertexcolor','b');<br>
<br>
sourcespace has the following structure (in case this is helpful for<br>
you):<br>
<br>
pnt: [8196x3 double]<br>
tri: [16384x3 double]<br>
area: [16384x1 double]<br>
orig: [1x1 struct]<br>
unit: 'm'<br>
<br>
I obtained sourcespace by loading the boundary element model (bem)<br>
surface, created with the watershed algorthim of Freesurfer:<br>
<br>
sourcespace =<br>
ft_read_headshape([subjectname<wbr>/bem/subjectname-oct-6-src.<wbr>fif'],<br>
'format', 'mne_source'); %in meters<br>
<br>
Note that I had to transform the sourcespace dataset to the right<br>
coordinate system and units.<br>
<br>
Finally I plotted the mri and mesh in cm<br>
<br>
To convert units in Fieldtrip, as you know, use X_cm =<br>
ft_convert_units(X,'cm');<br>
<br>
I hope this is helpful.<br>
<br>
Best<br>
<br>
A.Donda<br>
<br>
-------------------------<br>
<br>
FROM: <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.n<wbr>l</a><br>
<<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.<wbr>nl</a>> on behalf of parham hashemzadeh<br>
<<a href="mailto:ph442@cam.ac.uk" target="_blank">ph442@cam.ac.uk</a>><br>
SENT: Tuesday, October 4, 2016 6:08 PM<br>
TO: FieldTrip discussion list<br>
SUBJECT: Re: [FieldTrip] plotting freesurfer mesh on the<br>
mri_aligned.<br>
<br>
Dear Darren<br>
Thank you very much, and I will try to give it a go.<br>
In the event that I can not. You are a life saver if you can help<br>
me<br>
out. Everything is in place except this incredibly important item.<br>
I<br>
have noticed that you are in Cambridge, maybe we can meet at some<br>
point.<br>
I am close by at the mathematics department.<br>
Many many thanks<br>
best regards parham<br>
<br>
On 2016-10-04 17:45, Darren Price wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Parham<br>
<br>
For a non-linear interpolation onto a regular grid,<br>
</blockquote>
spm_mesh_to_grid<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
might be ideal (from the spm package of course). I don't have a<br>
working example to hand, but I may be able to dig one out if you<br>
</blockquote>
can't<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
get it working.<br>
<br>
Darren<br>
<br>
<br>
------------------------------<wbr>-------------------------<br>
Dr. Darren Price<br>
Investigator Scientist and Cam-CAN Data Manager<br>
MRC Cognition & Brain Sciences Unit<br>
15 Chaucer Road<br>
Cambridge, CB2 7EF<br>
England<br>
EMAIL: <a href="mailto:darren.price@mrc-cbu.cam.ac.uk" target="_blank">darren.price@mrc-cbu.cam.ac.uk</a><br>
URL: <a href="http://www.mrc-cbu.cam.ac.uk/people/darren.price" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mrc-cbu.cam.ac.uk/p<wbr>eople/darren.price</a> [1]<br>
TEL <a href="tel:%2B44%20%280%291223%20355%20294%20x202" value="+441223355294" target="_blank">+44 (0)1223 355 294 x202</a><br>
FAX <a href="tel:%2B44%20%280%291223%20359%20062" value="+441223359062" target="_blank">+44 (0)1223 359 062</a><br>
MOB <a href="tel:%2B44%20%280%297717822431" value="+447717822431" target="_blank">+44 (0)7717822431</a><br>
------------------------------<wbr>-------------------------<br>
<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.n<wbr>l</a><br>
[mailto:<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@scie<wbr>nce.ru.nl</a>] On Behalf Of parham<br>
hashemzadeh<br>
Sent: 04 October 2016 16:59<br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] plotting freesurfer mesh on the<br>
</blockquote>
mri_aligned.<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Hi Jan<br>
Thank you, my functional data are the function values of some<br>
function (irrotational component of the current). From my limited<br>
experience of Fieldtrip, your explanation feels (to myself) a bit<br>
cryptic at the moment.<br>
<br>
You see if my inversion strategy was one of the classical ones<br>
such as the ones provided by "ft_sourceanalysis" lcmv,sam,...,<br>
</blockquote>
eloreta<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
then the available fieldtrip tutorials are great in showing<br>
how to plot functional values on the top of anatomical values.<br>
But, since, I work on inversion methods, then I need a hacking<br>
strategy to be able to plot functional values of "some<br>
function"(estimated) on top of anatomical data MRI.<br>
<br>
I would appreciate if you would kindly let me know, if there is<br>
</blockquote>
hack<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
to it such that<br>
ft_sourceplot can accept the input.<br>
best regards parham<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On 2016-10-04 16:29, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Parham,<br>
