<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Hi Robert,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">I'm not sure, but my guess would be that you need to adjust the .time field in your <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13.3333px">data_clean_rs structure, so that it matches the length of the .trial field.</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13.3333px"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13.3333px">Best wishes,</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13.3333px">Lorenzo</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13.3333px"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Lorenzo Magazzini</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">PhD Student</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="mailto:magazzinil@cardiff.ac.uk" target="_blank">magazzinil@cardiff.ac.uk</a></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">CUBRIC Building<br>Maindy Road<u></u><u></u></font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Cardiff<br>CF24 4HQ</font></p><p style="margin:0cm 0cm 0.0001pt"><font face="verdana, sans-serif" size="1"><br></font></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 18 April 2016 at 10:13, Seymour, Robert (Research Student) <span dir="ltr"><<a href="mailto:seymourr@aston.ac.uk" target="_blank">seymourr@aston.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:10pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Dear Fieldtrippers, </p>
<p><br>
</p>
<p>I am trying to use an LCMV beamformer to project 5 minutes of resting state data to the source level. During my data cleaning procedure I segment my continuous recording into 1 second "trials" and reject those with high amplitudes (using the ft_rejectvisual
 summary window). However I would then like to recombine these "trials" (to make 1 long "trial") before I do ft_timelockanalysis. Is there a way to do this whilst keeping the Fieldtrip structure intact . My current code is below:</p>
<p><br>
</p>
<p>% Segment into 1s chunks. Input is preprocessed variable called data.</p>
<p>cfg = [];</p>
<p>cfg.length = 1;</p>
<p>cfg.overlap = 0;</p>
<p>data_segmented = ft_redefinetrial(cfg,data);</p>
<p><br>
</p>
<p>% Reject deviant trials</p>
<p>cfg = [];</p>
<p>cfg.method = 'summary';</p>
<p>cfg.keepchannel = 'yes';</p>
<p>cfg.channel = 'MEGMAG';</p>
<p>clean1 = ft_rejectvisual(cfg,data_segmented);</p>
<p>% Now load this</p>
<p>cfg.channel = 'MEGGRAD';</p>
<p>clean2 = ft_rejectvisual(cfg,clean1);</p>
<p>data_clean_rs = clean2</p>
<p><br>
</p>
<p>clear clean1 clean2</p>
<p>save data_clean_rs data_clean_rs</p>
<p><br>
</p>
<p>% Now to recombine trials</p>
<p>data_clean_rs.trial = horzcat(data_clean_rs.trial{1,:}); % (This distorts the fieldtrip structure meaning ft_timelockanalysis doesn't work)</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Many thanks, </p><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<p><br>
</p>
<p>Robert</p>
</font></span></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>