<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am in the process of setting up a compiled beamformer script to run on my university's supercomputer. </div><div><br></div><div>One issue that I have run into is that the dimensions of my beamformed image. </div><div><br></div><div>I have my beamformed image that I have source interpolated (using ft_sourceinterpolate) with the participant's structural MRI.</div><div><br></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">sourceDIFF_int = <br>inside: [256x256x256 logical]<br>pow: [256x256x256 double]<br>dim: [256 256 256]<br>transform: [4x4 double]<br>anatomy: [256x256x256 double]<br>coordsys: 'ctf'<br>unit: 'mm'<br>cfg: [1x1 struct]</blockquote></div><div><br></div><div>When I run the volume normalise function on sourceDIFF_int (see below), which lists a template file as input (as required to run when compiled), the output dimensions do not match the dimensions of the template file. I am curious where these mysterious dimensions are coming from, and why the template file is not being used? This happens both in the compiled and MATLAB-based executions of this code. </div><div><br></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">cfg = [];<br>cfg.nonlinear     = 'no';<br><span style="white-space:pre">c</span>fg.template      = 'T1.nii';<br>cfg.spmversion    = 'spm8';<br>sourceDIFF_int_norm = ft_volumenormalise(cfg, sourceDIFF_int);</blockquote></div><div><br></div><div>As you can see from the variable information for the normalised data, and the T1 template (see below), the dimensions are different.</div><div><br></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">sourceDIFF_int_norm = <br>anatomy: [157x189x136 double]<br>pow: [157x189x136 double]<br>inside: [157x189x136 logical]<br>transform: [4x4 double]<br>dim: [157 189 136]<br>params: [1x1 struct]<br>initial: [4x4 double]<br>coordsys: 'spm'<br>cfg: [1x1 struct]<br><br>templ_T1 = <br>dim: [91 109 91]<br>anatomy: [91x109x91 double]<br>hdr: [1x1 struct]<br>transform: [4x4 double]<br>unit: 'mm'</blockquote></div><div><br></div><div>Thank you for any light you can shed on this issue. Please let me know if more information would be helpful in resolving this.</div><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>