<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:10pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Dear Fieldtrip Forum,</p>
<p><br>
</p>
<p>I'd just like to pick up from an old thread posted to the FT forum: <a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2015-October/009682.html" class="OWAAutoLink" id="LPlnk682423" style="font-size: 10pt;">https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2015-October/009682.html</a>. <span style="font-size: 10pt;">Basically,
 I am trying to perform </span><span style="font-size: 10pt;">source localisation using regions within</span><span style="font-size: 10pt;"> an atlas described on the Conte69 brain </span><a href="http://brainvis.wustl.edu/wiki/index.php//Caret:Atlases/Conte69_Atlas" class="OWAAutoLink" id="LPlnk83615" style="font-size: 10pt;">http://brainvis.wustl.edu/wiki/index.php//Caret:Atlases/Conte69_Atlas</a>.</p>
<p><br>
</p>
<p>I have run the standard Freesurfer pipeline on my MRIs (in head co-ordinate system), converted the output to the <span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 13.3333px;">Conte69
 atlas using</span> <span>“freesurfer_to_fs_LR” pipeline, and finally down-sampled the mesh using the helpful instructions from the above thread, combined with MNE function: <span>mne_setup_source_space --ico -6 .</span></span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<p><span>So to my </span><span style="font-size: 10pt;">questions: </span></p>
<p><br>
</p>
<p>i) How do I map from the atlas vertices (on the 327684 vertex Conte69 brain) to the downsampled mesh with 4096 vertices per hemisphere? I feel it has something to do with the deformation maps...</p>
<p><br>
</p>
<p>ii) How to I align everything in the head co-ordinate system (appreciate this is a bit of a general question)?</p>
<p><br>
</p>
<p>Many thanks, </p>
<p><br>
</p>
<p>Robert Seymour (PhD Student, Aston Brain Centre)</p>
<p><br>
</p>
</div>
</body>
</html>