<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 12pt;
font-family:Calibri
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'><br>Dear fieldtripper,<br><br>I want to study source localization for ecg but with bidomain model for<br>sources not dipoles, is it possible with fieldtrip or openmeeg? and thank<br>you for suggestion for any tool.<br><br>Thank you<br>Hiba<br><br><div>> From: fieldtrip-request@science.ru.nl<br>> Subject: fieldtrip Digest, Vol 65, Issue 1<br>> To: fieldtrip@science.ru.nl<br>> Date: Fri, 1 Apr 2016 12:00:02 +0200<br>> <br>> Send fieldtrip mailing list submissions to<br>>         fieldtrip@science.ru.nl<br>> <br>> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>>    http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br>> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>>        fieldtrip-request@science.ru.nl<br>> <br>> You can reach the person managing the list at<br>>        fieldtrip-owner@science.ru.nl<br>> <br>> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>> <br>> <br>> Today's Topics:<br>> <br>>    1. Question about coherence statistics (laetitia.lalla@inserm.fr)<br>>    2. Re: Question about coherence statistics (Snijders, T.M. (Tineke))<br>>    3. Re: Question about coherence statistics (laetitia.lalla@inserm.fr)<br>> <br>> <br>> ----------------------------------------------------------------------<br>> <br>> Message: 1<br>> Date: Thu, 31 Mar 2016 13:11:31 +0200<br>> From: laetitia.lalla@inserm.fr<br>> To: fieldtrip@science.ru.nl<br>> Subject: [FieldTrip] Question about coherence statistics<br>> Message-ID: <abb2342e7e3acc37fa03deeef989a226@inserm.fr><br>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> <br>>  <br>> <br>> Dear FielTrip community, <br>> <br>> Sorry to bother you again... <br>> <br>> I have a question about the statistical testing to assess coherence<br>> differences and the related paper by E Maris, JM Schoffelen and P Fries<br>> (Journal of Neuroscience Methods, 2007) <br>> <br>> I believe I am exactly in the framework described in this paper, but I<br>> guess there is still some crucial information that I don't understand...<br>> <br>> <br>> This is my story : <br>> <br>> - It's a single-subject study <br>> <br>> - I want to compare two sets of trials observed in different conditions.<br>> <br>> <br>> - The 2 sets of trials are exactly the same size, so my coherence<br>> estimate won't be biased by the "unequal sample size problem". <br>> <br>> - I just want to compare for 1 channel pair, for 1 frequency bin [6Hz<br>> 10Hz], so I guess the Multiple Comparison problem won't affect my<br>> analysis too much (either in the spatial or the spectral dimension). <br>> <br>> Based on the paper, I could refer myself to the point "2.7.1. A non<br>> parametric satistical test for a single signal pair and a single<br>> frequency bin". <br>> <br>> - Since my interest is in the coherence difference for a single signal<br>> pair, I can choose [|C1(f)|-|C2(f)|] as a test statistic. <br>> <br>> - And I can perform the montecarlo simulation. <br>> <br>> My question is the following : How can I implement the nonparametric<br>> test of the coherence difference between my 2 conditions with the<br>> fieldtrip functions ? <br>> <br>> This is what I did : <br>> <br>> 1) Extract and preprocess the signal from my condition 1. <br>> <br>> 2) freq1= ft_freqanalysis(cfg, signal1) (with cfg.method='mtmfft',<br>> cfg.output='powandcsd') ? <br>> <br>> 3) coh1= ft_connectivityanalysis(cfg, freq1) <br>> <br>> I did the same thing for the other condition ? coh2. <br>> <br>> And then for the statistics : <br>> <br>> cfg = []; <br>> <br>> cfg.statistic = 'diff'; (% because the statistic test than I chose is<br>> the difference [|C1(f)|-|C2(f)|]) <br>> <br>> cfg.parameter='cohspctrm'; <br>> <br>> cfg.method = 'montecarlo'; <br>> <br>> cfg.numrandomization = 1000; <br>> <br>> cfg.ivar = 1; <br>> <br>> cfg.alpha=0.05; <br>> <br>> cfg.tail=0; <br>> <br>> cfg.correcttail='alpha'; <br>> <br>> stat=ft_freqstatistics(cfg, coh1, coh2); <br>> <br>> And it gives me the following error : <br>> <br>> Error using ft_checkconfig (line 153) <br>> <br>> The field cfg.design is required. <br>> <br>> Here, I really don't understand why I'm asked for the design matrix...