<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Dear Johannes,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">yes, the calculation of the transfer matrix is actually the part that takes so long (ft_prepare_vol_sens). But as you point out, it is maybe just a not efficient matlab implementation...</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Best,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Debora</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 17, 2016 at 3:34 PM, Johannes Vorwerk <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.vorwerk@uni-muenster.de" target="_blank">j.vorwerk@uni-muenster.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi,<div><br></div><div>could you check if it’s the calculation of the transfer matrix (ft_prepare_vol_sens), which you can recoginze since the #electrode many equations are solved, or the call of leadfield_simbio that takes up the most time?</div><div><br></div><div>It is normal that the matlab-code takes more time than the SimBio-standalon binary, since it includes some loops. I’ve never experienced such long computations as you did in my testings, so I didn’t think about it very much so far. One might try to find a way to formulate these parts without loops or use parallel loops at some points.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><span style="white-space:pre-wrap">    </span>Johannes</div><div><div class="h5"><div><br></div><div><blockquote type="cite"><div>Am 15.04.2016 um 01:55 schrieb Debora Desideri <<a href="mailto:deb.desideri@gmail.com" target="_blank">deb.desideri@gmail.com</a>>:</div><br><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Dear Johannes,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">the time consuming part is when I call ft_prepare_leadfield. The I used this precomputed leadfields for the computation of the dipole solution and this is actually quite fast.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I started to use the FEM model only recently and I thought the long lasting calculation was normal. Is there a way to have a faster compuatation of leadfields?<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Best,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Debora<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 14, 2016 at 11:28 PM, Johannes Vorwerk <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.vorwerk@uni-muenster.de" target="_blank">j.vorwerk@uni-muenster.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Debora,<div><br></div><div>could you indicate which part of the computation is the most time consuming, i.e., calculation of the transfer matrix or the subsequent computation of the dipole solutions? Principally, it should be possible to parallelize many of these steps, however, this wasn’t added to the checked-in code yet for reasons of stability/compatibility.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>Johannes</div><div><div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>Am 14.04.2016 um 02:21 schrieb Debora Desideri <<a href="mailto:deb.desideri@gmail.com" target="_blank">deb.desideri@gmail.com</a>>:</div><br><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Dear Rajat,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I am also using Simbio and I usually run the leadfield calculation overnight since it takes approximatelly 12-15 hours  for 64 EEG channels with a grid of 6 mm resolution ( 2.60 GHz, 32 GB RAM). <br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I don't know whether there is a way to speed the process up. Maybe we just need to be patient, or work on a very powerful machine.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Best,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Debora<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 13, 2016 at 4:25 PM, Rajat Thomas <span dir="ltr"><<a href="mailto:r.thomas@nin.knaw.nl" target="_blank">r.thomas@nin.knaw.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
Last week I asked for help with Simbio and after following the suggestion of volume reslicing magically the<br>
simbio based headmodel was created.<br>
<br>
But my leadfield calculations are taking way too long.<br>
It is a 128^3 grid and am running it on my desktop. (2.4 GHz, plenty of memory 32GB)<br>
<br>
Could anyone give me a rough ball park on how long it should take to create a leadfield?<br>
