<div dir="ltr">Dear fieldtrip community,<div><br></div><div>I've been using cluster-based permutation tests to analysis my EEG data in which I have 3 groups and 2 conditions each. Ultimately I want to know whether groups differ from each other with respect to differences in conditions. In a traditional analysis I would do an ANOVA on preselected time-windows, but I haven't been able to figure out how to properly do that within the permutation test. </div><div><br></div><div>So far I simply did permutation tests for each of the groups separately. Then on the basis of these I choose windows for an ANOVA (and a regression analysis with some behavioral measures I acquired). Is that OK? Or is there a way to do the permutation tests for all groups together and add group as a between-subject factor (in addition to the within-subjects factor condition)? And would that be better / obligatory to do (instead of what I did so far). </div><div><br></div><div>How do I need to change the cfg.design in order to do that? </div><div><br></div><div>Thanks a lot in advance!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Anne </div></div>