
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 10pt; font-family: Arial,Helvetica,sans-serif'>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Dear FielTrip community,</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Sorry to bother you again...</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">I have a question about the statistical testing to assess coherence differences and the related paper by E Maris, JM Schoffelen and P Fries (Journal of Neuroscience Methods, 2007)</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">I believe I am exactly in the framework described in this paper, but I guess there is still some crucial information that I don't understand...</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">This is my story :</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- It's a single-subject study</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- I want to compare two sets of trials observed in different conditions.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- The 2 sets of trials are exactly the same size, so my coherence estimate won't be biased by the “unequal sample size problem”.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- I just want to compare for 1 channel pair, for 1 frequency bin [6Hz 10Hz], so I guess the Multiple Comparison problem won't affect my analysis too much (either in the spatial or the spectral dimension).</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Based on the paper, I could refer myself to the point “2.7.1. A non parametric satistical test for a single signal pair and a single frequency bin”.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- Since my interest is in the coherence difference for a single signal pair, I can choose [|C1(f)|-|C2(f)|] as a test statistic.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">- And I can perform the montecarlo simulation.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">My question is the following : How can I implement the nonparametric test of the coherence difference between my 2 conditions with the fieldtrip functions ?</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">This is what I did :</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">1) Extract and preprocess the signal from my condition 1.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">2) freq1= ft_freqanalysis(cfg, signal1) (with cfg.method='mtmfft', cfg.output='powandcsd') →</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">3) coh1= ft_connectivityanalysis(cfg, freq1)</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">I did the same thing for the other condition → coh2.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">And then for the statistics :</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg = [];</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.statistic = 'diff'; (% because the statistic test than I chose is the difference [|C1(f)|-|C2(f)|])</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.parameter='cohspctrm';</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.method = 'montecarlo';</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.numrandomization = 1000;</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.ivar = 1;</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.alpha=0.05;</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.tail=0;</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">cfg.correcttail='alpha';</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">stat=ft_freqstatistics(cfg, coh1, coh2);</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">And it gives me the following error :</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Error using ft_checkconfig (line 153)</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">The field cfg.design is required.</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Here, I really don't understand why I'm asked for the design matrix... When doing the statistics for the Power, I understood that the design matrix was telling which trial belonged to the condition 1 and which trial belonged to the condition 2. But here, it doesn't make any sense because my coherence was calculated by averaging on the trials...</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Does the design matrix mean something differently here ? Or maybe I forgot one parameter to put in the cfg ?</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Any help will be appreciated !</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Thanks a lot for your time,</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">Laetitia Lalla</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">PhD student in Neurosciences</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;">INMED, Marseille, France</p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;"> </p>

<p> </p>

<div> </div>

</body></html>