<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@SimSun";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.msonormal0, li.msonormal0, div.msonormal0
        {mso-style-name:msonormal;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Dear Paul,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">You can check whether the baseline correction worked by seeing whether the mean in the baseline per frequency is zero. If your frequency data is contained in the structure
 ‘freq’ you could do something like the following:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-family:"Courier New""><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">baseline = [-.5 0];</span><span style="font-family:"Courier New""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">channel_idx = find(strcmp(freq.label,’MLO11’));<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">time_idx = find(freq.time>=baseline(1)&freq.time<=baseline(2));</span><span style="font-family:"Courier New""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">mean_baseline = nanmean(freq.powspctrm(channel_idx,:,time_idx),3);</span><span style="font-family:"Courier New""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">‘mean_baseline’ should be roughly around zero for all frequencies. I suspect that the positive activity at/slightly before zero cancels the negative activity around -500 to
 -400. Here it is important to realize that whenever you are calculating a time-frequency analysis you are moving a sliding time-window over your data. The value at time-point zero therefore represent the power at that particular frequency from minus to plus
 half of the chosen window length. Given that your time-window is 500ms, the data at time-point zero therefore reflects the power from [-250 – 250ms]. It is therefore very likely that it contains stimulus-related activity. If you want to be sure that your baseline
 data does not represent any stimulus-related activity you should choose a baseline period earlier than, or at -250 ms (ie. Half your sliding time window size).
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Jim
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> fieldtrip-bounces@science.ru.nl [mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl]
<b>On Behalf Of </b>Paul Metzak<br>
<b>Sent:</b> Thursday, April 07, 2016 1:48 AM<br>
<b>To:</b> fieldtrip@science.ru.nl<br>
<b>Subject:</b> [FieldTrip] TFR plotting following ft_freqbaseline<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hello Fieldtrippers,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have a quick question about the output from my ft_freqanalysis. I ran ft_freqbaseline but when I plot the TFR using TFRmultiplot, I still have activity in the baseline period. I have included the cfg for the ft_freqanalysis call as well
 as the cfg for the ft_freqbaseline call and a .png from one of the sensors with this message. I took a look at the TFR plots for the pre- and post- ft_freqbaseline call and they look different so it is doing it's job but I am just wondering if activity in
 the baseline period represents a problem with the way I have analyzed my data thus far, or whether it is a normal result in fairly rapid MEG designs. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for any information you can offer!<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Paul<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">%%% ft_freqanalysis cfg %%%%<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">         tstep: 0.0500<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">       twindow: 0.5000<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">          fLow: 2<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">         fHigh: 160<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">         fstep: 2<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">        method: 'mtmconvol'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">         taper: 'hanning'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">         rmvbl: 'yes'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">        bltype: 'absolute'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">      baseline: [-0.5000 0]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">      trlbegin: -1<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">        trlend: 2<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">    conditions: [1 2 3]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">        output: 'powandcsd'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">       runname: 'run1'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">           foi: [1x80 double]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">     t_ftimwin: [80x1 double]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">           toi: [1x51 double]<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">%%% ft_freqbaseline cfg %%%%<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">        baseline: [-0.5000 0]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">    baselinetype: 'absolute'<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>