<div dir="ltr"><div><div style="font-size:12.8px">I am Susmita Sen, MS research scholar in the dept of Electronics and Electrical Communication Engineering, IIT Kharagpur. </div><div style="font-size:12.8px">      I am currently working on MEG data recorded by yokogawa system. I want to perform source reconstruction on the data. However, I do not have the MRI data along with that. so, I have planned to use the standard MRI provided by fieldtrip (downloaded from <a href="https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/master/template/headmodel/standard_mri.mat" target="_blank">https://github.com/fieldtrip/<wbr>fieldtrip/blob/master/<wbr>template/headmodel/standard_<wbr>mri.mat</a>).<br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">For preparing the head model I have followed the steps provided in the fieldtrip tutorial (<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_meg" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.<wbr>org/tutorial/headmodel_meg</a>). </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div>%% align the coordinate system</div><div>load('standard_mri.mat'); % load mri data</div><div>disp(mri)</div><div><br></div><div>cfg = [];</div><div>cfg.method = 'interactive';</div><div>cfg.coordsys = 'yokogawa';</div><div>cfg.snapshot     = 'yes';</div><div>[mri_aligned] = ft_volumerealign(cfg,mri);</div><div><br></div><div>%% SEGMENTATION</div><div>cfg           = [];</div><div>cfg.output    = 'brain';</div><div>segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mri_aligned);</div><div><br></div><div>%% create headmodel</div><div>cfg = [];</div><div>cfg.method='singleshell';</div><div>vol = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);</div><div><br></div><div>%% visualize </div><div>load grad % load gradiometer info</div><div>vol = ft_convert_units(vol,'cm');  % the gradiometer info is given in cm</div><div><br></div><div>figure;</div><div>ft_plot_sens(grad, 'style', '*b');</div><div>hold on</div><div>ft_plot_vol(vol);</div></div><div style="font-size:12.8px">  </div><div style="font-size:12.8px">while aligning the coordinate system I have chosen fiducial points (naison, LPA and RPA) using the instruction given by <a href="http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/CoordinateSystems" target="_blank">http://neuroimage.usc.edu/<wbr>brainstorm/CoordinateSystems</a>.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I am attaching the figures that display the shape of the 'vol' along with the position of the sensors (from different viewing angle). However, I doubt the headmodel is corrected prepared (It dosen't look alike the figure given in the tutorial). It seems I have made some mistakes, but I am not able to detect it. I would be very thankful if you can help me in this regard.  </div><div style="font-size:12.8px"><br></div></div><div><br></div><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Thanks and Regards,<div>Susmita Sen</div><div>Research Scholar</div><div>Audio and Bio Signal Processing Lab.</div><div>E & ECE Dept.</div><div>IIT Kharagpur</div></div></div></div></div></div>
</div>