<div dir="ltr"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Dear all,</span><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">after having calculated the sources of a MMN paradigm (4D-system), I’d like to plot the results on one of the anatomy template files in the fieldtrip directory (single_subj_T1_1mm.nii) or alternatively on a MNI T1 template file (mni_icbm152_t1_tal_nlin_sym_09a.nii). Unfortunately, this is not working well… As you can see on the attached picture, the functional data is rotated by 90 degrees. </div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">I guess that something gets mixed because of the different coordsystems of functional and anatomical data. The functional data is 4D, which means ALS orientation. The anatomical is MNI, so RAS orientation. The plotting works fine, if I use a mri file which was converted in field trip (V2.mri) and therefore is also in ALS orientation. However, the anatomy doesn’t look very pretty… </div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Is there any way that I can transform the functional data to RAS orientation or the anatomical data to ALS orientation, respectively?</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">I tried with ft_volumerealign. However, since the template file has no fiducials, it is hard to really precisely do this. </div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Any input on how to plot the sources on one of these nice anatomical files is highly appreciated!</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Thanks and best regards,</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Andreas</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div></div><div>Dipl.-Psych. Andreas Sauer</div><div>Max Planck Institute for Brain Research</div><div>Deutschordenstraße 46</div><div>60528 Frankfurt am Main</div><div>Germany</div><div><br></div><div>T: +49 69 96769 278</div><div>F: +49 69 96769 327</div><div>Email: <a href="mailto:sauer.mpih@gmail.com" target="_blank">sauer.mpih@gmail.com</a></div><div><a href="http://www.brain.mpg.de" target="_blank">www.brain.mpg.de</a></div></div>
</div>