<br>
Thank you.<br>
Rajat<br>
<br>
<br>
<br>
Rajat Mani Thomas<br>
Social Brain Lab<br>
Netherlands Institute for Neuroscience<br>
Amsterdam<br>
<br>
________________________________________<br>
From: <a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a> <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>> on behalf of <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a> <<a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a>><br>
Sent: 08 April 2016 12:00<br>
To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
Subject: fieldtrip Digest, Vol 65, Issue 7<br>
<br>
Send fieldtrip mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: FEM using Simbio (Johannes Vorwerk)<br>
   2. Re: FEM using Simbio (Cristiano Micheli)<br>
   3. Dipole fitting (Giovanni Pellegrino)<br>
   4. Birmingham-Illinois BRIDGE Fellowships (Ole Jensen)<br>
   5. Using FieldTrip to analyse LFP recordings in rat<br>
      (<a href="mailto:laetitia.lalla@inserm.fr" target="_blank">laetitia.lalla@inserm.fr</a>)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 7 Apr 2016 14:25:42 +0200<br>
From: Johannes Vorwerk <<a href="mailto:j.vorwerk@uni-muenster.de" target="_blank">j.vorwerk@uni-muenster.de</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] FEM using Simbio<br>
Message-ID: <<a href="mailto:435735E3-7D87-4DD6-A2C1-E2BBFBBF4B44@googlemail.com" target="_blank">435735E3-7D87-4DD6-A2C1-E2BBFBBF4B44@googlemail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
this question was already answered in this thread<br>
<br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2016-March/010274.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2016-March/010274.html</a> <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2016-March/010274.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2016-March/010274.html</a>><br>
<br>
If ft_volumereslice is not applied before the mesh generation, the afterwards applied transformation might flip the directions of the mesh, leading to the described error.<br>
<br>
Best,<br>
        Johannes<br>
<br>
> Am 06.04.2016 um 16:03 schrieb Carsten Wolters <<a href="mailto:carsten.wolters@uni-muenster.de" target="_blank">carsten.wolters@uni-muenster.de</a>>:<br>
><br>
> Dear Rajat,<br>
><br>
> the element-node cards of SimBio-NeuroFEM need to follow certain orientations (see <a href="http://www.simbio.de/" rel="noreferrer" target="_blank">www.simbio.de</a> <<a href="http://www.simbio.de/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.simbio.de/</a>>).<br>
><br>
> If you do not want to struggle with meshing/ordering, use the SimBio-VGRID mesher<br>
> <a href="http://vgrid.simbio.de/" rel="noreferrer" target="_blank">http://vgrid.simbio.de/</a> <<a href="http://vgrid.simbio.de/" rel="noreferrer" target="_blank">http://vgrid.simbio.de/</a>><br>
> that follows the required ordering of nodes. You might use this mesher to produce 1mm geometry-adapted FEM meshes<br>
> that show good overall performance, see<br>
> <a href="http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2007/WoltersEtAl_IEEE_TBME_2007.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2007/WoltersEtAl_IEEE_TBME_2007.pdf</a> <<a href="http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2007/WoltersEtAl_IEEE_TBME_2007.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2007/WoltersEtAl_IEEE_TBME_2007.pdf</a>><br>
> and<br>
> <a href="http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2016/WagnerLuckaVorwerkHerrmannNolteBurgerWolters_NeuroImage_2016.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2016/WagnerLuckaVorwerkHerrmannNolteBurgerWolters_NeuroImage_2016.pdf</a> <<a href="http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2016/WagnerLuckaVorwerkHerrmannNolteBurgerWolters_NeuroImage_2016.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sci.utah.edu/~wolters/PaperWolters/2016/WagnerLuckaVorwerkHerrmannNolteBurgerWolters_NeuroImage_2016.pdf</a>><br>
> (latter was just accepted by NeuroImage).<br>
><br>
> Best regards<br>
>       Carsten<br>
><br>
> Am 06.04.2016 um 15:10 schrieb Rajat Thomas:<br>
>> Dear all,<br>
>><br>
>> Has anyone used the FEM approach to Headmodels using Simbio recently?<br>
>><br>
>> If so, I get this error:<br>
>> "Elements have wrong orientation or are degenerated"<br>
>><br>
>> Any ideas?<br>
>><br>
