<div dir="ltr">Hi Rajat<div><br></div><div>My guess is that the orientations of your hexahedrons are not correct. According to a low-level file's internal rules, elements' orientations have to abide strict rules (not sure what exactly the contraints are in this case though...).</div><div>I had same problems when for example the triangular boundaries used to define the 3d hexahedral mesh were not topologically correct, to start with.</div><div>Admittedly this approach requires a lot of technical expertise. </div><div>Can I ask you what do you need a FEM model for?<br></div><div><br></div><div>Regards</div><div>Cris Micheli</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 6, 2016 at 3:10 PM, Rajat Thomas <span dir="ltr"><<a href="mailto:r.thomas@nin.knaw.nl" target="_blank">r.thomas@nin.knaw.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:'Lucida Sans Unicode','Lucida Grande',sans-serif">
<p>Dear all,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Has anyone used the FEM approach to Headmodels using Simbio recently?<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>If so, I get this error:<br>
</p>
<div>"Elements have wrong orientation or are degenerated"<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Any ideas?<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<p>cfg        = [];</p>
<p>cfg.method =<span>'simbio'</span>;</p>
<p>cfg.conductivity = [0.33 0.14 1.79 0.01 0.43];   <span>% order follows mesh.tissyelabel</span></p>
<p>vol        = ft_prepare_headmodel(cfg, mesh);    <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>And;<br>
</p>
<p>​<br>
</p>
<div>disp(mesh)</div>
<div>            hex: [545883x8 double]</div>
<div>            pnt: [569722x3 double]</div>
<div>         labels: [545883x1 double]</div>
<div>         tissue: [545883x1 double]</div>
<div>    tissuelabel: {'csf'  'gray'  'scalp'  'skull'  'white'}</div>
<div>           unit: 'mm'</div>
<div>            cfg: [1x1 struct]<br>
</div>
<p><br>
</p>
Any help would be highly appreciated.<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Rajat<br>
</div>
<div><br>
<br>
</div>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div>
<div name="divtagdefaultwrapper">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri;font-size:12pt"><br>
</div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri;font-size:12pt"><br>
</div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri"><font size="2">Rajat Mani Thomas</font></div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri"><font size="2">Social Brain Lab<br>
</font>
<div><font size="2">Netherlands Institute for Neuroscience</font></div>
<div><font size="2">Amsterdam</font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>