<br>
It is possible, but certainly not pain free, nor<br>
</blockquote></blockquote>
straightforward.<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I think this is not really a fieldtrip question, but more a<br>
</blockquote></blockquote>
general<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
matlab related issue.<br>
<br>
It should be possible to plot a slice through an MRI volume as a<br>
MATLAB patch, where the coordinates of the voxels are expressed<br>
</blockquote></blockquote>
in<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
some coordinate system. Then, it is possible to generate and<br>
intersection of the freesurfer mesh through the plane of<br>
visualization.<br>
<br>
Best,<br>
Jan-Mathijs<br>
<br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
On 04 Oct 2016, at 16:41, parham hashemzadeh <<a href="mailto:ph442@cam.ac.uk" target="_blank">ph442@cam.ac.uk</a>><br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Dear Fieldtrippers<br>
Is there a straightforward pain free method ( I appreciate if<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
you can<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
give me the command)<br>
to plot arbitrary points such as the vertices of the freesurfer<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
output<br>
(mesh) onto the MRI image?<br>
The reason that I ask is that I would like to plot my solution<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
on the<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
MRI image.<br>
Unfortunately I do not use dipoles. In EEG, I model the<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
irrotational<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
component of the current as a scalar function and therefore I<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
am<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
doing<br>
function estimation.<br>
IF you use dipoles, it is straightforward because you follow<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
one of<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
the tutorials.<br>
But if you do not use dipoles and model the current as the<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
gradient<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
of the irrotational component of the current in EEG then one<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
can get<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
lost.<br>
Any help would be appreciated.<br>
Many thanks<br>
<br>
--<br>
best regards<br>
Parham Hashemzadeh<br>
Research Associate<br>
Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics<br>
University of Cambridge, UK.<br>
email: <a href="mailto:hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk" target="_blank">hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk</a><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a> [2]<br>
</blockquote>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a> [2]<br>
</blockquote>
<br>
--<br>
best regards<br>
Parham Hashemzadeh<br>
Research Associate<br>
Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics<br>
University of Cambridge, UK.<br>
email: <a href="mailto:hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk" target="_blank">hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk</a><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a> [2]<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a> [2]<br>
</blockquote>
<br>
--<br>
best regards<br>
Parham Hashemzadeh<br>
Research Associate<br>
Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics<br>
University of Cambridge, UK.<br>
email: <a href="mailto:hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk" target="_blank">hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a> [2]<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a> [2]<br>
</blockquote>
<br>
<br>
<br>
Links:<br>
------<br>
[1] <a href="http://www.mrc-cbu.cam.ac.uk/people/darren.price" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mrc-cbu.cam.ac.uk/p<wbr>eople/darren.price</a><br>
[2] <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
</font></span></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
-- <br>
best regards<br>
Parham Hashemzadeh<br>
Research Associate<br>
Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics<br>
University of Cambridge, UK.<br>
email: <a href="mailto:hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk" target="_blank">hashemzadeh@damtp.cam.ac.uk</a><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/<wbr>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>