>> cfg        = [];<br>
>> cfg.method ='simbio';<br>
>> cfg.conductivity = [0.33 0.14 1.79 0.01 0.43];   % order follows mesh.tissyelabel<br>
>> vol        = ft_prepare_headmodel(cfg, mesh);<br>
>><br>
>> And;<br>
>> ?<br>
>> disp(mesh)<br>
>>             hex: [545883x8 double]<br>
>>             pnt: [569722x3 double]<br>
>>          labels: [545883x1 double]<br>
>>          tissue: [545883x1 double]<br>
>>     tissuelabel: {'csf'  'gray'  'scalp'  'skull'  'white'}<br>
>>            unit: 'mm'<br>
>>             cfg: [1x1 struct]<br>
>><br>
>> Any help would be highly appreciated.<br>
>><br>
>> Rajat<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Rajat Mani Thomas<br>
>> Social Brain Lab<br>
>> Netherlands Institute for Neuroscience<br>
>> Amsterdam<br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> fieldtrip mailing list<br>
>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a> <mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a> <<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a>><br>
> <carsten_wolters.vcf>_______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a> <mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a> <<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160407/2ea995ee/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160407/2ea995ee/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 7 Apr 2016 17:36:37 +0200<br>
From: Cristiano Micheli <<a href="mailto:michelic72@gmail.com" target="_blank">michelic72@gmail.com</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] FEM using Simbio<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CADW7XCAQONsZ_ujPhkffskZ%2Bj-mnHnAzunS68CdKU6MLSosUPA@mail.gmail.com" target="_blank">CADW7XCAQONsZ_ujPhkffskZ+j-mnHnAzunS68CdKU6MLSosUPA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Rajat<br>
<br>
My guess is that the orientations of your hexahedrons are not correct.<br>
According to a low-level file's internal rules, elements' orientations have<br>
to abide strict rules (not sure what exactly the contraints are in this<br>
case though...).<br>
I had same problems when for example the triangular boundaries used to<br>
define the 3d hexahedral mesh were not topologically correct, to start with.<br>
Admittedly this approach requires a lot of technical expertise.<br>
Can I ask you what do you need a FEM model for?<br>
<br>
Regards<br>
Cris Micheli<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On Wed, Apr 6, 2016 at 3:10 PM, Rajat Thomas <<a href="mailto:r.thomas@nin.knaw.nl" target="_blank">r.thomas@nin.knaw.nl</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear all,<br>
><br>
><br>
> Has anyone used the FEM approach to Headmodels using Simbio recently?<br>
><br>
><br>
> If so, I get this error:<br>
> "Elements have wrong orientation or are degenerated"<br>
><br>
> Any ideas?<br>
><br>
> cfg        = [];<br>
><br>
> cfg.method ='simbio';<br>
><br>
> cfg.conductivity = [0.33 0.14 1.79 0.01 0.43];   % order follows<br>
> mesh.tissyelabel<br>
><br>
> vol        = ft_prepare_headmodel(cfg, mesh);<br>
><br>
><br>
> And;<br>
><br>
> ?<br>
> disp(mesh)<br>
>             hex: [545883x8 double]<br>
>             pnt: [569722x3 double]<br>
>          labels: [545883x1 double]<br>
>          tissue: [545883x1 double]<br>
>     tissuelabel: {'csf'  'gray'  'scalp'  'skull'  'white'}<br>
>            unit: 'mm'<br>
>             cfg: [1x1 struct]<br>
><br>
><br>
> Any help would be highly appreciated.<br>
><br>
> Rajat<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Rajat Mani Thomas<br>
> Social Brain Lab<br>
> Netherlands Institute for Neuroscience<br>
> Amsterdam<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160407/4adfe55a/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160407/4adfe55a/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 7 Apr 2016 15:02:05 -0400<br>
From: Giovanni Pellegrino <<a href="mailto:giovannipellegrino@gmail.com" target="_blank">giovannipellegrino@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
Subject: [FieldTrip] Dipole fitting<br>
Message-ID:<br>
        <CAN6FyLVw=e7gOOvGDo47fT3j0frr8FUAEcsm55O8ZzqA=<a href="mailto:u8GDw@mail.gmail.com" target="_blank">u8GDw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Fieldtrippers,<br>
<br>
Do you know if the FieldTrip Dipole Fitting has been compared to the CTF,<br>