<br>> When doing the statistics for the Power, I understood that the design<br>> matrix was telling which trial belonged to the condition 1 and which<br>> trial belonged to the condition 2. But here, it doesn't make any sense<br>> because my coherence was calculated by averaging on the trials... <br>> <br>> Does the design matrix mean something differently here ? Or maybe I<br>> forgot one parameter to put in the cfg ? <br>> <br>> Any help will be appreciated ! <br>> <br>> Thanks a lot for your time, <br>> <br>> Laetitia Lalla <br>> <br>> PhD student in Neurosciences <br>> <br>> INMED, Marseille, France <br>> <br>>   <br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160331/f1414eab/attachment-0001.html><br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 2<br>> Date: Thu, 31 Mar 2016 11:47:19 +0000<br>> From: "Snijders, T.M. (Tineke)" <tineke.snijders@donders.ru.nl><br>> To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>> Subject: Re: [FieldTrip] Question about coherence statistics<br>> Message-ID:<br>>         <815A9820E75FBC4F96B7CD3A8089D11C378AE3E0@exprd04.hosting.ru.nl><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-2022-jp"<br>> <br>> Hi Laetitia,<br>> <br>> If you only have one subject you do need individual trial data, otherwise you can't do statistics like this.<br>> You need multiple observations (either subjects or trials).<br>> <br>> Best,<br>> Tineke<br>> <br>> ________________________________<br>> From: fieldtrip-bounces@science.ru.nl [fieldtrip-bounces@science.ru.nl] on behalf of laetitia.lalla@inserm.fr [laetitia.lalla@inserm.fr]<br>> Sent: Thursday, March 31, 2016 1:11 PM<br>> To: fieldtrip@science.ru.nl<br>> Subject: [FieldTrip] Question about coherence statistics<br>> <br>> <br>> Dear FielTrip community,<br>> <br>> Sorry to bother you again...<br>> <br>> I have a question about the statistical testing to assess coherence differences and the related paper by E Maris, JM Schoffelen and P Fries (Journal of Neuroscience Methods, 2007)<br>> <br>> I believe I am exactly in the framework described in this paper, but I guess there is still some crucial information that I don't understand...<br>> <br>> <br>> <br>> This is my story :<br>> <br>> - It's a single-subject study<br>> <br>> - I want to compare two sets of trials observed in different conditions.<br>> <br>> - The 2 sets of trials are exactly the same size, so my coherence estimate won't be biased by the ?unequal sample size problem?.<br>> <br>> - I just want to compare for 1 channel pair, for 1 frequency bin [6Hz 10Hz], so I guess the Multiple Comparison problem won't affect my analysis too much (either in the spatial or the spectral dimension).<br>> <br>> <br>> <br>> Based on the paper, I could refer myself to the point ?2.7.1. A non parametric satistical test for a single signal pair and a single frequency bin?.<br>> <br>> - Since my interest is in the coherence difference for a single signal pair, I can choose [|C1(f)|-|C2(f)|] as a test statistic.<br>> <br>> - And I can perform the montecarlo simulation.<br>> <br>> <br>> <br>> My question is the following : How can I implement the nonparametric test of the coherence difference between my 2 conditions with the fieldtrip functions ?<br>> <br>> <br>> <br>> This is what I did :<br>> <br>> 1) Extract and preprocess the signal from my condition 1.<br>> <br>> 2) freq1= ft_freqanalysis(cfg, signal1) (with cfg.method='mtmfft', cfg.output='powandcsd') ?<br>> <br>> 3) coh1= ft_connectivityanalysis(cfg, freq1)<br>> <br>> <br>> <br>> I did the same thing for the other condition ? coh2.<br>> <br>> <br>> <br>> And then for the statistics :<br>> <br>> cfg = [];<br>> <br>> cfg.statistic = 'diff'; (% because the statistic test than I chose is the difference [|C1(f)|-|C2(f)|])<br>> <br>> cfg.parameter='cohspctrm';<br>> <br>> cfg.method = 'montecarlo';<br>> <br>> cfg.numrandomization = 1000;<br>> <br>> cfg.ivar = 1;<br>> <br>> cfg.alpha=0.05;<br>> <br>> cfg.tail=0;<br>> <br>> cfg.correcttail='alpha';<br>> <br>> stat=ft_freqstatistics(cfg, coh1, coh2);<br>> <br>> <br>> <br>> And it gives me the following error :<br>> <br>> Error using ft_checkconfig (line 153)<br>> <br>> The field cfg.design is required.