<div dir="ltr"><font face="trebuchet ms, sans-serif">Hi Jan-Mathijs,</font><div><font face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div><font face="trebuchet ms, sans-serif">this is exactly what I end up using. Alternatively, I also created source.nai = avg.nai, which is working as well. </font></div><div><font face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div style="text-align:justify"><font face="trebuchet ms, sans-serif">I do have another short question, when using the <span style="text-align:justify;background-color:rgb(247,249,250)"><font color="#000000"><span style="font-size:12px;white-space:pre-wrap">ft_source2full I have some matab errors (which I guess it may be due to the changes in the source structure occurred in 2015, could it be?), I decided to skip </span></font></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(247,249,250)">ft_source2sparse and therefore </span><span style="background-color:rgb(247,249,250)"><font color="#000000"><span style="font-size:12px;white-space:pre-wrap">ft_source2full (because I have the computational power to do so), this should not affect my connectivity results, right?</span></font></span></font></div><div style="text-align:justify"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(247,249,250)"><font face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></span></div><div style="text-align:justify"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(247,249,250)"><font face="trebuchet ms, sans-serif">Thanks a lot!</font></span></div><div style="text-align:justify"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(247,249,250)"><font face="trebuchet ms, sans-serif">fosco</font></span></div><div style="text-align:justify"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(247,249,250)"><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></span></div><div style="text-align:justify"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Consolas,'Andale Mono',Menlo,Monaco,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(247,249,250)"><br></span></div><div style="text-align:justify"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Consolas,'Andale Mono',Menlo,Monaco,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(247,249,250)"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-03-25 9:58 GMT+01:00 Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi Fosco,<br>
<div>
<div dir="auto" style="word-wrap:break-word">
<div><br>
</div>
<div>What happens if you do cfg.parameter = ‘nai’, rather than cfg.parameter = ‘avg.nai’;?</div>
<div>Best,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
<div style="direction:ltr">
<blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div>On 18 Mar 2016, at 16:49, fosco bernasconi <<a href="mailto:fosco.bernasconi@gmail.com" target="_blank">fosco.bernasconi@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
</div></div><div><div><div class="h5">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>Dear all, <br>
<br>
</div>
I'm trying to compute 'pcc' beamforming source analysis of eeg data, but I have an error when calling ft_sourceinterpolate:<br>
<br>
<i> Reference to non-existent field 'avg'.<br>
Error in getsubfield (line 45)<br>
  s = s.(t{k});<br>
Error in ft_sourceinterpolate (line 209)<br>
  if ~iscell(getsubfield(functional, cfg.parameter{i}))</i><br>
<br>
<br>
</div>
If I check my source structure I do have the avg field. <br>
<br>
source = <br>
freq: 10<br>
cumtapcnt: [157x1 double]<br>
dim: [18 21 18]<br>
inside: [6804x1 logical]<br>
pos: [6804x3 double]<br>
method: 'average'<br>
avg: [1x1 struct]<br>
cfg: [1x1 struct]<br>
<br>
<br>
</div>
Any suggestion? <br>
<br>
</div>
Thank you for your help!<br>
</div>
Best,<br>
</div>
fosco<br>
<br>
<br>
</div>
here the rest of my code:<br>
<br>
<br>
load('standard_bem.mat');<br>
load('standard_sourcemodel3d10mm.mat');<br>
<br>
templatefile = '/home/sv/Matlabtoolboxes/fieldtrip-20160306/template/anatomy/single_subj_T1.nii';<br>
template_mri = ft_read_mri(templatefile);<br>
template_mri = ft_convert_units(template_mri,'mm');<br>
template_mri.coordsys = 'spm';<br>
<br>
cfg = [];<br>
cfg.grid.warpmni = 'yes';<br>
cfg.grid.template  = sourcemodel;<br>
cfg.grid.nonlinear = 'yes'; % use non-linear normalization<br>
cfg.mri      = template_mri;<br>
sourcemodel  = ft_prepare_sourcemodel(cfg,freq);<br>
sourcemodel  = ft_convert_units(sourcemodel,'mm');<br>
<br>
cfg         = [];<br>
cfg.elec    = sens;<br>
cfg.channel = sens.label;<br>
cfg.headmodel = vol;<br>
cfg.grid      = sourcemodel;<br>
cfg.grid.unit = 'mm';% same unit as above, i.e. in cm<br>
lf = ft_prepare_leadfield(cfg,freq);<br>
<br>
cfg            = [];<br>
cfg.method     = 'mtmfft';<br>
cfg.output     = 'fourier';<br>
cfg.keeptrials = 'yes';<br>
cfg.tapsmofrq  = 2;<br>
cfg.foi        = 10;<br>
freq           = ft_freqanalysis(cfg,dataft{1,1});<br>
<br>
% compute source reconstruction<br>
cfg   = [];<br>
cfg.frequency = freq.freq;<br>
cfg.method    = 'pcc';<br>
cfg.grid         = lf;<br>
cfg.headmodel         = vol;<br>
cfg.keeptrials        = 'yes';<br>
cfg.pcc.lambda        = '5%';<br>
cfg.pcc.projectnoise  = 'yes';<br>
source = ft_sourceanalysis(cfg,freq);<br>
<br>
cfg = [];<br>
cfg.projectmom = 'yes';<br>
source_proj = ft_sourcedescriptives(cfg,source);<br>
<br>
% and provide  mni template <br>
source_proj.dim = sourcemodel.dim;<br>
source_proj.pos = sourcemodel.pos;<br>
<br>
cfg  = [];<br>
cfg.voxelcoord   = 'no';<br>
cfg.parameter    = 'avg.nai';<br>
source_int  = ft_sourceinterpolate(cfg,source,template_mri);<br>
<br>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>