Elekta, BESA or Curry? Are you aware of any study on this topic?<br>
<br>
Thanks in advance for your help<br>
<br>
Giovanni<br>
<br>
--<br>
Giovanni Pellegrino, MD<br>
Multimodal Functional Imaging Laboratory<br>
Montreal Neurological Institute, McGill University<br>
Address: 332 Duff Medical Building, 3775 rue University, Montreal, QC, H3A<br>
2B4, Canada<br>
Phone: (514) 398?1678<br>
Fax: (514) 398?7461<br>
Email: <a href="mailto:giovannipellegrino@gmail.com" target="_blank">giovannipellegrino@gmail.com</a>, <a href="mailto:giovanni.pellegrino2@mcgill.ca" target="_blank">giovanni.pellegrino2@mcgill.ca</a><br>
Homepage: <a href="http://www.bic.mni.mcgill.ca/ResearchLabsMFIL/PeopleGiovanni" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.bic.mni.mcgill.ca/ResearchLabsMFIL/PeopleGiovanni</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160407/d01144bd/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160407/d01144bd/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Fri, 8 Apr 2016 09:23:46 +0200<br>
From: Ole Jensen <<a href="mailto:ole.jensen@donders.ru.nl" target="_blank">ole.jensen@donders.ru.nl</a>><br>
To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
Subject: [FieldTrip] Birmingham-Illinois BRIDGE Fellowships<br>
Message-ID: <<a href="mailto:57075C82.8030309@donders.ru.nl" target="_blank">57075C82.8030309@donders.ru.nl</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed<br>
<br>
Dear all,<br>
<br>
I would like to point you to a set of Birmingham-Illinois BRIDGE<br>
Fellowships providing some exciting research and career prospects:<br>
<a href="http://www.birminghamillinoisbridge.org/index.php/fellows/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.birminghamillinoisbridge.org/index.php/fellows/</a><br>
<br>
In particular the areas 'Cognition and Ageing' and 'Brain Trauma' could<br>
be relevant for candidates with EEG/MEG expertise.<br>
<br>
All the best,<br>
<br>
Ole<br>
<br>
--<br>
Prof. dr. Ole Jensen<br>
<a href="http://www.neuosc.com/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.neuosc.com</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Fri, 08 Apr 2016 10:27:58 +0200<br>
From: <a href="mailto:laetitia.lalla@inserm.fr" target="_blank">laetitia.lalla@inserm.fr</a><br>
To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
Subject: [FieldTrip] Using FieldTrip to analyse LFP recordings in rat<br>
Message-ID: <<a href="mailto:628babdc107aebd4cc7588ea87ce5ea6@inserm.fr" target="_blank">628babdc107aebd4cc7588ea87ce5ea6@inserm.fr</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
<br>
<br>
Hello everyone,<br>
<br>
my name is Laetitia and I'm a Phd student in Marseille (France). I'm<br>
doing in-vivo recording in freely-moving rats : I implant them with 2<br>
electrodes deep into 2 different regions of the brain. I'm studying the<br>
Local Field Potentials and I want to use FieldTrip to analyse the data.<br>
<br>
To simplify :<br>
<br>
- I have 2 rats.<br>
<br>
- Each rat did 20 sessions of the task (on 20 different days).<br>
<br>
- Each session consists of 20 trials of condition 1 and 20 trials of<br>
condition 2.<br>
<br>
I have 2 questions.<br>
<br>
1) I have the feeling it would be meaningless to do "source<br>
reconstruction" because my electrodes are already deep inside my<br>
"source" and the LFP I am recording is very local. (My electrodes have<br>
32 channels separated by 20-200 ?m. The LFP is very very similar across<br>
all the channels, so I averaged over the 32 channels to have one signal<br>
for each region.)<br>
<br>
However, I see that 2 different functions exist for the statistics :<br>
FT_FREQSTATISTICS AND FT_SOURCESTATISTICS. So far, I've been using<br>
ft_freqstatistics but I encounter some issues (for exemple, doing<br>
monte-carlo permutation test to assess the imaginary coherence). I<br>
thought of computing it manually, but I'm thinking that maybe more stuff<br>
are implemented in ft_sourcestatisctics ?<br>
<br>
? Are these 2 functions fundamentally different or do they call the same<br>
sub-fonctions (and my problem has actually nothing to do with that) ?<br>
<br>
2) I'm a bit confused with the vocabulary from EEG and MEG studies (I'm<br>
not used to it yet...). From what I understood, in human studies, you<br>
can do comparison for a single subject (across trials) or across<br>
subjects. But I have 3 levels of comparisons in my design :<br>