<br>> <br>> <br>> <br>> Here, I really don't understand why I'm asked for the design matrix... When doing the statistics for the Power, I understood that the design matrix was telling which trial belonged to the condition 1 and which trial belonged to the condition 2. But here, it doesn't make any sense because my coherence was calculated by averaging on the trials...<br>> <br>> Does the design matrix mean something differently here ? Or maybe I forgot one parameter to put in the cfg ?<br>> <br>> <br>> <br>> Any help will be appreciated !<br>> <br>> <br>> <br>> Thanks a lot for your time,<br>> <br>> <br>> <br>> Laetitia Lalla<br>> <br>> PhD student in Neurosciences<br>> <br>> INMED, Marseille, France<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160331/2a9a260f/attachment-0001.html><br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 3<br>> Date: Thu, 31 Mar 2016 15:22:31 +0200<br>> From: laetitia.lalla@inserm.fr<br>> To: FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>> Subject: Re: [FieldTrip] Question about coherence statistics<br>> Message-ID: <e2c5530bde0e283538fc02802fadc5dc@inserm.fr><br>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> <br>>  <br>> <br>> Dear Tineke, <br>> <br>> thank you very much for your fast answer ! I'm not sure I understand<br>> what you mean though...  Maybe i did not express myself correctly. I do<br>> have individual trial data : I have 26 observations for condition 1 and<br>> 26 observations for condition 2. <br>> <br>> They appear : <br>> <br>> - In my structure "data" (output of ft_preprocessing) : data.trial is a<br>> cell {1 x nbtrials} (in my case : {1, 26}) <br>> <br>> - in my structure "freq" (output of ft_freqanalysis) : freq.powspctrm is<br>> a matrix of dimension : nbtrials X nbchannel X nbfreq (in my case<br>> 26x2x25) <br>> <br>> But I don't have this information anymore in the structure "coh" (output<br>> of ft_connectivityanalysis) : coh.cospctrm is a matrix of dimension<br>> nbchannelcmb x nbfreq (in my case 1x25) since the coherence is<br>> calculated by averaging over trials... <br>> <br>> You may mean I should give the "freq" structures as inputs to the<br>> fonction ft_freqstatistics ? <br>> <br>> I just tried that : I created a structure data_all by concatenated<br>> data1.trial and data2.trial (and every other appropriate attribute). I<br>> took the Time Frequency Representation with ft_freqanalysis (with<br>> keeptrials='yes') to obtain a structure TFR_all (following this tutorial<br>> : http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/natmeg/statistics This is<br>> actually how I did the statistics for the Power). <br>> <br>> But then, if I give this as an input to ft_freqstatistics, like this : <br>> <br>> cfg = [];<br>> cfg.statistic = 'diff';<br>> cfg.parameter='cohspctrm';<br>> cfg.design= [ones(1,nbtrial)) 2*ones(1, nbtrial))]; %same nb of trials<br>> for both condition<br>> cfg.method    = 'montecarlo';<br>>         cfg.numrandomization  = 1000;<br>>         cfg.ivar      = 1;<br>>         cfg.alpha=0.05;<br>>         cfg.tail=0;<br>>         cfg.correcttail='alpha';<br>> >> stat=ft_freqstatistics(cfg, FR_alltrials); <br>> <br>> I have the following error : <br>> <br>> Error using getdimord (line 15)<br>> field "cohspctrm" not present in data <br>> <br>> which makes a lot of sense, since I did not gave coherence as an<br>> input... I gave Frequency representations.. I was hoping that maybe the<br>> function would calculate the coherence itself for the statistics ? ^^<br>> But it's clearly not the way to go. <br>> <br>> Could you be a bit more explicit about what you meant ? <br>> <br>> Thanks a lot. <br>> <br>> Best, <br>> <br>> Laetitia Lalla <br>> <br>> PhD student in Neurosciences <br>> <br>> INMED, Marseille, France <br>> <br>> On 31-03-2016 13:47, Snijders, T.M. (Tineke) wrote: <br>> <br>> > Hi Laetitia,<br>> > <br>> > If you only have one subject you do need individual trial data, otherwise you can't do statistics like this.<br>> > You need multiple observations (either subjects or trials).