<div dir="ltr">Hi Community,<div><br></div><div>My name is Kaijie Zhang, and I am working with near infrared spectroscopy to analyze functional connectivity in the brain. Everything related to this issue is in a dropbox .zip file via the link here: <a href="https://www.dropbox.com/s/umhd6k9uzhieg69/topoplotTFR%20Channels%20Issue.zip?dl=0">https://www.dropbox.com/s/umhd6k9uzhieg69/topoplotTFR%20Channels%20Issue.zip?dl=0</a></div><div><br></div><div>First, layoutFieldTrip (self-written script) was used to set up the layout for topoplotTFR. I have successfully used ft_freqanalysis to calculate the coherence for my data. This was done in the function magnitudeSquaredCoherence (self-written). topoplotTFR was then invoked in the last segment of magnitudeSquaredCoherence. The image produced is shown in the .jpeg file named "topoplotTFR Channel Issue", in the zip file.</div><div><br></div><div>Everything seems to be correct, except for the fact that two channels are missing, in particular channels 23 and 24 in the left posterior side (all 46 channels should produce a symmetrical figure). I am not sure for the cause of this because no errors are produced, and I have labeled everything correctly in layout, as well as their positions.</div><div><br></div><div>The cfg and data I used for topoplotTFR are displayed as follows:<br><div><div>cfg = </div><div>            layout: [1x1 struct]</div><div>        refchannel: 'Ch1'</div><div>          baseline: 'no'</div><div>              xlim: 'maxmin'</div><div>              zlim: 'maxmin'</div><div>              ylim: 'maxmin'</div><div>            marker: 'labels'</div><div>             style: 'both'</div><div>           shading: 'interp'</div><div>           comment: 'no'</div><div>          colorbar: 'EastOutside'</div><div>    directionality: 'outflow'</div></div></div><div><br></div><div><div>data = </div><div>        label: {46x1 cell}</div><div>       dimord: 'rpt_chan_freq'</div><div>         freq: [1x19 double]</div><div>    powspctrm: [5x46x19 double]</div><div>     labelcmb: {2116x2 cell}</div><div>    crsspctrm: [5x2116x19 double]</div><div>    cumsumcnt: [304 301 303 301 3002]</div><div>    cumtapcnt: [5x1 double]</div><div>          cfg: [1x1 struct]</div></div><div><br></div><div>My raw data and self-written MATLAB codes are also attached in the zip file. They can be run after extracting. (Make sure to cd to the correct folder containing all the extracted files!).</div><div><br></div><div>Thank you very much for any input!</div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div>Kaijie Zhang<br><br></div><div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif" size="4">Kaijie Zhang</font><div><font face="verdana, sans-serif">Electrical & Biomedical Engineering, Level III</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">McMaster University</font></div></div></div>
</div></div>