<br>
- WITHIN A SESSION, I WANT TO COMPARE ACROSS TRIALS (the 20 trials of<br>
condition 1 VS the 20 trials of condition 2).<br>
<br>
- WITHIN A RAT, I WANT TO COMPARE ACROSS SESSIONS (between the 2<br>
conditions)<br>
<br>
- then - in the very end - ACROSS RATS. But I have only 2 rats so far,<br>
so I will deal with this later.<br>
<br>
I'm a bit confused when reading the tutorials and the mailing list,<br>
especially when it comes to the statistics... For example : this is from<br>
an email from 2013 by Eric Maris about "Nonparametric statistical<br>
testing of phase coherence"<br>
(<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2013-April/006401.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2013-April/006401.html</a>)<br>
"To compare coherence between conditions across subjects (instead of<br>
trials), you need a different statfun: depsamplesT (for a<br>
within-subjects design; subjects have participated in all conditions) or<br>
indepsamplesT (for a between-subjects design; subjects have participated<br>
in only one condition)."<br>
<br>
? If I want to compare across sessions (for a same rat), can I actually<br>
consider that my different sessions are "subjects"? And then compare<br>
coherence "across subjects" would be doing it "across sessions" ? And I<br>
would be in a "within-subject design" since my sessions involve the 2<br>
conditions every time ?<br>
<br>
I realise that it may be very confusing... I hope you will understand my<br>
problem !<br>
<br>
And if anyone already applied fieldtrip functions to do statistics on a<br>
different framework that the usual EEG/MEG, please let me know !<br>
<br>
Thanks a lot,<br>
<br>
Laetitia Lalla<br>
<br>
PhD Student in Neuroscience<br>
<br>
INMED, Marseille, France<br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160408/2aed96c1/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160408/2aed96c1/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
End of fieldtrip Digest, Vol 65, Issue 7<br>
****************************************<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br>Debora Desideri</font><font face="verdana,sans-serif">, PhD Student<br></font></div></div><font face="verdana,sans-serif">BNP Lab - Neurology Department<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">University Hospital Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Eberhard Karls University Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Hoppe-Seyler Str. 3<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">D-72076 Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Tel: <a href="tel:%2B49%207071%2F29%2080478" value="+4970712980478" target="_blank">+49 7071/29 80478</a><br></font><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br></font></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></blockquote></div><br></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br>Debora Desideri</font><font face="verdana,sans-serif">, PhD Student<br></font></div></div><font face="verdana,sans-serif">BNP Lab - Neurology Department<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">University Hospital Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Eberhard Karls University Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Hoppe-Seyler Str. 3<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">D-72076 Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Tel: <a href="tel:%2B49%207071%2F29%2080478" value="+4970712980478" target="_blank">+49 7071/29 80478</a><br></font><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br></font></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></blockquote></div><br></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br>Debora Desideri</font><font face="verdana,sans-serif">, PhD Student<br></font></div></div><font face="verdana,sans-serif">BNP Lab - Neurology Department<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">University Hospital Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Eberhard Karls University Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Hoppe-Seyler Str. 3<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">D-72076 Tübingen<br></font></div><font face="verdana,sans-serif">Tel: +49 7071/29 80478<br></font><div><div><div><font face="verdana,sans-serif"><br></font></div></div></div></div></div></div></div>
</div>