<br>> > <br>> > Best,<br>> > Tineke<br>> > <br>> > -------------------------<br>> > <br>> > FROM: fieldtrip-bounces@science.ru.nl [fieldtrip-bounces@science.ru.nl] on behalf of laetitia.lalla@inserm.fr [laetitia.lalla@inserm.fr]<br>> > SENT: Thursday, March 31, 2016 1:11 PM<br>> > TO: fieldtrip@science.ru.nl<br>> > SUBJECT: [FieldTrip] Question about coherence statistics<br>> > <br>> > Dear FielTrip community, <br>> > <br>> > Sorry to bother you again... <br>> > <br>> > I have a question about the statistical testing to assess coherence differences and the related paper by E Maris, JM Schoffelen and P Fries (Journal of Neuroscience Methods, 2007) <br>> > <br>> > I believe I am exactly in the framework described in this paper, but I guess there is still some crucial information that I don't understand... <br>> > <br>> > This is my story : <br>> > <br>> > - It's a single-subject study <br>> > <br>> > - I want to compare two sets of trials observed in different conditions. <br>> > <br>> > - The 2 sets of trials are exactly the same size, so my coherence estimate won't be biased by the "unequal sample size problem". <br>> > <br>> > - I just want to compare for 1 channel pair, for 1 frequency bin [6Hz 10Hz], so I guess the Multiple Comparison problem won't affect my analysis too much (either in the spatial or the spectral dimension). <br>> > <br>> > Based on the paper, I could refer myself to the point "2.7.1. A non parametric satistical test for a single signal pair and a single frequency bin". <br>> > <br>> > - Since my interest is in the coherence difference for a single signal pair, I can choose [|C1(f)|-|C2(f)|] as a test statistic. <br>> > <br>> > - And I can perform the montecarlo simulation. <br>> > <br>> > My question is the following : How can I implement the nonparametric test of the coherence difference between my 2 conditions with the fieldtrip functions ? <br>> > <br>> > This is what I did : <br>> > <br>> > 1) Extract and preprocess the signal from my condition 1. <br>> > <br>> > 2) freq1= ft_freqanalysis(cfg, signal1) (with cfg.method='mtmfft', cfg.output='powandcsd') ? <br>> > <br>> > 3) coh1= ft_connectivityanalysis(cfg, freq1) <br>> > <br>> > I did the same thing for the other condition ? coh2. <br>> > <br>> > And then for the statistics : <br>> > <br>> > cfg = []; <br>> > <br>> > cfg.statistic = 'diff'; (% because the statistic test than I chose is the difference [|C1(f)|-|C2(f)|]) <br>> > <br>> > cfg.parameter='cohspctrm'; <br>> > <br>> > cfg.method = 'montecarlo'; <br>> > <br>> > cfg.numrandomization = 1000; <br>> > <br>> > cfg.ivar = 1; <br>> > <br>> > cfg.alpha=0.05; <br>> > <br>> > cfg.tail=0; <br>> > <br>> > cfg.correcttail='alpha'; <br>> > <br>> > stat=ft_freqstatistics(cfg, coh1, coh2); <br>> > <br>> > And it gives me the following error : <br>> > <br>> > Error using ft_checkconfig (line 153) <br>> > <br>> > The field cfg.design is required. <br>> > <br>> > Here, I really don't understand why I'm asked for the design matrix... When doing the statistics for the Power, I understood that the design matrix was telling which trial belonged to the condition 1 and which trial belonged to the condition 2. But here, it doesn't make any sense because my coherence was calculated by averaging on the trials... <br>> > <br>> > Does the design matrix mean something differently here ? Or maybe I forgot one parameter to put in the cfg ? <br>> > <br>> > Any help will be appreciated ! <br>> > <br>> > Thanks a lot for your time, <br>> > <br>> > Laetitia Lalla <br>> > <br>> > PhD student in Neurosciences <br>> > <br>> > INMED, Marseille, France <br>> > <br>> > _______________________________________________<br>> > fieldtrip mailing list<br>> > fieldtrip@donders.ru.nl<br>> > http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br>> <br>>   <br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20160331/8c3d89df/attachment-0001.html><br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> _______________________________________________<br>> fieldtrip mailing list<br>> fieldtrip@donders.ru.nl<br>> http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br>> <br>> End of fieldtrip Digest, Vol 65, Issue 1<br>> ****************************************<br></div>                                       </div></body>
</html>