<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 10pt; font-family: Arial,Helvetica,sans-serif'>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Hello everyone,</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">my name is Laetitia and I'm a Phd student in Marseille (France). I'm doing in-vivo recording in freely-moving rats : I implant them with 2 electrodes deep into 2 different regions of the brain. I'm studying the Local Field Potentials and I want to use FieldTrip to analyse the data.</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">To simplify :</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- I have 2 rats.</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- Each rat did 20 sessions of the task (on 20 different days).</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- Each session consists of 20 trials of condition 1 and 20 trials of condition 2.</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">I have 2 questions.</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">1) I have the feeling it would be meaningless to do “source reconstruction” because my electrodes are already deep inside my “source” and the LFP I am recording is very local. (My electrodes have 32 channels separated by 20-200 µm. The LFP is very very similar across all the channels, so I averaged over the 32 channels to have one signal for each region.)</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">However, I see that 2 different functions exist for the statistics :<strong> ft_freqstatistics and ft_sourcestatistics</strong>. So far, I've been using ft_freqstatistics but I encounter some issues (for exemple, doing monte-carlo permutation test to assess the imaginary coherence). I thought of computing it manually, but I'm thinking that maybe more stuff are implemented in ft_sourcestatisctics ?</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">→ Are these 2 functions fundamentally different or do they call the same sub-fonctions (and my problem has actually nothing to do with that) ?</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">2) I'm a bit confused with the vocabulary from EEG and MEG studies (I'm not used to it yet...). From what I understood, in human studies, you can do comparison for a single subject (across trials) or across subjects. But I have 3 levels of comparisons in my design :</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">-<strong> within a session, I want to compare </strong><strong>across trials </strong>(the 20 trials of condition 1 VS the 20 trials of condition 2).</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- <strong>within a rat, I want to compare across sessions</strong> (between the 2 conditions)</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- then - in the very end - <strong>across rats</strong>. But I have only 2 rats so far, so I will deal with this later.</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">I'm a bit confused when reading the tutorials and the mailing list, especially when it comes to the statistics... For example : this is from an email from 2013 by Eric Maris about “Nonparametric statistical testing of phase coherence” (<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2013-April/006401.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2013-April/006401.html</a>) “To compare coherence between conditions across subjects (instead of trials), you need a different statfun: depsamplesT (for a within-subjects design; subjects have participated in all conditions) or indepsamplesT (for a between-subjects design; subjects have participated in only one condition).”</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">→ If I want to compare across sessions (for a same rat), can I actually consider that my different sessions are “subjects”? And then compare coherence “across subjects” would be doing it “across sessions” ? And I would be in a “within-subject design” since my sessions involve the 2 conditions every time ?</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">I realise that it may be very confusing... I hope you will understand my problem ! </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">And if anyone already applied fieldtrip functions to do statistics on a different framework that the usual EEG/MEG, please let me know !</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Thanks a lot,</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Laetitia Lalla</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">PhD Student in Neuroscience</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">INMED, Marseille, France</p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>
</body></html>