
<html><head>

<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1"></head><body

 bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

Hi everyone,<br>

I have a problem with ft_volumereslice, applied to Nifti MRIs (haven't 

tested it on other formats). The function shifts the image to bring the 

brain in the center, as announced in the documentation.<br>

  <br>

However, this is done<br>

a) in a way that the nose of my MRI is cut off (s. below), which is 

suboptimal since I register EEG electrodes and fiducials in relation to 

the MRI and the cut is done close to the nasion, <br>

b) in contrast to the documentation it shifts the brain whether or not a

 coordinate system (.coordsys) is given. I guess this happens during 

ft_sourceinterpolate which is called inside  ft_volumereslice (line 

180). The shift that could be done in  ft_volumereslice (line 103ff) is 

not performed if there is no .coordsys, but the shift in the returned 

MRI is still there.<br>

  <br>

Before and After (without an mri.coordsys):<br>

  <img style="width: 734px; height: 298px;" 

src="cid:part1.08040207.09030404@uni-tuebingen.de" name="image.png" 

alt=""><br>

  <br>

Sure I can just increase the dimensions of the MRI, then I get the nose 

back, but I was wondering if anyone can explain this behavior of 

ft_volumereslice and whether it is a genuine bug or not.<br>

  <br>

Thanks and greetings,<br>

Jens<br>

  <br>

</body>

</html>